Показавши молча на стене,
Дали мне понять без толкований,
Что достоин порки я вполне,
Что б узнал об этом попечитель, —
И, лежа под свежею лозой,
Что б я знал, что наш руководитель
В этот миг болит о мне душой…
Статья об иллюзиях и стихотворение вызвали сильный шум в либеральной печати, старавшейся под видом защиты Пирогова облить помоями «мальчишек», позволяющих себе учить старших и перестраивать жизнь. Пирогов напечатал в своих «Циркулярах» «Отчет о следствиях введения правил…», где заявляет, что правила «были не поняты, искажены и представлены в превратном виде». Не прячась за своих директоров и педагогов, он берет вину на себя и откровенно говорит об умеренности своих общественно-политических взглядов, о своем примирении с существующим строем, которому он полностью подчиняется, хотя и не сочувствует:. «Никто не давал нам права преобразовывать наши школы и заменять в них бюрократизм другим, более рациональным началом воспитания… Мог ли я созывать комитет для составления правил, противоречащих господствующему началу в наших учебных заведениях, тогда как изменить его не имею никакого права?.. Читая журнальную полемику и возражения, сделанные и публицистами, и педагогическими советами, и некоторыми наставниками (по моему требованию), я, удивляясь, спрашивал себя: Кого хотят удивить крайностью убеждений, идеальностью взглядов, тонкостью логического анализа?». Оправдывая своих педагогов их «неприготовленностью», Пирогов пишет, что он смотрел на правила, как на подготовительную меру к лучшему порядку вещей, что он хотел «только регулировать систему известных и употребительных уже наказаний в наших школах, применяясь к существующему еще порядку вещей», так как изменить этот порядок он не мог: «на то у нас не было ни права, ни средств». Пространно рассуждая о правилах и предлагая педагогам применять их разумно, Пирогов не касается в своем обширном отчете принципиальной стороны вопроса, выдвигаемой Добролюбовым на первый план, и только в заключительной части с удовольствием пишет: «Опыт показал, что вражды между учениками, которую предсказывали журнальные статьи, не было и следа, и виновные безропотно подчинялись приговорам суда».
Так отчитался Пирогов перед обществом в связи с полемикой, вызванной его «Правилами». Добролюбов счел излишним снова выступать против Пирогова. В Петербурге было уже известно желание правительства расстаться с знаменитым попечителем, конечно, не по тем причинам, которые вызывали недовольство Добролюбова.
Александр II всегда считал Пирогова человеком вредным во всех отношениях. Затея с воскресными школами, которые поддерживал Пирогов, прямо-таки ужасала царя. Жандармы перехватили письмо революционера Митрофана Муравского, который с группой товарищей преподавал в таких школах. В январе 1861 года Муравский писал из Киева: «У нас все мерзость, кроме Пирогова. Это человек в полном смысле слова». А киевский попечитель, вместо надзора за такими лекторами, предлагал предоставить сыновьям податных классов, в том числе и крестьянам, доступ в университеты.