Екатерина написала собственноручно: «Святейший Синод! В поданном вашем вчерась мне докладе представлено, что архиерей ростовский Арсений прислал доношение от 6 дня марта в Синод, в котором все, что ни есть написано, следует к оскорблению величества императорского, за что его признаете подлежательным суждения, но без ведома моего приступить к тому не смеете и предаете в мое благорассмотрение и снисхождение. А как я уповаю, что и Св. Синод без сумнения признает, что власть всех благочестивых монархов, в числе коих и я себя включаю и делами моими, вами свидетельствуемыми, доказую, не для них единственно, но паче для общего всех истинных сынов отечества благосостояния, сохраняема и защищаема быть должна, также что в его, архиерея Арсения, присланном ко мне от вас для прочтения оригинальном доношении, которое я при сем к вам обратно посылаю, усмотрела превратные и возмутительные истолкования многих слов Св. Писания и книг святых, того ради впредь (для) охранения моих верноподданных всегдашнего спокойства, оного архиерея Арсения, таким преступником от вас признанного, Св. Синоду на справедливый, законами утвержденный суд предаю, а какая по суду сентенция ему назначена будет, оную представить нам для конфирмации, причем еще будет иметь место мое снисхождение и незлобие».

Получив известие о грозящей беде, Арсений испугался и подал просьбу об увольнении от епархии опять в Спасский Новгород-Северский монастырь на обещание, но уже было поздно: его взяли под стражу и отвезли в Москву на синодский суд. Еще прежде взятия под стражу Арсений отправил копию с своих доношений Синоду к духовнику Федору Яковлевичу Дубянскому и графу Алексею Петр. Бестужеву-Рюмину. Неизвестно, что сделал с этими бумагами духовник, но Бестужев решился ходатайствовать за Арсения и внушить императрице о необходимости покончить неприятное дело как можно тише и скорее. 31 марта он писал императрице: «Как содержание доношений в Синод (Арсения) наполнено не только дерзостями, но и чувствительнейшими оскорблениями за которые ее и. в-ство справедливо на него прогневана, граф Бестужев, не вступая отнюдь ни в малейшее за сего архиерея заступление, осмеливается токмо по долгу к ближнему, в преступление впадшему, рабски просить о показании ему монаршего и матернего милосердия в том приговоре, который по суду, конечно, ему тягостен будет, а притом не в указ свое слабейшее рассуждение присовокупить, не соизволит ли ее и. в. в его явном и никакого уже исследования не требующем преступлении скорее сентенцию на монаршую конфирмацию сочинить и тем сие дело кончить в предупреждение разных о сем и без того в публике происходящих толкований».

Мягкие формы не помогли. Бестужев, которому в прошлом году писалось: «Батюшка Алексей Петрович, пожалуй, помогай советами!», теперь получил на свое внушение грозный ответ: «Я чаю, ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя величества, как ныне за арестованного всем Синодом митрополита ростовского, и не знаю, какую я б причину подала сумневаться о моем милосердии и человеколюбии. Прежде сего и без всякой церемонии и формы по не столь еще важным делам преосвященным головы секали, и не знаю, как бы я могла содержать и укрепить тишину и благоденствие народа (умолча о защищении и сохранении мне от Бога данной власти), если б возмутители не были б наказаны».

Конечно, Бестужев и никто другой никак не могли бы припомнить, когда преосвященным не по столь еще важным делам головы секали безо всякой церемонии и формы; но поверка этих слов Екатерины могла только показывать Бестужеву всю степень раздражения императрицы, и он спешил успокоить это раздражение: «Во всенижайший ответ всеподданнейший раб доносит, что как он прежде за ростовского архиерея никогда не заступался, но паче в С.-Петербург присланную от него цидулку представил с своим примечанием; так и ныне по его подлинно великим преступлениям не делал заступления, а токмо о скором решении упомянул, дабы чрез то пресечь излишние толкования и рассуждения в народе, который о точности дела не ведает; но ежели в чем старик погрешил, то токмо от одного усердия, чем теперь от неповинности своей и сокрушается». На этой же записке Екатерина написала: «Сожалею, что сокрушается: я писала с тем, чтоб вы имели что ответствовать тем, кто вас просьбою мучит. Желаю вам спокойно опочивать».

7 апреля Синод подал доклад: «Св. Прав. Синод, довольно имея рассуждения, что оный митрополит Арсений в оскорблении ее и. в-ства без всякого извинения виновным оказуется тем именно, что он в противность слова Божия и апостольских правилами преданий и презря свою архиерейскую и генеральную присяги и в противность же государственных узаконений на именные ее и. в-ства в 1762 и 1763 годах состоявшиеся о церковных имениях указы, присланными в Синод своими, первым от 6, а потом и вторичным, от 15 марта, доношениями таковые учинил возражения, которые единственно до оскорбления ее и. в. следуют, приводя в оных из многих слов Св. Писания и из некоторых книг превратные от себя толкования, с самым оных слов разумом и силою отнюдь не сходственные, а именно (следуют известные места из доношений). Хотя то доношение и окончено тем, что якобы все то писать и от слова Божия и закона предлагать не иная причина его привела, токмо ревность по Бозе и законе Божием, ее и. в-ства довольно в манифестах и указах ее монарших изображенная, аще же возымеется в том его быти погрешность, просит о прощении. Но оного ни за каковой резон почесть не можно, ибо не токмо на высочайшие указы, но и на повеления своей команды никаковых, а кольми паче язвительных представлений и возражений чинить под наитяжчайшим штрафом запрещено, да и таковой причины, чтоб вышеозначенное возражение с такою дерзостною отвагою выдумывать и действительно якобы под образом своей ревности представлять ему, митрополиту, и никому отнюдь не было и нет. Хотя он в допросе и показал, что якобы он в тех своих доношениях ко оскорблению ее и. в-ства ничего быть не уповал, все то писал по ревности и совести, чтоб не быть двоедушным, а сочинял-де он все то не для возражения на указы, но на представления других, по коим представлениям и те указы последовали, что-де разумеется на представления комиссии, и в чаянии том, что, как те представления не отвержены, так-де и оное его представление отвержено не будет и по крайней мере за то не воспоследует оскорбления ее и. в-ства, но понеже оное вошло во оскорбление ее и. в-ства, того ради, всепокорнейше и всеподданнейше припадая к ногам ее и. в-ства, просит прощения и помилования. Но оное его, митрополита, показание не истинное, ибо, по показанию находившегося при нем для письма канцеляриста Жукова, копии с обоих доношений в Синод были отправлены в Москву к двум знатным персонам. В 1743 году ему сделан был от Синода письменный выговор за то, что в доношении своем в Синод весьма противные и уразительные термины написать дерзнул. Выговор сделан был с таким подтверждением, что если он в подобное тому противление и презорство паки вступать будет, то не точию сана архиерейского, но и клобука лишится, того ради приговорили: оного митрополита Арсения, яко уже и прежде в немалых преступлениях, а ныне и наипаче в тяжком и оскорбительном, также архиерейской и генеральной присяги и всех государственных узаконений преступничестве оказавшегося, за те его тяжкие вины и за оскорбление ее и. в-ства в силу апостольского 84-го правила архиерейства, а по его на означенном в 743 году чинимом ему выговоре подписке и клобука лишить, и послать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение, и бумаги и чернил ему не давать». Подписали: Димитрий митрополит новгородский, Тимофей митрополит московский, Гавриил архиепископ санкт-петербургский, Гедеон епископ псковский, Амвросий архиепископ крутицкий, Афанасий епископ тверской, Мисаил архимандрит новоспасский.

Испуганный старик умолял о помиловании. Но если, несмотря на то, требовалось необходимо осуждение, то кто требовал вносить в это осуждение странность, что показание канцеляриста Жукова о посылке копий с доношений духовнику и Бестужеву свидетельствует о неистинности показаний Арсения? Екатерина написала на докладе: «По сей сентенции сан митрополита и священства снять, а если правила святые и другие церковные узаконения дозволяют, то для удобнейшего покаяния преступнику по старости его лет монашеский только чин оставить, от гражданского же суда и истязания мы по человеколюбию его освобождаем, повелевая нашему Синоду послать его в отдаленный монастырь под смотрение разумного начальника с таким определением, чтоб там невозможно было ему развращать ни письменно, ни словесно слабых и простых людей». Синод назначил местом ссылки Вологодской епархии Ферапонтов монастырь; но 15 апреля обер-прокурор объявил Синоду именной указ, чтоб Арсений сослан был в Архангельскую епархию, в Никольский Корельский монастырь, с производством ему кормовых денег по 50 коп. в день.

Прошло четыре года. В 1767 году опять поднялось следственное дело о монахе Арсении вследствие доноса на него иеродиакона Иоасафа Лебедева. Арсений, по словам доносчика, говорил, что Екатерина не природная наша и не следовало ей принимать престола; цесаревич болен золотухою, и, Бог знает, кто после будет, а надобно быть Ивану Антоновичу и содержащимся в Холмогорах отцу его и прочим. Арсений бранил синодальных членов; о Димитрии Сеченове говорил: «Кабы пропал, то бы и я был свобожден, до тех пор он поживет, пока обер-секретарь Остолопов жив, без которого он ничего не делает. Если бы не были согласны Сеченов и петербургский Гавриил, то деревень у архиереев и монастырей не отобрали бы». Сравнивал себя с Златоустом, заточенным также царицею. Толковал о пророчестве, будто бы взятом из жития св. Кирилла Белозерского, что в России будут царствовать двое юношей, которые выгонят турка и возьмут Царьград: первый юноша — великий князь (Павел Петрович), другой — брат принца Ивана (это говорилось уже по смерти последнего). Эти толки Арсения, доносил Лебедев, над архимандритом Корельского монастыря Антонием, над караульными солдатами и начальником их подпрапорщиком Алексеевским произвели желаемое действие: уверясь, что двое юношей будут царствовать скоро и что Арсений будет архиереем по-прежнему, стали содержать его гораздо слабее, почитали его как архиерея, принимали от него благословение, позволяли ему публично говорить проповеди. Подвергнутые допросу Антоний и Алексеевский признались в своем послаблении, Алексеевский подтвердил донос, подтвердил, что Арсений говорил: «Государыня наша не природная и не тверда в законе нашем, и не надлежало ей престола принимать». Екатерина заметила при этом: «Сии слова Арсений говорил и в 1763 году капитану Николаю Дурново, когда сей последний его приезжал брать в Синод, и так Алексеевский то не выдумал». Но Арсений в новой беде еще надеялся поколебать основание своей главной опалы. 22 октября он обратился в Архангельскую губернскую канцелярию с просьбою, чтоб записала его объявление и представила императрице. Объявление состояло в следующем: 1) Просит он, Арсений, чтоб ее и. в-ство сотворила с ним милость и соизволила бы подлинное его доношение, за которое он и осужден, сама прочесть; тогда, конечно, соизволит увидать его правость, ибо он, когда еще при покойной государыне Елисавете Петровне получил копию с доклада (а подлинный подписан бывшим канцлером Бестужевым-Рюминым и прочими знатными господами, окроме графа Петра Шувалова) об отобрании от церквей деревень, написал письмо к императрице; это письмо сходно с его доношением, за которое он теперь страдает. Императрица Елисавета, рассмотря, что он писал справедливо, подлинного доклада, когда ей поднесли его, утвердить не изволила, единственно послушав его, Арсениева, письма, и сказала, что не подпишет: как-де после смерти моей хотите. 2) Подоношению его и по следствию докладывало, как он, Арсений, думает, из Синода экстрактом и на словах ее величеству; а если б подлинное доношение ее в-ство изволила читать, то, конечно, он так наказан не был бы. 3) Он, Арсений, и ныне утверждает, что деревень от церквей для прописанных резонов в посланном от него в Синод доношении отбирать не надлежало.

Состоялось решение:. «Лишить Арсения монашеского чина и по расстрижении переименовать Андреем Вралем и послать к неисходному содержанию в Ревель».

Так кончилась борьба за вопрос, поднятый в русской жизни еще в XV веке. Борьба, как и следовало ожидать по важности вопроса, была сильная, ожесточенная изначала, но вначале восторжествовало мнение, что за монастырями должны быть удержаны населенные земли. В эпоху преобразования, в ту эпоху, когда русский человек во имя разума считал себя вправе допросить всякое освященное древностию явление о праве и пользе его существования, — в эпоху преобразования вопрос о церковных имуществах должен был подняться с новою силою. Но меры преобразователя, принятые относительно этих имуществ, были временные, отмененные им, как только он покончил с главным вопросом — о форме церковного управления; с одной стороны, преобразователь при своих последних распоряжениях относительно церковных имуществ имел в виду новые обязанности черного духовенства, новый строй его жизни; с другой — он так верил в силу нового, коллегиального управления, что не считал возможным повторения старых злоупотреблений. В начале второй половины века снова поднимает вопрос дочь преобразователя, которую нельзя было заподозрить в недостатке благочестия или в «философском уме» (которым так любовалась в себе Екатерина), и это обстоятельство уже показывало, что вопрос не может быть решен так, как был решен в XV веке, и Арсений ростовский пал, защищая в XVIII веке мнение Иосифа Волоцкого. Но как бы историк ни отнесся к этому мнению, нельзя не признать за Арсением мужества в отстаивании своего мнения до конца. Он просил снисхождения, просил, чтоб мнение его было прочтено внимательно, в целости, надеясь, что убедятся его резонами, но не жертвовал своим убеждением для получения прощения, освобождения от наказания. Он закончил свою просьбу словами: «Я и теперь утверждаю, что деревень от церквей отбирать не надлежало».

Екатерина исполнила свое намерение: в мае 1763 года отправилась в Ростов. Погода была неблагоприятная. «Ветры, холод и непрестанные дожди с происходящею от того грязью отнимают у нас удовольствие, которое б могли мы при хорошем времени в пути иметь», — писала императрица Панину из Переяславля; из того же города она писала генерал-прокурору Глебову: «Я получила все ваши посылки и надеюсь последние доклады скоро к вам возвращать. Ненастье и скука в Переяславле равны; дом, в котором живу, очень велик и хорош и наполнен тараканами». Из Ростова Екатерина писала Панину: «Завтра будет перенесение мощей Св. Димитрия; вчерашний день еще чудеса были, женщина одна исцелилась, а преосвященной Сеченой хочет запечатовать раку, дабы мощей не украли; однако я просила, дабы подлый народ не подумал, что мощи от меня скрылись, оставить их еще несколько время снаружи».