Нападение на Никона было последнею вспышкою мятежа; начали простывать, опамятываться и думать о следствиях своего дела: легко сладили с безоружным воеводою и митрополитом, но теперь предстояло разделываться с многочисленными ратями великого государя. Начали толковать, как бы послать в пятины по дворян и детей боярских и привести их ко кресту; между собою собирались все крест целовать на том: если государь пришлет в Новгород обыскивать и казнить смертию, то всем стоять заодно и на казнь никого не выдать, казнить так казнить всех, а жаловать всех же. Думали и во Псков послать лучших людей, чтобы обоим городам стоять заодно. По всем улицам поставили сторожей от гилевщиков, чтоб ничьих дворов больше не грабили; жалели, что и в первый день позволили грабить дворы, а грабили их ярыжки и кабацкие голыши и стрельцы, которые голые же люди. Лучшие люди говорили друг другу со слезами на глазах: «Навести нам на себя за нынешнюю смуту такую же беду, какая была при царе Иване». Сам Жеглов чуял беду, но делать было нечего: сила была у вооруженной толпы стрельцов, посадские люди не могли против них ничего предпринять.
20 марта, в среду вечером, Жеглов призвал к себе в земскую избу дворян и детей боярских и велел им руки прикладывать к записи, что им с мирскими людьми стоять заодно, стоять за то, чтоб государевой денежной казны и хлеба за рубеж не пропустить. Дворяне и дети боярские отвечали, что приложат руки к челобитной, чтоб государь денег и хлеба за рубеж отпускать не велел, а не к одиночной записи, и, сказавши это, пошли в Каменный город. Тут поднялся шум между стрельцами, козаками и худыми посадскими людьми; толпа побежала в Каменный город, крича: «Переймем дворян, прибежим прежде их в Каменный город, запрем решетку на мосту, дворян в город не пустим, выбьем их за город!» Но когда воры прибежали в рыбный ряд близ моста, то встретились им другие стрельцы и земские люди и поворотили их назад, говоря: «Надобно и ту беду утушить, которую завели, а не вновь воровство заводить». Чтоб утушить беду, выбрали трех человек посадских, двоих стрельцов, одного козака и отправили их в Москву к государю, с дарами и с челобитной, в которой писали: «Бьют челом холопы твои государевы, дворяне и дети боярские и новгородские пятиконецкие старосты и все посадские люди и стрелецкие пятидесятские и все рядовые и все козаки и всякие служивые люди, и твои государевы богомольцы протопопы и попы и Дьяконы и всяких чинов жилецкие люди: в нынешнем, 158 году марта 15 за два часа до света приехали с Москвы немцы и стали на Никитиной улице, и того же дня в другом часу ночи те же немцы поехали из Новгорода вон, и на улицких караулах посадские люди их спрашивали: что-де вы идете ночью без государева пристава и без московского толмача? И они, немцы, учинились улицким караульщикам сильны, поехали из Новгорода, но у Чудова креста всяких чинов люди тех немцев начали ворочать и им говорить: что вы идете ночью, а не днем, ночью ездят воровские люди, пристава и толмача у вас нет? И те немцы начали нас колоть шпагами, и в том с ними учинилась драка. Их воротили к земской избе и расспрашивали, и в расспросе они сказались: я посланник датского короля Иверт Граб, а со мною посланных людей шесть человек, да с ним же ехали шведской земли подданные, а были в Москве для хлебной покупки. И вот посланник Иверт Граб тебе, государю, в вине своей добил челом, что поехал из Новгорода ночью без пристава и без толмача и шпагами нас колол, и в том во всем дал на себя запись, что ему тебе на нас не бить челом и в своей земле датскому королю, а шведы в Новгороде ожидают твоей государевой денежной и хлебной казны. А слух нам есть: как твою государеву казну, денежную и хлебную, шведские немцы возьмут и твои государевы недруги шведские немцы твоею казною хотят нанять иных орд немецких людей и идти с ними под Великий Новгород и Псков: и мы ради за тебя. государя, и за православную веру головы своп положить. Милосердый государь! Пожалуй нас, не вели из своего Московского государства своей денежной и хлебной казны и съестных запасов за рубеж шведским людям давать и пропускать, и не вели митрополичьим и окольничего князя Хилкова ложным отпискам верить, пишут они тебе на нас с сердцов, что мы тебе на них бьем челом».
Челобитная на Хилкова состояла в том, что он царского указа не слушает, отпускает в Швецию торговых людей с хлебом и мясом по ночам для своей бездельной корысти, и на заставы писал, чтобы товаров не осматривать в возах, а которые головы и стрельцы осматривают, тех бьет кнутом и батогами нещадно. Он же в Новгороде у всяких чинов людей в избах печи печатал и в холодные дни топить изб не давал, отчего малые дети перезябли и померли. Он же наговорил митрополита Никона, чтоб тот в день государева ангела новгородцев проклинал без государева указа и без патриаршего: священников всех митрополит запрещает, не велит им к мирским делам и к челобитным прикладывать руки вместо неграмотных людей, и от этого митрополичьего проклятия в Новгороде во всяких людях учинилось великое смятение. Митрополит с окольничим мучили подьячего Нестерка ослопами и поленьем. Новгородцы били челом митрополиту о невинном, и Никон отдал им его, убитого замертво. За такое неистовство и проклятие сила божия Никона митрополита обличила: когда в церкви Знамения стал он говорить: «Свет Христов просвещает всех», — ударило его и всего раздробило. Он же, Никон, на память государевых отца и матери всяких чинов людей и чернецов на своем дворе бил на правеже насмерть. Когда пришла весть о рождении царевны Евдокии Алексеевны, то митрополит на такой радости никого из тюрьмы не освободил; он же хотел соборную церковь Софийскую рушить, а та церковь построена по ангельскому благовестию, и мы ему об этом били челом и церкви рушить не дали, а он, сердясь за это, пишет всякие отписки на нас государю. Он же, митрополит, держал за приставом в цепи и в железах бывшего своего приказного Ивана Жеглова многое время, и несколько дней, возя на дровнях, на правеже его бил и мучил ослопьем насмерть, и вымучил на нем денег триста рублей, и многие он, митрополит, неистовства и смуту чинит в миру великую, и от той его смуты ставится в миру смятение. Да по договору государевых послов с думными людьми шведской королевы везут из Московского государства в Шведскую землю государеву денежную казну по двадцати и по сороку тысяч разными дорогами. В нынешнем 1650 году, в Великий мясоед, приехал в Новгород московский торговый человек Моисей Облезов и в Новгороде и в Новгородском уезде закупал хлеб, рожь, а везти тот хлеб в шведские города, а нам никому хлеба купить не дал, и мы все оттого обедняли и оголодали, а шведы мирный договор во всем нарушили, православную христианскую веру у русских зарубежных людей отняли, церкви божии осквернили, попов на Руси ставить не дают, а крестьянских детей крестят своими немецкими попами в своих кирках. Окольничий князь Хилков послал теперь на рубежные заставы стрельцов и козаков триста человек, а для оберегания пороху и свинцу им ничего не дал: из этого ясно, что окольничий шведским людям норовит, а государевых людей губит напрасно. По совету с окольничим гость Семен Стоянов ездит в Шведскую землю много лет, возит рожь и мясо и всякие съестные запасы, немецких людей кормят и с ними советуют, а нас всех православных христиан голодом морят и вконец губят. Он же, Семен Стоянов, с шведскими людьми и иных орд, которые приезжают в Новгород, ест и пьет и ночи с ними у себя просиживает.
Но весть о новгородских событиях пришла в Москву прежде этих челобитчиков. Государь немедленно велел написать грамоту, в которой приказывал новгородцам, чтоб они, помня крестное целование, перехватали заводчиков смуты и выдали их начальству. С грамотой отправился дворянин Соловцев. Когда он приехал в Новгород, то сошлись все в земской избе; приехал воевода князь Хилков, но ему и места не дали. Соловцев сказал новгородцам государево жалованное слово; начали читать грамоту: слыша, что в грамоте написано то же самое, что говорил посланный, стали кричать Соловцеву: «Ты почему ведаешь, что в государевой грамоте написано? Грамота воровская! У нас воров нет, все добрые люди, а стоять всем заодно, за государя; грамоты воровские, а не государевы, вольно вам ночью написать хоть сто столбцов». Хилков сказал: «Когда вы государевым грамотам не верите, то чему уже больше верить?» И пошел в соборную церковь.
Никон велел позвать туда же старост и всяких людей и говорил им, чтоб исполнили государеву волю, но они и ему отвечали то же: «У нас никаких воров нет, государю не виноваты и вины нам государю приносить не в чем». Пошли толки: «Грамота воровская; Соловцев не дворянин, а человек боярина Морозова; надобно его задержать до тех пор, как наши челобитчики с Москвы поедут поздорову». Действительно, Соловцев был задержан; лучшие люди в отчаянии говорили: «Мочи нашей нет!» В земской избе написали запись, чтоб против государева указа стоять заодно; начали силою, побоями приневоливать к рукоприкладству. Несмотря на то, Никон и Хилков успели удержать священников и многих светских людей от рукоприкладства, иные священники и добрые люди сбежали из города, другие лучше согласились сидеть в тюрьмах, нежели подписывать записи. Опять поднялись обличения на Хилкова: «Это изменник, хочет Новгород сдать немцам по приказу Морозова; взял посул у шведского посланника, четвертную бочку золотых, из пороховой казны зелье все выдал немцам, надобно у него новгородскую печать и казенные ключи взять, земскую казну осмотреть и по Каменному городу пушки расставить на случай прихода шведов». 27 марта собралась толпа, поехали на Московскую дорогу, привезли 30 бочек золы и объявили, что привезли селитру, которую Морозов отпустил к немцам; но когда откупорили бочки, то нашли одну золу. 29 марта Никон стал уговаривать исполнить государеву волю, и опять напрасно; 3 апреля начал уговаривать, чтоб отпустили, по крайней мере, Соловцева, и на этот раз новгородцы послушались. Приехав в Москву, Соловцев рассказал свои разговоры с Жегловым. «Зачем ты делаешь такое дурно?» — спрашивал он Жеглова; тот отвечал: «Это дело не я затеял, я сижу тут неволею; взяли меня из цепей миром; а если бы меня земские люди не взяли, то было бы еще хуже, потому что я унял смертное убийство и грабеж и датского посланника не дал до смерти убить».
Между тем приближался к Новгороду боярин князь Иван Никитич Хованский с небольшим отрядом ратных людей. Жеглов отправил к нему письмо, в котором извещал, что выехал было к нему навстречу, но не мог переехать Волховец за льдом. «Ожидают тебя в Великом Новгороде, — писал Жеглов, — а встречать тебя хотят за городом с хлебом и солью; милости у тебя, государя, прошу, не в укор тебе, государю моему, бью челом и пишу: облегчись в Великий Новгород скорым обычаем не со многими людьми и милостиво учини, а мирские люди государской милости и тебя ожидают вскоре; вперед, государь, жалуй, посылай в Новгород новгородцев, а не иногородних людей, потому что иногородние люди не ведают ничего, говорят многие прибавочные речи, а новгородского извычая не знают; новгородский Никон митрополит и окольничий князь Хилков в мир пускают словесную речь большую с устрашением, будто бы, государь, в Великий Новгород идешь по их отпискам православных христиан вешать и пластать без сыску и без очных ставок, и теми речами в миру чинят великое сумнение и смуту». Жеглов только еще писал письма Хованскому, но товарищ его Федор Негодяев поступил решительнее: он перебежал к Хованскому, который переслал его в Москву. Отсюда 15 апреля послан был царский указ Хованскому в Новгород не ходить, стоять у Спаса на Хутыне, собирать ратных людей, около города поставить заставы, никого не пропускать и к новгородцам посылать уговаривать покориться. Воевода исполнил приказание и получил ответ от новгородских стрельцов, что когда в земской избе прочли его грамоту, то посадский человек, сапожник Елисейка Григорьев, прозвищем Лисица, начал говорить всему народу: «Мы боярина князя Хованского в город не пустим, а если какая немера будет, то мы, взявши знамена и барабаны, пойдем все во Псков». Он же, Елисейка, говорил: «Если Хованский придет с небольшими людьми, то мы его пустим, если же с большими, то не пустим». Все новгородцы писали Хованскому то же, что и Жеглов.
17 апреля царь отвечал новгородцам на их челобитную: «Прислали вы к нам челобитные от имени дворян и детей боярских, но у челобитен этих дворян и детей боярских рук ничьих нет, то вы делаете воровством. Нам, великому государю, известно подлинно и без вашего воровского письма и оправданья, что в Новгороде датского посланника и других немцев били, митрополита бесчестили и били, окольничего нашего лаяли и бесчестили, городовые ключи у него отняли и нашего государева повеленья ни в чем не слушаете. В ваших челобитных написано, чтоб нашей денежной казны и хлеба в Шведскую землю не пропускать: и мы, великий государь, с божьею помощию, ведаем, как нам государство наше оберегать и править. По вечному докончанию с шведским королем надобно было отдать всех перебежчиков, а довелось тех перебежчиков, православных христиан, в шведскую сторону отдать в лютерскую веру с 50000 душ, и мы велели за них дать деньги 190000 рублей, и в то договорное число отпущено было с Логином Нумменсом только 20000… Хотя бы вам в хлебе и прямое оскудение было, так вам бы надобно было бить челом нам, великому государю, и мы бы приказали привезти к вам хлеба. Пишете, чтоб хлеба и других съестных запасов продавать за рубеж не велеть, но тому статься нельзя, потому что между государствами ссылке и всякой торговле как не быть? Если с нашей стороны в каких-нибудь товарах заказ учинить, то шведы и сами никаких товаров в нашу сторону не повезут, и в том нашему государству будет оскудение. Жалуетесь на митрополита, что проклинал: и то он учинил дело; да если б он что иное учинил и не по делу, то об этом наше государское рассмотрение вперед будет. А чтоб шведским немцам идти под Новгород и Псков, и то нестаточное дело, потому что между нами и королевою вечное докончание. А что пишете о перемене окольничего князя Хилкова, то мы его переменить велели и указали быть в Великом Новгороде боярину нашему князю Юрью Петровичу Буйносову-Ростовскому. А челобитчикам вашим Сидору Исакову с товарищами (хотя бы за ваши злые вины учинить того и не довелось) велели видеть наши царские очи и велели их отпустить без всякого оскорбленья; а стрельцу Кирилку да посадскому человеку Иевку Красильникову велено побыть на Москве до подлинного сыска, потому что они с ворами были вместе и на Москве с товарищами своими в речах порознились, говорили ложные речи. И вы бы вины свои принесли и заводчиков всех отдали боярину нашему князю Хованскому. А что вы прислали дары, и тех даров принять не довелось, потому что вы в своих челобитных вины своей нам не принесли и воров не прислали». В тот же день отправлена другая грамота с угрозою, что если новгородцы князя Хованского не примут и не будут слушаться и к сыску воров и заводчиков не отдадут, то государь пошлет с Москвы бояр и воевод с многими ратными людьми и велит учинить над новгородцами большое разоренье.
Между тем Федька Негодяев, живя в Москве, успел заискать расположение бояр и царя, видел царские очи, был у руки, получил прощенье и объявил, что Никон и прежде был виновником смуты: митрополит хотел в соборной церкви переделывать, и вот в Петров пост 1649 года мирские люди многие приходили к нему с шумом и говорили: «Прежде многие власти были, а старины не портили; мы тебе старого ничего в соборной церкви переделывать не дадим!» От митрополита пошла толпа к св. Софии, подвези из церкви выбросили, мастеров, которые подвязывали подвези и сбирались столпы ломать, хотели бить, но те спрятались.
Негодяева отправили из Москвы в Новгород уговаривать горожан к повиновению, уговаривать и Жеглова, чтоб отстал от воровства, и обещать прощение. Но вслед за этим, 20 апреля, получена грамота от Хованского, что новгородцы покорились. Как сильно было впечатление, произведенное в Москве рассказами Негодяева, видно из того, что на другой день по получении известия от Хованского о покорности новгородцев, 21 апреля, царь писал Никону: «Ты бы соборной церкви рушить и столпов ломать не велел». Никон сильно обиделся и отвечал длинною грамотою; описав все свое поведение во время мятежа, Никон продолжает: «Посадские добрые люди у меня пробыли во дворе, поил я их и кормил, и всякое худое дело у Ивашки да у Игнашки (Жеглова и Молодожникова) моего ради постояния разорялось и в совершение не приходило, и только бы я о том не стоял, много бы хуже псковского было; беспрестанно я за тебя, государя, бога молил и к тебе писал, нанимая худых людей всякими способами, посылал тайно. И за то. по наговору Ивашки Жеглова. опозорен и изувечен: да тот же Ивашка с товарищами били челом тебе ложно, будто я всех новгородцев проклинал; но я проклинал воров, а не добрых людей, и оттого сталась смута; но я проклинал на третий день после смуты. Да они же били челом, будто я хотел церковь соборную всю разрушить, и то явное их ложное челобитье: как мне без твоего государева указа разрушить? Да и софийской казны не будет столько, что разобрать, не только что вновь создать. А Федька Негодяев твою государеву милость обманом выманил, а он не только твоего государева жалованья не достоин, но и живота не достоин; он на меня тебе, государю, и боярам твоим налгал небылицу, для его ложных слов ты на меня кручинишься, и что я к тебе ни писал, ответа мне до сих пор нет никакого; мне о том очень сумнительно и впредь о твоих государевых делах писать к тебе и здесь говорить нельзя. А ныне в Великом Новгороде тихо, сильно плачутся о мимошедшем своем к тебе согрешении. Милостивый государь царь и великий князь Алексей Михайлович! Уподобись милостивому и человеколюбивому богу! Как будут тебе о своих винах бить челом, прости; а я, уговаривая их, в твоей милости ручался, а если б не так уговаривал, то все бы отчаялись за свое плутовство и на большее бы худо вдались; ко мне всем городом приходили не по один день и прощения просили, что меня били и бесчестили и били на меня челом ложно». Царь отвечал: «То ты, богомолец наш, делал и исполнял господню заповедь, св. апостол и св. отец предание, ревнуя по истинной Христовой вере, ревнуя прежним святителям и хвалы достойному новому исповеднику, Ермогену патриарху. И мы, великий государь, тебя за твое раденье и крепкое стоянье и страданье милостиво похваляем; и тебе бы и вперед ко всесильному богу обеты свои исполнять и добрым делам ревнителем быть, как начал, так бы и совершал».
С 24 апреля Хованский приступил к розыску. Прежде всего явился датский посланник с жалобою на Волка, которого пытали, и он повинился, что посланника бил и бесчестил; на него же все единогласно показывали, что мятеж, гиль и воровской завод чинил с Ивашкою Жегловым и Елисейкою Лисицею. Чтоб удовлетворить посланника и тем предотвратить разрыв царского величества с королевским, Волку отсекли голову на площади; палача, который пьяный приходил к посланнику и его опозорил, высекли кнутом. С 24 апреля по 7 мая сыскали заводчиков: старосту Андрюшку Гаврилова, Елисейку Лисицу, Ивашку Жеглова, Игнашку Молодожникова, Никифорку Хамова, Степку Трегубова, Панкрашку Шмару, площадного подьячего Нестерка Микулина с сыном Гаврилкою, площадного подьячего Аханаткова; всех же объявилось в воровстве 212 человек.