Развивая свою мысль о том, что студенты, несущие «фонарь науки», могут быть-водителями прогресса, Дмитрий Иванович заговорил об университете, alma mater этих студентов, и о духе, которым должен быть проникнут этот храм науки.
«Так есть и в университетах свой дух. Не стоит он: вовсе в том… чем, может быть, многим из вас он представляется; нередко кажется… что он состоит, — или нередко может казаться, по крайней мере, — что он состоит в каком-то… влиянии на общество каким-то особенным образом…
У нас, где образование еще, можно сказать, не привилось твердо и крепко, такого рода некрепкое и нетвердое представление очень развито, а потому, заканчивая курс, я хочу сказать о том, как, в чем состоит истинный университетский дух, в чем его суть, откуда берется эта душа университетская, совершенно особенный оттенок кладущая на тех, кто с внутренней стороны… душою к университету прилежит.
Этот дух состоит исключительно и всецело, в существе, только в одном: в стремлении достигнуть истины во что бы то ни стало, — не практическую пользу, не личное улучшение, не каких бы то ни было политических или экономических улучшений, — все это сбоку, все это придатки, все это есть не что иное, как атрибуты, члены основного, одного, исключительного стремления, — это достижения истины во бы то ни стало и как бы то ни было, — не только истины в том виде, в каком она… ее можно достигнуть. — Не в том, чтобы, отпирая храм ключом, прямо пойти сдернуть завесу сокрытой истины — ничего нету, сказки, пустое! Ничего такого нету, никакой такой завесы нет; истина не спрятана от людей, она среди нас, во всем мире рассеяна. Ее везде искать можно: и в химии, и в математике, и в физике, и в истории, и в языкознании, — во всем том, что направлено к отысканию истины — оттого-то это все и соединяется в университете».
Последние слова лекции были:
«Желаю вам достигать ее (т. е. истину) самым спокойным образом и покорнейше прошу не сопровождать мой уход аплодисментами по множеству различных причин!..»
Аплодисментами и не пришлось сопровождать его уход, так как в аудиторию был введен отряд полицейских, и Менделеев плакал, видя такое поругание «храма науки».
Немедленно по окончании лекций Дмитрий Иванович отправил семью в Боблово, а сам нашел в Петербурге на Кадетской линии Васильевского острова квартиру и перевез туда все из своей профессорской квартиры. О том, как переживался им этот разрыв с университетом, в котором он преподавал тридцать три года, говорит уже то, что первое время он никуда не выходил и никого не принимал у себя.
Труд, тридцать три года вкладываемый всей мерой сил и способностей в педагогическую деятельность, не оценен. Дмитрий Иванович в моменты раздражения готов был считать представителей правительства представителями России, — труд его не оценен Россией. Горько сравнивались им почести, полученные в Англии, и забаллотирование в Российскую Академию наук и обида, вызвавшая его отставку. Такое сравнение могло ставить выбор — уехать ли за границу и, там, среди ценящих его людей, продолжать свою работу на пользу чужой страны или оставаться в некультурной, нищей России на положении бывшего профессора Петербургского университета. Менделеев предпочел положение профессора в отставке, но в родной стране.
Период уныния, колебания и приспосабливания к новому положению у такого деятельного человека, как Дмитрий Иванович, не мог продолжаться долго, тем более, что была большая очередная работа, требовавшая своего завершения. В 1889 г. по инициативе министра финансов Вышнеградского, товарища Дмитрия Ивановича по Гейдельбергскому университету, и бывшего ректора технологического института, Менделеев был приглашен в правительственную комиссию по выработке единого таможенного тарифа.