Вследствие безуспешности увещаний Лыкошин отправил для усмирения крестьян команду под начальством капитана Ламсдорфа. Прибыв в село Кижи, команда нашла толпу народа тысяч до пяти, вооруженную винтовками, рогатинами и другим оружием; толпа встретила команду бранью и угрозами перебить всех солдат, требовала, чтоб именной указ был прислан прямо в руки крестьян. Ламсдорф, находя свою команду слабою, принужден был отступить; крестьяне провожали отступавших верст восемь криками: «Счастливы, что стрельбы не начали!» Сенат, получив об этом известие, приказал отправить к возмутившимся капитан-поручика Ржевского с подлинным манифестом, если не будут верить печатному. Но Ржевский не должен был отдавать манифеста никому из крестьян в руки, а хранить при себе; должен был читать печатный манифест там, где будет больше волнующегося народа, не обращая внимания на многолюдность скопища и вооружение; где есть церкви, заставлять читать священников или дьяконов, а где нет, то старост в земских избах; если же будет очень много народу, то на сборных площадях, внушая всем и каждому, что преступление их было следствием научения коварных людей из их же братьи; что как скоро все придут в повиновение, то жалобы их немедленно будут рассмотрены; в противном же случае не будет им никакой милости. После этого Лыкошин уведомил Сенат, что крестьянам по жалобам их делается всякое удовлетворение. Понявши это, они 15 июня при доношении от 8990 душ подали в комиссию объявление, где говорили, что признают свой проступок, что были обмануты ложными обнадеживаниями своих же собратий, и так как теперь они приведены в лучшее положение, то обязываются быть послушными во всем. Лыкошин писал, что со времени прибытия Ржевского пришли еще в повиновение 3105 душ и безотговорочно вступили в работы; для приведения же в повиновение остающихся непослушными крестьян послан полковник кн. Урусов. И на это донесение Сенат отвечал: стараться, сколько возможно, привести в повиновение и остальных крестьян без строгости и жестокостей; все силы употребить для скорейшего рассмотрения и удовлетворения крестьянских жалоб и тем окончить все их неудовольствия. Но желание Сената не исполнилось: комиссия донесла, что кн. Урусов, прибыв с командою в Кижскую треть, сколько ни прилагал старания привести крестьян к должному повиновению кроткими средствами, цели своей не достиг, почему принужден был приказать выстрелить из пушки и лишить жизни некоторых крестьян, после чего остальные объявили себя послушными и уже вступили в работу.
Сиверс не переставал ходатайствовать за крепостных крестьян; он писал императрице: «Позволение, данное дворянам посылать на поселение, кого им угодно, из своих крестьян, причем судья не смеет спрашивать: за что? — это позволение производит ежедневно трогательные зрелища. Крестьянин, которого нельзя сдать в рекруты по малому росту или другому какому-нибудь недостатку, должен отправляться в ссылку в зачет будущего набора, которого помещик боится в будущем году, и многие даже продают эти квитанции. Признаюсь, не проходит дня, чтоб сердце мое не вооружалось против такой привилегии. Сибирь выигрывает относительно мало, если обратить внимание на расстояние и потери в людях на дороге». Сенат принял другую меру для заселения Сибири. Он сделал запрос Коллегии экономии, сколько в Московской провинции таких экономических сел и деревень, которых жители имеют недостаток в земле, и сколько из них в другие места выселить можно. Коллегия отвечала, что она представит об этом немедленно по собрании справок, прибавив, что и по одному Московскому уезду оказывается значительный недостаток в землях. На это Сенат приказал: предписать Коллегии экономии, чтоб она представила как можно скорее сведение, сколько крестьянских семей за недостатком земель можно выселить в Сибирь, чтоб Сенат мог основательно донести императрице, как удобнее заселить ими нужные места в Сибири и как, напротив того, мало пользы может принести прием на поселение помещичьих людей и крестьян, когда бы он возобновился.
Заводские крестьяне волновались, жалуясь на невыносимую тягость работ, и в то же время крестьяне, бегавшие от разного рода тягостей, находили убежище на заводах. Серпейская воеводская канцелярия доносила, что на заводах Демидова явно принимают и содержат в работе беглых, а притом дают им и подложные паспорты.
В городах не было спокойно. Новгородский губернатор Сиверс донес Сенату об обидах, озорничествах, побоях и убийствах, причиненных разным помещикам тихвинскими жителями. Сенат приказал назначить следствие и прибавил: так как из этого представления и из прежних дел усматривается, что такое неустройство, драки и убийства происходят от колокольного набата, производимого безо всякой нужды и без дозволения властей, тогда как звон в набат позволяется только в случаях пожаров, неприятельских и разбойничьих нападений, то обнародовать указы, чтоб впредь, кроме означенных случаев, никто не смел бить в набат при начале частных ссор и драк. Подполковник Рязанов, посланный с командою для доставления в Саратов подрядных лесов для колонистов, подал жалобу, что на дороге в Сызрани городские жители прибили его, ограбили и сожгли бывшие при нем бумаги. Но в то же время поступили доношения от сызранских купцов, пахотных солдат и городового депутата, что Рязанов и команда его сильно обижали граждан, позволяя себе насилия над женщинами и девицами. Смоленский губернатор доносил, что в Вязьме у тамошнего купечества и магистратских присутствующих происходят большие ссоры и драки с находящимися там воинскими чинами; кроме того, откупщик Барышников жалуется на учрежденного там от купечества под магистратским ведомством полицейского старосту Зуева, который поступает против заключенного с Барышниковым контракта, попускает купцам производить многие драки для защиты корчемников. Для прекращения этого губернатор предлагал не раз вяземскому магистрату сдать полицейское управление воеводскому товарищу, который будет зависеть от губернатора, но магистрат не слушается и употребляет в своих представлениях неприличные выражения и нарекания, относящиеся к нему, губернатору. В то же время вяземский магистрат, жалуясь на губернатора, просил оставить полицейское управление в своем ведомстве по силе магистратского регламента. Сенат решил: довольно видны вяземского магистрата губернатору ослушания, укоризны и дерзкие выражения, лицу и власти губернатора как хозяина в губернии неприличные, и для того послать указ в главный магистрат об отрешении настоящих членов вяземского магистрата и определения на место их других по выбору тамошнего купечества, причем Главный магистрат должен нарядить от себя нарочного депутата для произведения следствия над смененными; других следователей должен назначить губернатор. Дерзость вяземского магистрата состояла в том, что он писал к губернатору, как три раза доносил ему о незаконных высылках вина и причиненных Барышниковым двоим купцам разорениях, о других обидах и неплатеже положенного оклада; но губернатор оправдал во всем Барышникова и поручил полицейское управление вяземскому воеводскому товарищу Богданову, большому приятелю Барышникова, на что магистрат не согласился и послал просьбы в Главный магистрат и самый Сенат.
Но далеко не так остался доволен Сенатом белгородский губернатор Фливерн в столкновении своем с членами курского магистрата. Фливерн жаловался, что курский магистрат не допустил записаться в купечество и в цех курских однодворцев, которые уже устроили кожевенные заводы, сапожное и другие ремесла; губернатор просил наказать членов курского магистрата и подтвердить Главному магистрату, чтоб в приписке этих однодворцев в цех не было запрещения. Но Сенат решил: так как из показанных с обеих сторон обстоятельств он не находит побудительных причин к наказанию курского магистрата, напротив, представляемые последним основания находит справедливыми, то означенных однодворцев, исключа из цехов, возвратить опять в прежнее состояние, и так как подобные дела по существу своему принадлежат исключительно магистратам, то губернатору вперед отнюдь в них не вступаться.
Из Каргополя пришло известие, что там страшные непорядки между купечеством, по соляному сбору и по прочим делам упущения и казнокрадства; купцы били тирански секретаря Пятницкого, и когда губернатор назначил следствие, то доноситель копиист Попов найден в реке с камнем на шее; а крестьяне, одобряя воеводу, товарища его и секретаря, просили, чтоб купеческим затейным просьбам не верить, купцы несправедливо показывают, будто воевода, товарищ его и секретарь притесняли крестьян. Рыльская воеводская канцелярия доносила, что тамошние купцы Выходцевы, собравшись многолюдством, не пустили к себе команду, посланную для выемки у них корчемного вина, и вообще делают откупщикам многие обиды и озорничества, а рыльский магистрат, потворствуя им, нужных к следствию людей не присылает.
Продолжавшиеся жалобы на мироедов по-прежнему обличали слабость городовой общины, недостаточную еще способность к самоуправлению. Гжатские купцы Санбуровы, Гурьев и Емельянов жаловались на присутствующих тамошней ратуши, что они завладели принадлежащими купечеству землями; с тех амбаров и лавок, которыми владеют, десятой части в казну не платят; места отводят под поселение неудобные; в торгах делают препятствия; двоих капитальных купцов по злобе отдали на поселение с зачетом в рекруты. Тамбовские купцы Иван Меньшой Кузьмин, Василий Расторгуев, Матвей Бородин и Григорий Беляев доносили, что бургомистр тамбовского магистрата Толмачев тамбовским купцам Бородиным, Расторгуевым и Беляеву дал аттестаты для их торговых промыслов и подрядов не против их капиталов, но с большим излишеством и теперь из тех купцов Расторгуев поехал для откупа питейных сборов. Сенат приказал: 35 человек тамбовских купцов показали, что аттестаты подписаны Толмачевым без согласия всего купечества, единственно только потому, что Бородин и Расторгуев без совету прочих купцов, ходя по домам и лавкам, собирают подписки, чтоб быть Толмачеву бургомистром, чего купечество не желает; следовательно, заключает Сенат, нельзя увериться, чтоб означенные аттестаты были справедливы, тем более что и по нынешнему содержанию упомянутыми купцами питейных сборов состоит на них доимки около 9000 рублей; так как поэтому к торгам питейных сборов их допускать сомнительно, то пусть Главный магистрат рассмотрит немедленно, аттестаты им даны согласно ли камер-коллежскому регламенту.
Мы видели, что с самого начала войны внутренняя охрана была ослаблена, вследствие чего надобно было ожидать умножения разбоев. Лихвинская воеводская канцелярия дала знать о разбитии 7 человек купцов разбойническою шайкою в 30 человек. Вслед за тем Сенат получил известие, что по рекам Волге, Каме и Белой оказались великие разбои, железным караванам Демидовых и Твердышева чинятся грабежи и находящимся на них людям разные мучительства; Сенат приказал казанскому и нижегородскому губернаторам препятствовать и ловить, но легко ли было исполнять приказание? Около Саратова в колониях явились разбойничьи шайки, двух человек убили, несколько селений с хлебом и скотом сожгли, грозя и вперед делать то же. На Каме насчитывали 14 разбойничьих шаек, в каждой от 7 до 15 человек. Разбои начались в Шатском и Касимовском уездах и в Темниковском лесу. Так было в 1769 году. В следующем 1770 казанский губернатор донес, что по рекам Вятке, Каме, Волге и Суре весною появились разбойничьи многолюдные шайки, которые убивают и разоряют обывателей, для поимки отправлены команды и 38 разбойников поймано. Осенью разбойники напали на Фролищеву пустынь (Владимирской епархии), всю разграбили, строителя били мучительски, допытываясь денег. Тогда же получены были известия о разбоях в Слободско-Украинской, Воронежской губернии, в Уфимской и Галицкой провинциях. Потом появились в Балахне, в Тамбовском уезде. Сила и дерзость их дошла до того, что они напали на Кайгород, разорили и пожгли обывательские дома, пограбили деньги соляного сбора.
Но недостаточность войска для охранения порядка всего яснее оказалась в Москве во время бедствия, причиненного также турецкою войною. Мы видели, что русское войско по вступлении в Молдавию встретило там врага гораздо опаснее турок — чуму. В конце лета 1770 года она перешла русские границы, быстро распространилась по Малороссии, начала появляться и на границах Великой России, в Севске и Брянске. Московскую губернию с юга окружили заставами, приняли обычные карантинные меры, велено было и самую Москву обнести палисадником или рогатками, но последняя мера осталась без исполнения. В конце года (17 декабря) чума появилась в отдаленной части Москвы, в Лефортове, в малом госпитале, находившемся на Введенских горах. Главный доктор госпиталя Шафонский дал знать медицинской конторе об опасной болезни, дал знать и обер-полицеймейстеру Бахметеву, а тот донес главнокомандующему в столице графу Петру Семен. Солтыкову, что, по словам доктора, с 17 декабря в госпитале умерло 14 человек опасною болезнею и двое больных остаются. 22 декабря Солтыков писал императрице: «Имеющий дирекцию над госпиталью генерал-майор Фаминцын приехал только сегодня поутру и подал рапорт, ничего значащий и что у них ничего опасного нет. В. и. в-ство изволит усмотреть из рапортов обер-полицеймейстера, да и от медицинской конторы, что зараза уже началась в ноябре месяце. Фаминцын все знал и для чего таил? Г. обер-полицеймейстер — человек весьма проворный и рачительный; я бы желал, чтоб все здешние правители так были исправны и мне в таких нужных обстоятельствах помогали».
В тот же самый день, 22 декабря, собрали совет из медиков — Эразмуса, Шкиадана, Кульмана, Мертенса, фон-Аша, Венемианова, Зыбелина и Ягольского; единогласно было решено, что болезнь должно считать моровою язвою. То же самое доктор Мертенс подтвердил Солтыкову и советовал ему оцепить госпиталь, что и было исполнено. 25 декабря, донося об этом распоряжении, Солтыков писал императрице: «Не надеясь на себя, призывал я доктора Мертенса и требовал его совету, который мне и дал на все то, что уже сделано; кроме того, он требует, чтоб въезд в Москву всем запретить, что никоим образом сделать неможно: в таком великом городе столько людей, кои питаются привозным харчем, кроме помещиков, и те получают из своих деревень; товары к портам везут чрез Москву; все — мясо, рыба и прочее — все через здешний город идет; низовые города — Украйна — со всех сторон едут; воспретить невозможно. Из Украйны же проезд, кажется, необходим: кроме курьеров армия требует многого, необходимо посылать должно кого для подрядов и приему вещей в полки».