Через год с чем-нибудь после приезда Феофилакта в Петербург умер Феофан 8 сентября 1736 года, только 55 лет от роду. Феофан не признавался своим, что «во сне пугался и наяву всегда боялся», но сильные тревоги в борьбе, которая могла кончиться низвержением и заточением, сильное умственное напряжение в отыскании средств к защите и к предупреждению врагов должны были истощить его, тем более что эти треволнения начались и продолжались безостановочно, когда Феофану было уже 45 лет — возраст, в который для продления жизни нужно увеличение спокойствия, а не тревог; притом надобно заметить, что Феофан не отличался умеренностью, любил хорошо пожить и потому так вооружался против «ига неудобоносимого», которому подлежал по своим обетам. Говорят, что, почувствовав приближение смерти, Феофан приставил ко лбу указательный палец и сказал: «О, глава, глава! Разума упившись, куда ся приклонишь?» Слова знаменательные в устах вождя ученой дружины, которая с таким страстным увлечением бросилась упиваться разумом, но вот вождь дружины, «дивный первосвященник», в страшную предсмертную минуту задает себе вопрос: куда приклонится голова, упившаяся разума, достаточно ли этого упивания для человека?

По смерти Феофана объявлен был высочайший указ, «чтобы которые были служителями новгородского архиерейского дома, то оные б не разошлись никуда, а были бы все при том доме, а особливо те ребята, которые в доме его учились, чтоб оные учились по-прежнему и были б содержимы в таковом же довольстве, как и при живом архиерее. А учителю или надзирателю, который к ним приставлен, приказать, чтоб он их обучал и смотрел за ними не леностно». Впоследствии Кабинет представил об этой школе императрице, что Феофан «при жизни своей особливым своим тщанием, собирая сирот, учредил семинарию и содержал оную в весьма добром порядке со многим иждивением своего персонального имения; при кончине же жизни своей во всем оставшемся по нем имении учредил наследниками вышеозначенных из сирот-семинаристов в рассуждении том, что когда из тех семинаристов кто по окончании наук определится куды к делам, дабы оный тем данным ему награждением мог себе озаводиться постройкою двора и завестись домом, чтоб от скудости не оставил своей науки». Кабинет ходатайствовал об исполнении желания покойного Феофана «в рассуждении его верной и ревностной службы, и особливо, что он так добропорядочно из сирот семинарии содержал и немало их обучал в пользу государственную». Императрица согласилась и поручила исполнение дела князю Ал. Мих. Черкасскому, приятелю покойного.

Судьба лиц, страдавших из-за Феофана, не облегчилась по его смерти, потому что за Феофаном стояли другие, более сильные лица, считавшие вредными для себя стремления врагов Феофановых. В 1738 году Феофилакт Лопатинский за «злоумышленные, непристойные и продерзостные рассуждения и нарекания» лишен архиерейства, священства и монашества и заточен в Выборгский замок, куда никого к нему не пускали, бумаги и чернил не давали; на содержание его отпускалось по гривне на день. Коллети умер, как видно, в крепости; Платон Малиновский лишен архимандритства, священства и монашества и под именем Павла Малиновского сослан в Сибирь.

Торжество Феофана над противниками и неоспоримое первенство его в Синоде дали возможность строго проводить те меры относительно духовенства, которые были предписаны в эпоху преобразования, меры благодетельные, за которые нельзя было подвергнуться упреку в протестантском направлении. В сентябре 1732 года Синод предписал наблюдать прежние строгие меры относительно поведения монахов, особенно относительно отпуска их из монастырей; Синод объясняет свой указ тем, что многие монахи, презрев обязанности своего звания, не только внутри монастырей не очень исправны, живут не по обещанию, но, исходя самовольно из монастырей (что есть самая непростительная продерзость) и скитаясь без нужды по разным местам, ведут себя бесчинно, и те, которые должны всякими добродетелями нелицемерно украшать себя к созиданию церкви, — те злообразием дел своих подают соблазн к развращению, нимало не помышляя, что чрез них хулится имя божие». В следующем году Синод запретил постригать в монахи находящихся при школах студентов прежде трехлетнего искуса. В 1734 году запрещено белому духовенству принимать к себе монахов не только на житье, но и для ночлега. и на самое короткое время, потому что ныне, говорит указ, являются чернецы повсюду своевольно бродящие. В том же году Феофан объявил Синоду указ императрицы, чтоб не постригать в монахи никого, кроме вдовых священнослужителей и отставных солдат: архиерей, допустивший нарушение этого указа, должен был платить 500 рублей штрафа и монастырские власти — подвергаться расстрижению и ссылке на каторжную работу. Почему указы Петра Великого требовали таких строгих подтверждений, видно из следующего: в 1731 году известный нам Иоасаф Макеевский, архимандрит Бизюкова монастыря, вместе с известным нам также Иосифом Решиловым поехали погулять в монастырское сельцо Сергиевское и взяли с собой шестнадцатилетнего певчего архиерейского Алексея Давыдова. Отцы, подгулявши, нарядили Давыдова в монашеское платье, в котором он им показался очень красив; тут пришла им мысль сделать сюрприз преосвященному Феофилакту, постричь на самом деле Давыдова, и на другой же день он был пострижен под именем Алимпия. Феофилакт действительно удивился, увидав перед собою шестнадцатилетнего монаха. «На что ты, сударь мой, постригся: ты еще молод и совершенно монашеского чина понести не можешь», — заметил ему добрый архиерей, и этим дело кончилось. Стремление восстановить и развивать меры Петра Великого относительно монастырей продолжалось и по смерти Феофана: в 1738 году императрица издала наказ Синоду, как составить инструкцию для управления Троицкого Сергиева монастыря. По этому наказу архимандрит должен был хранить весь древний церковный порядок благочиния, не смел ничего переменять, иконостасов и утвари не переделывать, но так как правительство имеет особенное старание о снабжении церквей учеными священниками, ибо простой, подлый народ от невежества впадает во всякое зло, а учение есть семя премудрости и благодати божией, всеваемое духом святым в сердца человеческие и от него все добродетели рождаются и процветают; так как необходимо нужно, чтоб в государстве священнический чин просвещен был божественным учением для преподавания слова божия, для искоренения богоненавистных страстей, нечестия, всякого злодеяния, для обращения неверных — мордвы, чуваш, черемис, которых легко привесть в веру Христову, если б были учительные священники и архиереи о том старались бы, то императрица повелевает немедленно в Троицком монастыре завести семинарию для обучения латинскому, греческому и, если возможно, еврейскому языку, начав от грамматики даже до риторики, философии и богословия, а для того набрать учеников до 200 человек. Потом близ Троицкого монастыря построить сиротский дом или определить из женских монастырей для воспитания малолетних сирот и принятия зазорных приносных младенцев. Относительно управления монастырем и его громадным недвижимым имуществом наказ велит переменить одноличное управление на коллегиальное: 12 соборных монахов вместе с архимандритом составляют правление монастыря и решают дела на письме, и все подписываются, как в коллегиях и канцеляриях; без общего суда архимандрит не должен никого наказывать телесно, не может наказывать и переменять соборных монахов. В описываемое время всех монахов в 708 монастырях считалось 7829; монахинь в 240 монастырях — 6453. Число крестьян, которыми владело черное духовенство, простиралось до 758802.

Распоряжения Петра восстановлялись и относительно белого духовенства: в 1732 году возобновлено было запрещение светским людям допускать в свои домы, призывать и определять для исправления каких-либо треб священников, дьяконов и церковных причетников без ведома духовного правительства, ибо Синод сообщил Сенату, что в домах разных чинов людей и у знатных особ явились продерзатели , которые или самовольно оставили свои церкви, или, будучи обвинены в тяжких преступлениях, бежали от суда, или не только епархиальными архиереями, но и самим Синодом запрещены и даже совершенно от священства отлучены, а иногда даже и никакой степени священства не имеют. В 1739 году Синод получил указ императрицы, в котором говорилось, что хотя на первое время и трудно сделать, чтоб при всех церквах были ученые священники, по величине государства, по множеству приходских церквей, которых по последним ведомостям показано до 16000, однако по крайней мере надобно выбирать в священники таких. которые бы закон христианский основательно знали, к чтению св. писания прилежали и по возможности рассудить могли, что читают. Но известно, что теперь не только таких священников, не при многих церквах и никаких нет, потому что старые священники померли, другие за вины и непорядочную жизнь отлучены, а между тем люди без покаяния и причастия помирают, в отдаленных от церквей местах принуждены жить без брачного венчания в церкви. Синод должен всюду послать указы ее величества, чтоб приходские люди по сущей справедливости и по совести выбирали ко всякой церкви на одно праздное место по два или по три кандидата, которых архиереи должны свидетельствовать относи тельно разума, научения закона, прилежания к св. писанию и беспорочной жизни, а потом не меньше трех месяцев всех этих став ленников архиереи должны содержать при своих домах или в ближних городских монастырях и довольствовать пищею, а между тем ученые священники обучают их заповедям божиим, преданиям церковным и прочим обязанностям священника с толкованием св. писания, в чем состоит закон христианский и проч., и каждую неделю всех их архиереи сами экзаменуют, а между тем наблюдают за их поведением. Так как после генеральной переписки церковников и их детей не только не убавилось, но прибыло с лишком 57000 человек, то из такого множества при должном радении архиереев не только можно при всех церквах поставить добрых священнослужителей, но можно и выбрать молодых людей в школы для обучения высшим наукам. Притом должен Синод наиприлежнейшее попечение иметь, чтоб во всех епархиях неотменно были учреждены семинарии. Этот указ огорчил Синод: от него требуют наиприлежнейшего попечения об образовании духовенства и тем косвенно упрекают в недостатке попечения, тогда как не его вина, что со стороны епархиальных архиереев он не находит никакой помощи в этом деле. Огорчение Синода высказалось в его указе, разосланном архиереям, чтоб немедленно были определены ученые священники или иеромонахи для обучения ставленников и чтоб немедленно же дано было знать в Синод, кто определен или где таких священников не найдено; в указе говорится: «Хотя об учреждении семинарий и многие указы по епархиям посланы, однако старание об этом обнаруживается в некоторых местах не только слабое, но почти и никакого, а почему — неизвестно; вина такого нерадения падает преимущественно на главную духовную команду , а потому виновные «хотя то и явственно видят, обаче толь отважно и нечувственно пребывают, как бы собственного их долга в том нимало не зависит».

В 1736 году турецкая война потребовала усиленного набора, и велено было из синодальных и архиерейских дворян, монастырских слуг и детей боярских, также, из священнослужительских и причетнических детей набрать 7000 человек. В следующем году велено было переписать всех священнослужительских и причетнических детей, и которые из них будут от 15 до 40 лет — всех взять в военную службу без разбора, но потом вышел дополнительный указ: находящихся в школах и кончивших в них курс в военную службу не брать, а поступить с ними следующим образом: которые кончили курс и пожелают быть в духовных чинах, таких тотчас к местам определить и накрепко приказать, чтоб они во все воскресные дни предики сказывали и наставляли народ в хорошей жизни; кто из них в духовном чине быть не пожелает, таких отсылать к губернаторам и воеводам для определения в гражданскую службу, где они, увидев в тех делах практику, могут знатные чины заслужить. Непонятливых в науках долго в школах отнюдь не держать, но брать их в военную службу, чтоб на таких глупых или ленивых людей напрасно расходы и другим трудолюбивым людям в их науках препятствия от них не было. В 1738 году киево-печерский архимандрит с братиею представил Синоду, что монахи из польских областей, честные и ученые, убегая от нестерпимого униатского гонения, приходят с мольбою принять их в Лавру, в противном случае, возвратившись в Польшу, они должны будут сделаться униатами. На это представление последовала резолюция кабинет-министров: принимать таких, которые знают латинский язык и хорошей жизни, чтоб могли быть учителями школ и производиться в высшие духовные чины. Относительно стараний об улучшении материального быта белого духовенства можно привести только представление Синода в Сенат об увольнении его от постоев и нехождении в ночные караулы и другие полицейские наряды. Сенат отвечал указом — не ставить постоев на тех дворах духовенства, где оно само живет; дневать и ночевать на съезжие дворы, и к офицерам в домы для работ и посылок, и к колодникам для караула духовных лиц не спрашивать, чтоб в церковной службе остановки не было, а караулы к рогаткам и хождение на пожары исправлять им с прочими наряду.

Священники должны быть учительны, ибо от этого прежде всего зависит улучшение народной нравственности, кроме того, это необходимо для истребления раскола и суеверий. Против раскола продолжаются прежние меры. В 1732 году Сенат приказал с записных раскольников — с купечества сверх обыкновенных платежей брать еще по стольку, сколько кто платит подушных денег в гильдиях, с крестьян брать по семи гривен, с разночинцев — по рублю двадцати копеек, а с женщин — половину. По прежним указам у записных раскольников детей должны были крестить православные священники и восприемниками быть православные же люди, и отцы обязывались присягою детей своих, крещенных православными иереями, раскольнической прелести не учить, в семь лет представлять к исповеди и причастию и венчать их по чину церковному; также записной раскольник обязывался и посторонних никаким образом к расколу не привлекать. На этом основании велено было теперь доставить ведомости о раскольничьих детях для удостоверения, исполняются ли приведенные указы. При Петре Великом, как мы видели, посылались опытные люди для увещания раскольников; тогда эти увещания ограничивались областями Европейской России, но раскольники, избегая преследований и увещаний, давно уже проложили дорогу на северо-восток, к Уральским горам и за них. Татищев, принявши в управление горные заводы, дал знать, что около Екатеринбурга число раскольников очень велико и близ заводов Демидова, в лесу, есть раскольнические пустыни, где находится корень суеверия, и требовал присылки опытного и ученого священника для увещаний. Синод распорядился отправленлем туда из Москвы от церкви Трех Святителей, что у Красных ворот, священника Ивана Федорова, известного своим искусством спорить с раскольниками: он должен был отправиться в Екатеринбург на три года, по прошествии которых сменял его другой священник. Но Федорову не хотелось ехать так далеко и на такое долгое время; он обратился к своему духовному сыну генералу и кавалеру Григорию Петровичу Чернышеву, нельзя ли избавить от посылки в Сибирь; тот написал письмо Феофану Прокоповичу, что Федоров «за всеконечною своею древностию при объявленном деле уже пользы показать никакой не может». Чернышев отыскал в одном из своих сел священника, который мог заменить Федорова, именно Тимофея Ипатиева, который обучался в Новгороде словенороссийской грамматике и прочему учению и потом сам обучал в Рязани церковнопричетнических детей и теперь охотно ехал в Екатеринбург. Преосвященный Феофан объявил в Синоде, что, «по его мнению, по требованию его превосходительства учинить можно, уволив от посылки отца его духовного и послав священника Тимофея Ипатиева, который, как человек ученый и притом желающий ехать весьма охотно, может отправлять повеленное указом, нежели под неволею посланный».

Мы знаем также, что кроме Востока много раскольников бежало на Запад, за польскую границу. Когда в 1733 году русские войска вступили в Польшу и остались там на несколько лет хозяйничать, то открылась возможность сыскать посредством них всех беглых, как православных, так и раскольников, и возвратить в Россию на прежние места жительства. Раскольников, которые могли указать, откуда они бежали, возвращали на прежние места; которые же объявляли, что не помнят, чьи они и откуда, тех велено было селить в Ингерманландии по разным деревням понемногу, а не в одном месте, причем разведывать, кто между ними наставники и учителя, как будто для того, чтоб определить их к ним по-прежнему, но как скоро они укажут, то всех наставников и учителей забрать под крепкий караул. Сначала для избежания неудобства и издержек дальней рассылки хотели поселить возвращенных из Польши раскольников на Украйне, но потом раздумали по следующим причинам: 1) около тех мест находятся козаки донских городков, из которых многие склонны к расколу, и опасно, чтоб вновь поселившиеся раскольники не совратили козаков или чтоб не перешли за границу, как уж был пример, что многие, ушед за турецкую границу, живут там и для других пристанищем служат; 2) украинская линия сделана и ландмилицкие полки селятся на ней для защиты государства от неприятеля, а от раскольников не защиты, а всякой противности опасаться надобно; также они могут совращать людей из ландмилиции, принимать беглых и к расколу приводить.

Татищев ловил в лесах раскольничьих монахов и монахинь и отсылал к тобольскому архиерею для размещения по монастырям, но архиерей писал в Синод, что раскольники с дороги почти все разбегаются: одна монахиня так искусно притворилась мертвою, что ее положили в гроб, снесли в убогий дом, откуда она была выпровожена живая одним из своих единоверцев; в монастырях, по мнению преосвященного, держать их ненадежно, да и опасно, чтоб они, разбежавшись в мирские жилища, большого вреда православным не оказали. Сенат подал доклад в Кабинет, что так как монашество их раскольничье не важно, то лучше содержать их при горных работах или ссылать в Рогервик, с чем Кабинет и согласился.

С противоположной, самой южной границы пришла также жалоба на раскольников: в 1738 году астраханский епископ Илларион доносил в Синод, что гребенские козаки, несмотря на троекратное увещевательное к ним послание, упорно остаются по примеру отцов своих и дедов при двоеперстном сложении креста, молитве и прочем суеверии. Синод отвечал указом, чтоб преосвященный возымел особенное прилежноусердное радение об увещании оных суеверцев и отправил для того немедленно из духовных персон человека ученого и искусного.