Дорошенко погиб в Крыму в 1628 году, принимая участие в тамошних междоусобиях; на его место был поставлен Григорий Черный, который, однако, своею преданностью полякам и, как говорят, принятием унии не понравился козакам. В 1630 году правительство расставило войска свои в киевском округе; в народе пошел слух, распущенный, как говорят, Петром Могилою, архимандритом киево-печерским, что войска идут для истребления козаков и веры православной. Козаки взволновались, убили своего старшего Григория Черного и на его место провозгласили Тараса. Конец-польский двинулся против них и сошелся под Переяславлем. Исход этой войны в большей части известий, как малороссийских, так и польских, представляется загадочным: козаки берут верх над Конецпольским и, несмотря на то, выдают ему Тараса, которого поляки казнят в Варшаве. Известный нам путивлец Гладкий так рассказывал дело: «Гетман Конецпольский осадил козаков в Переяславле. У польских людей с черкасами в три недели бои были многие, и на тех боях черкасы поляков побивали, а на последнем бою черкасы у гетмана в обозе наряд взяли, многих поляков в обозе побили, перевозы по Днепру отняли и паромы по перевозам пожгли. После этого бою гетман Конецпольский с черкасами помирился, а приходил он на черкас за их непослушанье, что они самовольством ходят под турецкие города и всем войском убили Гришку Черного, которого он прежде дал им в гетманы. Помирясь с черкасами, Конецпольский выбрал им из них же другого гетмана, каневца Тимоху Арандаренка. А было у Конецпольского польских и немецких людей и черкас лучших, которые от черкас пристали к полякам, 8000, а черкас было 7000». Из этого известия можно принять для объяснения дела одно только обстоятельство: присутствие лучших черкас в польском войске; вероятно, эти лучшие черкасы повернули дело так, что Тарас был выдан и чернь не получила никаких выгод от своего восстания. Уже в 1631 году козаки переменили Арандаренка и выбрали на его место Ивана Петрижицкого-Кулагу. Козаки не переставали громить турецкие берега Черного моря; султан собрал было войско на Польшу вместе с Москвою: но неудача последней под Смоленском заставила и его помириться с Польшею; при заключении мира польское правительство обязалось совершенно изгнать козаков с днепровских островов. Для этого коронный гетман Конецпольский в 1635 году построил на Днепре, ниже Самары и Князева острова, крепость Кодак; но в том же году козаки, возвращаясь с моря под начальством Сулимы, разорили крепость. Сулима был схвачен с помощью реестровых козаков и казнен. Но в следующем году началось волнение на Украйне. Здесь со стороны польского правительства впервые является действующее лицо, с которым часто будем встречаться впоследствии, Адам Кисель, подкоморий черниговский. Кисель был русский родом, член одной из тех знатных фамилий, которые сохранили еще старую русскую веру. Вследствие этого обстоятельства Кисель тянул к Руси, к русскому народу, был врагом унии; но, с другой стороны, будучи знатным и богатым землевладельцем на Украйне, он смотрел на народонаселение своих земель совершенно панскими глазами и сильно не сочувствовал козакам, которые, являясь защитниками православия, прежде всего были союзниками хлопства: в козаки бежали хлопы, не хотевшие жить в крестьянстве, а этого пан Кисель не мог сносить хладнокровно. Таким образом, он находился всегда между двух огней, а польское правительство нарочно посылало его всегда комиссаром, посредником при столкновениях своих с козаками, как русского и православного. В августе 1636 года взволновались козаки в Переяславле, выведенные из терпения насилиями воеводича русского, они решились идти на Запорожье и оттуда на море. Старшина не бунтовала; Кисель, комиссар от правительства у козаков, оставался при ней. Наконец козаки пришли к старшине и начали кричать, что в мае высланы им деньги и в августе еще не привезены; кричали, что правительство их притесняет. Кисель уговорил их подождать четыре недели и немедленно написал об этом королю (6 августа), давая знать, что действительно козакам делаются притеснения во многих местах. Написал и гетману Конецпольскому (25 августа); в этом письме Кисель говорит, что он заметил три вещи в козацком войске неразумном: 1) любовь к религии греческой и к духовенству этой религии, хотя козаки в религиозном отношении похожи более на татар, чем на христиан; 2) сильнее на них действует страх, нежели милость; 3) хищничество. Вследствие этого он, Кисель, уговорил митрополита послать двух духовных особ с увещанием к козакам не восставать против республики. Старшин, прибавляет Кисель, должно удерживать дарами, а чернь — страхом.
Весною 1637 года новое волнение: комиссары королевские приехали к козакам, чтоб отдать им жалованье и взять присягу; но чернь объявила, что не хочет давать присягу, хочет идти на Запорожье. Комиссары стали уговаривать козаков, грозили, что они подвергаются опасности, что республика изгладит их имя, что она скорее согласится видеть на Днепре диких зверей и пустыню, чем мятежную чернь. «Настоящее ваше действие, — говорили комиссары, — может быть началом своеволия, но своеволие не будет его следствием; вы можете идти на Запорожье, но оставите здесь жен и детей, да и сами долго на Запорожье жить не можете, принесете опять свои головы под саблю республики; изменить же и уйти в другое место напрасно грозитесь, ибо Днепр — ваша отчизна, в другом месте такой не найдете. Дона нечего и сравнивать с Днепром и тамошней неволи с здешнею волею: как рыбе без воды, так козакам без Днепра быть нельзя, а чей Днепр, тому и козаки должны принадлежать всегда». Козаки расплакались, услыхавши о Днепре. Старший, или гетман Томиленко, которого комиссары называют простяком, но трезвым и скромным, отказался от должности, но его выбрали снова, положили не изменять республике и присягнули.
Но спокойствие было минутное; Кисель писал, что дела плохи на Украйне, ибо козаки — зверь без головы (Bellua sine capite), стадо без пастуха. По его мнению, непременно должен быть на Украйне начальный человек, чтоб гасить пожар, могущий произойти от первой искры. Обязанность его — предотвращать столкновения между козаками и правительственными лицами, укрощать волнение в самом начале; он должен платить деньги, должен иметь власть бунтовщика вычеркнуть из списков, должен иметь денежные средства, которые дадут ему возможность приобретать приверженцев, приверженцы эти должны составлять оппозицию бунтовщикам. «Надобно, — пишет Кисель, — чтоб у старшины козацкой оставалось только имя старшинства, а действительная власть была бы у этого человека, каким бы он именем ни назывался». Несмотря, однако, на неудовольствия и волнения между козаками, восстания не было на Украйне; оно вспыхнуло на Низу; предводителем был Павлик, или Павлюга, который, вышедши тайно из Запорожья, взял силою артиллерию из Черкас; тогда, что только было гультяйства (бездомовников) на Украйне, выпищиков, могильников, будников, овчаров, особенно из имений князя Вишневецкого и из-за Днепра, все это встало и собралось. Реестровые козаки, упрекая старшего своего, Томиленка, в послаблении своеволию, собрали раду, свергнули его и выбрали Савву Кононовича. Новый гетман начал действовать в духе избравших его и правительства: стал уговаривать восставших прекратить восстание; тогда Павлик и другой начальник восставших, Скидан, явились в Переяславле, созвали раду и, воспользовавшись своим большинством, убили Савву Кононовича. Они не хотели прямо вдруг разрывать с правительством и потому написали Конецпольскому с просьбою, чтоб правительство не сердилось на них; выставляли Кононовича человеком неспособным к гетманству, чужеземцем, москалем. Конецпольский отвечал им: «Повинуйтесь старшему, которого вам даст король, а не тому, кто сам на себя возьмет это достоинство; сожгите все челны и воспрепятствуйте морским набегам: тогда возвратите к себе милость королевскую». Условия не понравились Павлику и его козакам. 11 октября 1637 года явился универсал, призывавший русских к восстанию, здесь говорилось, что неприятели народа русского и веры старожитной греческой, ляхи, идут на Украйну с тем, чтоб войско и подданных королевских, княжеских и панских истребить, жен и детей в неволю забрать. Ляхи действительно явились под начальством брацлавского воеводы Потоцкого и встретились с козаками под Кумейками 8 декабря. Козаки, несмотря на отчаянную храбрость, потерпели поражение; около 3000 их пало в таборе; ни один не просил помилования, только и слышен был голос, что надобно помереть одному на другом; если же поляк падал с лошади, то козаки сбегались и рвали труп на куски. Ночью Павлик и Скидан ушли, но Потоцкий утром нагнал их при Боровице, окружил и начал обстреливать. Адам Кисель предложил козакам выдать Павлика и других зачинщиков восстания, поручившись, что король не будет мстить им. Козаки выдали Павлика и Томиленка, но Скидану удалось уйти. По выдаче Павлика, козаки выбрали было себе другого старшего, но Потоцкий объявил им, что они все потеряли бунтом; старшему велено положить булаву, бунчук и печать, все старые полковники отставлены, даны новые. Старшим назначен Ильяш Караимович. Но кроме главного войска, находившегося с Павликом, был еще отряд козацкий под предводительством Кизименка, который взял Лубны, вырубил шляхту и монахов бернардинских, трупы последних отдал собакам; но и Кизименко попался Потоцкому, который велел посадить его на кол, «ибо (пишет Потоцкий из Нежина 8 января 1638 года) напрасно возить их в Варшаву на зрелище: лучше пусть понесут здесь казнь, где злодействовали». Но Павлик с четырьмя товарищами были казнены в Варшаве, несмотря на протест Киселя. Главный город Терехтемиров у козаков отняли; гетманам дано приказание искоренить всех козаков, которые будут противиться сеймовому определению, а это определение состояло в том, чтоб сделать новый набор козацкого войска, в числе шести тысяч, с назначенными от правительства офицерами.
Но этот сеймовый декрет мог быть исполнен только после новой отчаянной борьбы, которая дорого стоила полякам. В апреле 1638 года вспыхнуло новое восстание в Запорожье под начальством Остранина, мстившего за отца, замученного поляками; Скидан явился также на сцену подле Остранина; большая часть реестровых козаков с своим старшим Ильяшем сражались на стороне поляков против козаков Остраниновых. Эта война замечательна тем, что восставшие козаки смотрят за левый берег Днепра, на московскую сторону, как на безопасное убежище в случае неудачи. Приготовляется мало-помалу то дело, на которое указал Иов Борецкий. Остранин, поразивший поляков под Голтвою (5 мая), но потом разбитый под Жолниным (13 июня), ушел в московские владения, куда еще прежде вывез жену. Но бегство Остранина не отняло духа у козаков: они выбрали себе другого старшего, Гуню, укрепились на устье реки Старицы, впадающей в Днепр, и отбивались до последней крайности от неприятеля, превосходившего их числом и артиллерией; наконец, вынужденные недостатком продовольствия, козаки объявили, что будут повиноваться сеймовому приговору. Поляки, с своей стороны, обещали не преследовать их, когда будут расходиться по домам, но не сдержали обещания. В конце года козакам было повещено, чтоб они собрались на урочище Маслов Брод слушать решение короля и Речи Посполитой. Это решение состояло в том, что козаки лишались права избирать старшин; назначен был им комиссар от правительства, Петр Комаровский, с правом назначать полковников; главным городом козацким, местопребыванием комиссара, объявлен Корсунь.
Правительство приказало возвратить козакам их прежние земли, которыми они владели наследственно; но польский гетман Потоцкий с товарищами, назначенными для улажения дела, объявил, что этот пункт никак не может быть приведен в исполнение, потому что, по случаю выпавших снегов, нельзя различить ни столпов пограничных, ни насыпей, ни ручьев, ни дорог, ни болот, и потому земли трудно разделить. В присутствии Потоцкого и других комиссаров козаки должны были снова присягнуть в верности королю и республике; все оружие было свезено в средину; хоругви, булавы и все доспехи были повергнуты к ногам комиссаров, представителей Польши; тяжкие вздохи раздались среди козаков при этом унизительном для них обряде. Потоцкий принял эти вздохи за признак глубокого раскаяния.
«С этого времени всякую свободу у козаков отняли, тяжкие и необычные подати наложили, церкви и обряды церковные жидам запродали, детей козацких в котлах варили, женам груди деревом вытискивали». Это говорит летописец малороссийский; но вот что говорит польский: «В 1640 году, в месяце феврале, татары крымские всю страну около Переяславля, Корсуня и обширные имения князей Вишневецких вдоль и поперек опустошили, людей и скот забравши, и возвратились домой безо всякой погони, потому что козацкой стражи более не было. Такую выгоду получила республика от уничтожения козаков, а все оттого, что старосты и паны в Украйне хотели увеличить свои доходы, жидов всюду ввели, все в аренду отдали, даже церкви, ключи от которых у жидов были: кому нужно было жениться или дитя окрестить, должен был заплатить за это жиду-арендатору».
Одновременно с этою борьбою козацкою, кончившеюся так неудачно, западнорусское народонаселение продолжало другими средствами вести борьбу за веру и народность свою. Борьба была так сильна со стороны православных, что униаты в январе 1624 года предложили им соглашение, в основании которого долженствовало быть учреждение патриаршества по примеру московского. Но соглашения не последовало, потому что прежде всего нужно было определить отношение нового патриарха к унии, к папе. Православные все более и более увеличивали свои нравственные средства для борьбы с униею. Еще с 1594 года в Киеве при братстве Богоявленской церкви существовала школа. В 1614 году пожар истребил училищный дом; тогда в 1615 жена мозырского маршала Лозки, Анна Гугулевичевна, пожертвовала место и, несколько строений для братской школы, монастыря и гостиницы для православных странников духовного звания. В 1617 году основано было братство Луцкое; в 1619-м шляхта Волынского воеводства дала мещанам луцким грамоту, которою передала им надзор и попечение за делами братства, «потому что, — говорит шляхта, — мы в городе вообще не живем и, по отдаленности, не часто бываем, и потому поручаем надзор и возлагаем труды на младших господ братий наших, господ мещан луцких, с тем, чтоб они во всем ссылались на нас, как на старших; а мы, как старшие младшим, должны им помогать, за них заступаться на каждом месте и в каждом деле». При братстве основана была, разумеется, школа; вот ее устав: 1) Каждый, кто хотел вступить в школу, должен был, явившись к ректору, избранному из монахов, присматриваться сначала три дня к учению, порядку, а бедный и к содержанию, для того, чтобы, поспешно начавши, скоро не раскаялся и не оставил бы предприятия, ибо каждый принимается только с тем условием, чтоб окончил в школе полный курс наук. 2) Если вступить не захочет, отходите благословением; если согласится на порядок и правила, то должен объявить старшему и внести в школьную кружку четыре гроша; тогда будет вписан в ученики. 3) Ученик обязан оказывать совершенное, безответное послушание старшему или кому старший прикажет. 4) Поступивши в школу, ученик должен просить совета у начальника ее, за какую науку ему взяться, и совету этому должен следовать охотно; исключаются те ученики, которые от родителей или опекунов своих назначены к какой-либо известной науке. 5) Никто не должен делать ни в училище, ни вне его, особенно между собою, никакой сделки, что-либо закладывать, торговать, покупать, продавать без ведома учителя. 6) Что будет говориться или делаться в школе, никто за порог школьный выносить не должен. 7) Ученики не должны держать у себя никаких военных снарядов, ни инструментов других ремесл, кроме принадлежностей школьных; также не должны иметь никаких иноверческих и еретических книг. Касательно порядка преподавания было установлено: сперва научаются складывать буквы; потом обучаются грамматике, церковному порядку, чтению, пению. Дети ежедневно один другого должны спрашивать по-гречески, а отвечать по-славянски, также спрашивать по-славянски и отвечать на простом языке. Вообще они не должны между собою разговаривать на одном простом языке, но на славянском и греческом. Потом приступают к высшим наукам, диалектике и риторике, которые переведены по-славянски.
В 1625 году поступил в монахи Киево-Печерской лавры Петр Могила, сын молдавского воеводы, и в 1626 был уже сделан архимандритом ее. Могила на свой счет отправил несколько молодых людей, монахов и мирян, за границу, во львовскую, римскую и другие академии. Когда они через четыре года возвратились на родину, то Могила вознамерился открыть при лаврском больничном монастыре училище. Тогда братство Богоявленское начало просить его не заводить нового училища, а соединить его с старым братским, причем гетман Иван Петрижицкий со всем Запорожским Войском клятвенно обязался защищать братское училище от всех неприятелей и притеснителей, хотя бы то стоило крови; шляхта обязалась ежегодно избирать из среды своей старост для попечения об училище; митрополит Исаия Копинский, преемник Борецкого, от лица всего духовенства предложил Могиле титул старшего брата в Богоявленском братстве, опекуна и смотрителя и защитника братского училища. Могила согласился, и средства братского училища сильно увеличились.
Но в то время как поднятая Могилою киевская школа приготовляла новых поборников русской веры, православные русские лишились самого сильного из прежних ратоборцев своих, Мелетия Смотрицкого. После убиения соперника своего, Иосафата Кунцевича, Мелетий, обвиняемый как участник в этом деле, как поджигатель народа, отправился на Восток для точнейшего изучения восточной веры и церкви, как говорил он сам; но вместо большей привязанности к бедствующей церкви, которой страдания он так сильно описывал прежде в своем Френосе, Мелетий возвратился на родину с убеждением, что восточная церковь заражена протестантизмом. В 1628 году он издал свою защиту путешествия на Восток (Apologia peregrinacij do stron wschodnich), где изложил свой новый взгляд на восточную церковь и предлагал православным русским принять унию. В том же году на киевском православном соборе он должен был отречься от своих мнений и просить прощения; но как только уехал из Киева, то написал протест (Protestatia) против собора, где объявил, что принужден был только силою отказаться от своих убеждений, искренних и правильных. Против апологии возражал православный протопоп Андрей Мужиловский в сочинении Antidotum (1629); Смотрицкий ответил в том же году книгою: Exethesis, которая со стороны православных вызвала Апологию погибель (от греч. apollimi — погибаю, а не от apologeo — защищаю).
В апреле 1632 года умер король Сигизмунд III. В то самое время, как покойник лежал на парадной постели в шапке, похищенной из московской царской казны, и в тот самый день (18 июня), как униатский киевский митрополит Иосиф Вениамин Рутский служил при теле королевском обедню на славянском языке, сенат слушал посольство от козаков, которые просили: 1) права подавать голос при избрании королевском, ибо и они составляют часть республики: при этом послы объявили, что все козачество подает голос в пользу королевича Владислава; 2) просили, чтоб греческая религия оставалась в покое от униатов; 3) чтоб число войска их и жалованье ему были увеличены. Им отвечали, что действительно они составляют часть республики, но такую, как волосы или ногти в теле человеческом; когда волосы или ногти слишком вырастут, то их стригут; так и козаки: если их немного, то они могут служить защитою республике, но когда размножатся, то возникает опасность, чтобы русские крестьяне не встали против панов. Православные и протестанты требовали уничтожения тех стеснений, которым подвергались они при покойном короле. Но меры Сигизмунда произвели свои действия: успела образоваться сильная сторона католических ревнителей, которые не хотели никаких уступок в пользу диссидентов. Реакция системе Сигизмундовой всего сильнее обнаруживалась в семействе покойного короля, в старшем сыне его Владиславе, за которого недаром козаки подавали свой голос. Владислав принял на себя труд согласить униатов с православными, но пять часов сряду понапрасну толковал с ними: обе стороны разошлись еще с большею ненавистью друг к другу. Владислав, однако, не отставал от своего предприятия, и, наконец, при его посредничестве, обе стороны согласились на следующие пункты: 1) быть двум митрополитам: униатскому и православному; 2) в полоцкой епархии быть двум архиереям: полоцкому униатскому и Мстиславскому православному; епархии львовская, луцкая, перемышльская и монастырь Киево-Печерский уступаются православным. Борьба, кончившаяся этими уступками, не обошлась без полемических сочинений: православные для исторического подтверждения своих требований издали в 1632 году Синопсис, или собрание прав и привилегий, данных королями польскими народу русскому, и потом дополнение к этому Синопсису (Suplementum Synopsis); униаты отвечали в том же году сочинениями: 1) Права и привилегии королей польских, данные обывателям Короны Польской и Великого княжества Литовского, находящимся в единении с римскою церковию; 2) Святое единение церквей восточной и западной. В сочинениях этих они старались доказать, что уния существовала в русской церкви со времен св. Владимира. В 1633 году униаты издали сочинение под заглавием: Exorbitancye Ruske , в котором перечисляются все насильственные поступки православных против униатов, а именно: «11 августа 1600 года Ипатия Потея, митрополита киевского, хватил негодяй саблей по шее, убить не удалось, но у левой руки отсек два пальца. 1618 года в Выдубецком монастыре православные схватили униата архимандрита Антония Грековича и утопили в Днепре. В 1622 году в Шарограде протопопа униатского убили, в Киеве войта и священника: на Подгоре униатского монаха Антония Буцкого в Светлое воскресенье убили при церкви; наконец, в 1623 году убили Кунцевича; король долго не верил, чтобы это сделали его подданные, думал, что пограничные москали».