Посланному к нему стольнику Лутавинову Мазепа говорил подробнее: козаки, стоя во Пскове, ездили покупать конский корм на чехи, но тамошние жители на чехи им не продавали, а у козаков, кроме чехов, других денег нет, и они ездили по уездам и брали конский корм, но тут у них коней и оружие поотнимали и самих человек с 40 в воду побросали, а иных до смерти побили. Били они челом об управе боярину Бор. Петр. Шереметеву, но он ничего не сделал. Козаки говорят, что гетман ездил в Москву и получил кавалерство, а об них и об нуждах их великому государю не доносит и не бьет челом, а они в этих службах вконец разорились. Говорят тайно между собою: если гетман о их обидах не будет бить челом великому государю, то они пойдут служить к королю польскому или шведскому. «Я, — говорил Мазепа, — и сам их боюсь, потому что надежные сердюки все разосланы во Псков, а при мне надежных людей моего регименту теперь малое число, а московских стрельцов только триста человек; прошу стрельцов прибавить и сделать тысячный полк для моего оберегания. Великий государь указал бы мне на свою службу идти: надобно мне выбрать войска доброго с 30000 или по крайней мере 20000 и идти Литвою, потому что этот путь близкий и кормный».
Вслед за тем гетман дал знать государю, что в январе он отпустил на службу во Псков низовое Войско Запорожское и что запорожцы, не имея в очах своих ни страху, ни стыда, так буйно и лениво шли, что едва на масленице вышли на смоленский рубеж, и сколько на походе своем причинили неправд, грабежей и обид людям малороссийским и великороссийским, того и пересказать нельзя, едва и неприятель может хуже поступить; за это, прибавлял Мазепа, надобно их поставить на таком месте, где бы лучше отслужили.
Петр велел сейчас же отдать пушки черкасам и нарядить следствие о том, как с ними поступали на сенах. Шереметев отвечал, что черкасы сами пушек не взяли, потому что везти не на чем; что, будучи во Пскове и во многих городах в походе, русские села и деревни они разоряли, людей побивали, топили и грабили. Мазепе дано было знать, что такое поведение служилых людей его регимента только для него презрено и прикрыто милостиво; но пусть вперед закажет им накрепко, чтоб вместо неприятеля над своими такого разорения не чинили.
Мазепа сам писал о буйстве запорожцев во время похода, но и от тех, которые оставались на Сечи, не было покоя. В начале 1701 года запорожцы прислали Мазепе жалобу, что селитреники, которые выделывают селитру около реки Самары, обещали им платить с котла по 100 золотых и обещания не исполняли. Донеся об этой жалобе государю, гетман писал: запорожцы кроме того, что берут по сту золотых с котла, притесняют селитреников всячески: и деньги, и напитки, и харчи берут с селитряных майданов беспрестанно, почему селитра дешево продаваться не может. Запорожцы упорно называют речку Самару от устья до верху и леса, по ее берегам растущие, и дальние буераки лесовые, и могилы, из которых селитра делается, своими; грозили майданы селитряные разорить, селитреников с работниками отогнать и не только на селитряное дело, ни на какую потребу лесов самарских никому не давать, как паствы скотине там не дают. И если при реке Самаре селитры не делать, то нигде более способных мест нет.
В апреле новое донесение от гетмана: Войско Запорожское низовое, собравшись в числе трех тысяч, приготовя четыре пушки, поставив себе полковников, хотело идти на Ногайскую орду на помощь крымскому хану. Гетман послал им выговор, как они смели самовольно сноситься с крымским ханом и идти на Ногайскую орду. Кошевой отвечал: «Трудно было нам посылать в Москву и дожидаться монаршеского указа или докладывать вашей вельможности, потому что хан позвал нас вдруг, уже вышедши на поле; он обещал нам своих коней и уступку всей добычи. Дело не сделалось по непостоянству зимы; некоторые из наших хотели идти на ханский призыв, а не всем кошем мы поднимались и не на православных каких хотели идти. Здесь исконная вольность: кто куда хочет пойдет и где хочет добычу берет, удерживать войско от корыстей невозможно. Да и о том докладываем, что теперь низовое войско час от часу стесняется людьми городовыми, зверя и рыбы казакам добыть негде, а монаршеским жалованьем целый год прожить нельзя, и потому поневоле принуждено наше товарищество идти в помощь хану на орду Ногайскую. Нам кажется, за это гневаться на нас не следовало, напротив, надобно было радоваться, что бусурманы, бранясь между собою, нас призывают. Мы о том промышляем, чтоб они не только низовое, но и городовое войско призывали себе на пагубу».
Гетман сам вызывался идти в ливонский поход и именно Литвою; желание его было исполнено, он получил указ выступать. Но в это же время Мазепа бьет челом, что от тяжких походов козаки и поселяне очень злобятся и переговаривают между собою, что им приходит пропадать до конца, скоро изгубят их москали частыми и трудными походами, у каждого мысль — уходить за Днепр. И для всякого опасения, чтоб над ним, гетманом, не сделали какого зла внезапно, указал бы государь быть при нем тысяче человек стрельцов, а жить им попеременно: 500 при гетмане, а другие 500 в Путивле; жен их и детей привесть к ним в Путивль, потому что теперь живут в Батурине стрельцы седьмой год без жен и, впавши в отчаяние, делают такие неистовства, что и выговорить стыдно; а в Батурине жить им с женами неприлично, потому что делаются от них батуринским жителям великие обиды, кражи беспрестанные. Но этого мало: в июле 1701 года Мазепа дал знать Головину о прелестях татарских. Ханский визирь, зазвавши к себе гетманского посланца, говорил ему: «Где ваш царь? На Воронеже корабли строит, понапрасну трудится! Для чего ваш царь пренебрегает ханом и всем государством Крымским? Для чего не хочет нам казны давать по-прежнему? Если надеется на силу, так и хан также силен: как сядет на коня, то будет с ним двести тысяч сабель. Если надеется на калмыков, то и та надежда даровая; это цыгане, только б им казну от царя брать, а с нами никогда по правде не будут биться. Скажи гетману, что если он словам моим не верит, то пусть созовет раду и мои слова объявит старшине и черни: увидит, что все возмутятся за нашу любовь, только пусть обнадежит всякого, что вольно все говорить. Знаем мы хорошо, что у вас на Украйне делается, знаем, что все козаки обнищали; а когда будут с нами по прежнему в братстве, то в несколько лет станут так же богаты, как при Хмельницком были; я говорю именем хана и всего Крымского государства; жаль нам вас, как людей воинских, скоро пропадете держась того народу московского».
После таких донесений от Мазепы понятно, почему он получил указ возвратиться назад в Батурин. Гетман обиделся или по крайней мере показал вид, что обиделся, и 20 июля 1701 года писал Головину: «Монаршеский его царского пресветлого величества имянной указ — дабы я возвратился в Батурин, послал на свое место с несколько надесять числом войска наказного гетмана, застал меня в литовских краях, в 12 милях от Могилева: и с какою моею жалостию и стыдом от тутошних жителей возвращаюся вспять, сам бог, испытуя сердца и утробы человеческие, лучше знает. Не так для поднятых трудов чрез толь долгую непотребную дорогу, как для того, что по должному моему намерению не сталося, когда ж так себя было выбрал в ту военную дорогу с сердечною охотою и немалым моим коштом, чтобы я то показал бы по себе не на словах, не на бумаге, но самым делом, пред всем светом в его монаршеских очах, что есть верный подданный». Мазепа отправил ко Пскову четырех полковников: миргородского, переяславского, полтавского и лубенского, да наказного нежинского с семнадцатью тысячами войска и наказным гетманом назначил полковника миргородского (Данилу Апостола).
После Ерестферской битвы этот наказный гетман прислал Мазепе жалобу: «Генерал стал в мызе Ерестфер и войска великороссийские около себя поставил неподалеку по всем дорогам и малым путям и всему войску дал позволение, чтоб охочие шли на все стороны в загоны, разоряли и жгли; наши малороссияне, как большие охотники до добычи, едва не до самого Юрьева Ливонского ездили загонами и много добычи привозили в свои таборы. Но войска великороссийские, верно наученные нарочно, по всем дорогам у козаков отнимали силою добычу и самих нещадно побивали, отчего бедному нашему войску бесчестие и ругательство; а теперь, как слышим, в наших перьях щеголяет, нашею добычею корыстуется сам региментующий (Шереметев), а нашу усердную и верную службу пред монархом осуждает и ругается. Еще во Псковщине будучи, слышали мы в народе слова, будто от нас никакого не было дела и службы, но терпели, видя недоброхотство региментующего ко всему краю нашему. Слыша от нас, какие там нестерпимые недоброхотства, едва ли кто вперед из Украины нашей туда на службу царскую пойти захочет, хотя бы с великим насильством и принуждением». Но оказалось, что великороссийские войска не много отняли добычи у козаков, потому что Апостол привез в Малороссию 4 знамени, 5 пушек, до двадцати пленных офицеров, а у простых козаков оказалось пленных чухнов, лошадей и других пожитков многое число. Знамена, пушки и офицеры были отобраны, вся другая добыча оставлена.
Между тем запорожцы не переставали делать неприятности: в октябре 1701 года они разорили селитряные заводы по обоим берегам Самары; размежевывать земли по реке не дали; наконец, ограбили греческих купцов, шедших из Турции в Россию. Султан прислал в Батурин с требованием, чтоб немедленно были отданы его подданным пограбленные у них товары, а раздражать султана в это опасное время было нельзя, чтоб к войне шведской не прибавить еще турецкую.
Головин просил у Мазепы совета, что делать с запорожцами? Мазепа отвечал: «Имеешь, ваша вельможность, высокий разум, которые великие монаршеские исправляешь дела; так можешь свободно без моего совета то рассудить, какого запорожцы наказания годны. Я бы им давно притер носы и унял их от сумасбродного своевольства и за нынешний проступок умел бы покарать, если б не боялся привести их в последнее отчаяние и отогнать от милости монаршеской. Издавна не раз бывало, что они, усмотря с этой стороны какое-нибудь неудовольствие, ставили кого-нибудь себе наказным гетманом и уходили в соседние области, ища заступления, что и теперь сделать им нетрудно». Головин писал, чтоб гетман зазвал к себе в Батурин лучших запорожцев и прислал их в Москву. Мазепа отвечал: «Старинная пословица говорит: мужик черен, как ворона, а хитер, как черт; я уже говорил с запорожцами, которые ехали в Москву за жалованьем, пытал их о разбое над греками, представлял, что это дело не может успокоиться, пока не выдадут заводчиков; но у них один ответ: у нас нет никаких заводчиков, мы все это сделали, все Войско Запорожское низовое на то позволило. Есть у них писарь Зеленецкий, вор и давный изменник, который был первым советником Петрику и вместе с ним в Крым ушел, навел на Украйну татар и запорожцев; разбитый под Цариченкою, убежал в Запорожье и до сего времени там живет, оставя в Полтаве отца, мать и жену. Говорят о нем, что великую имеет силу между запорожцами; в раде молчит, а по куреням тайно что хочет, то делает. Если б дал бог прибрать его к рукам, то тайны запорожские открылись бы, ибо нестаточное дело, чтоб запорожцы поступали так дерзко, не будучи обнадежны либо от хана, либо от поляков».