Для детей-сирот, остающихся после умерших от чумы, был учрежден приют под ведомством вице-президента Мануфактур-коллегии Сукина. Но оказалось, что больше 100 детей поместить в этом доме нельзя, тогда как каждый почти день привозили сирот. Сенат приказал Сукину занять дом француза Лиона, который отстраивался для пикника на деньги составившегося для этого общества; Сенат объяснял свое распоряжение тем, что пропитание сирот установляется для общества и по освобождении дома от сирот он возвратится для пикника. Мы видели, что Орлов уже распорядился покупкою в казну ремесленных произведений, чтоб дать пропитание работникам. 25 октября он сделал Сенату новое предложение: находится в городе немалое число таких людей, которые, не имея никакого рукомесла, питались прежде самыми черными или грубыми работами, а по настоящим обстоятельствам лишились и их; чтобы доставить и этим людям благозаслуженное пропитание и истребить праздность, всяких зол виновницу, для этого надобно: 1) окружающий Москву Камер-коллежский вал увеличить, углубляя его ров, и к этой работе призываются все охочие люди из московских жителей; 2) платеж за работу будет производиться поденный — мущине по 15, а женщине по 10 копеек на день; 3) кто придет со своим инструментом, тому прибавляется по 3 копейки на день; 4) главный надзор за этою работою будет иметь генерал-поручик сенатор Алекс. Петр. Мельгунов.
Между тем исследовалось дело о бунтовщиках, захваченных в Кремле. Следствие было поручено особой комиссии из духовных и светских лиц под председательством прокурора синодальной конторы Рожнова. 4 октября Рожнов представил Сенату, что из взятых под караул мятежников Степан Иванов, от роду 16 лет, показал на бывшего своего хозяина-купца, который ему прежде мятежа за неделю или больше приказывал: если в городе забьют в набат, то он бы с дрекольем бежал в то место, в чем и хозяин признался. Рожнов спрашивал у Сената, не угодно ли будет мальчика освободить как малолетнего и показавшего правду. Сенат согласился.
В приведенном письме к Бибикову от 20 октября Екатерина уже писала: «Следствие теперь идет, из коего ясно открылось, что ни главы, ни хвоста нету, а дело вовсе случайное». Этот взгляд на случайность события, разумеется, стал руководящим в Москве, когда 1 ноября Сенат стал слушать доклад следственной комиссии, в докладе говорилось: «Из подсудимых не только те, кои в ответах своих показывали о повестках, чинимых им от полицейских служителей в самое время бывшего происшествия, дабы бежали в Кремль; а другие упоминали о том, что слышали прежде за несколько дней, что будут повестки или если услышат набатный колокол или пушечный выстрел, тогда б бежали в Кремль, но, от кого сие слышали, не показали. Увещания не подействовали, и больше не открылось, как только приходя в уныние крестились, а один малолетний обливался слезами. Следствие открыло убийц Амвросия, то были дворовый человек Раевского Василий Андреев, московский второй гильдии купец Иван Дмитриев, города Каширы, Пушкарской слободы, пахотный крестьянин Федот Парфенов; убийцы были введены в Сенат, причем Дмитриев от прежних своих показаний отрекся, сказал, что сделал их из страха. Главных зачинщиков по следствию не отыскалось. В заседании 4 ноября, когда кто-то из сенаторов предложил, что о подсудимых, о которых обстоятельного следствия не произвелено, надобно доследовать, то Орлов сказал: „Хотя по самой справедливости и должно стараться в изыскании истины доходить до самого источника, от чего преступление начало свое получило, дабы виноватые по существу их преступления наказаны были по точности их вин, но как при всем том по случаю нынешних несчастных в Москве приключений, от коих род человеческий подвергается гибели, нет ни времени, ни способов достигнуть до сего, а при всем том теперь нужда настоит, чтоб преступники, кои обличены или признались, как наискорее по винам своим были наказаны, хотя некоторые того и избегнут, но как всегда лучше виновного облегчить от наказания, нежели наказать невинного, то не соблаговолит ли собрание сей суд производить и виновных осуждать единственно уже по имеющимся ныне в деле окрестностям (обстоятельствам) и доказательствам“. Так как Сенат на основании полномочий, данных Орлову, соглашался всегда с его предложениями, то согласился и тут.
На другой же день, 5 ноября, Сенат собрался для постановления приговоров над подсудимыми. Первый начал говорить сенатор Волков: «Читанные сему собранию показания и признания взятых под стражу узников содержат в себе такие деяния, из которых всякое бесчеловечно, законопреступно и, следовательно, жестокого наказания достойно, но сие наказание божескими и гражданскими законами уже предопределено и не остается более, как токмо произнести и исполнить законами определенное. Но когда обращаем мы свой взор на наружные окрестности толико вдруг учинившихся злодеяний и в их наружностях хотим найти прямой того источник, то видим ясно, что каждое из сих преступлений становится несравненно величайшим и жесточайшего наказания требующим, видим, что первопрестольный град, самая средина оного, воззрелище священных мест и монарших чертогов, вместо того чтоб и самые буйственные сердца приводить в чувство и благоговение, были местом сего богомерзкого позорища, видим не разбойника и убийцу, по совершении своего злодеяния тотчас укрывающегося и в самом остервенении своем трепещущего от одного имени правосудия, но великое множество народа, на спасательные ему законы восстать дерзающего и, что злее, преступлениями своими, святотатством и священноубийством торжествующее. Видим свет в недоумении, каким образом народ, набожным всегда и государю. своему, и законам повиновением на толикую степень могущества и славы вознесенный и повсюду победоносный, мгновенно мог забыться и грозные неприятелям руки обратить на самоубийство. Видим отечество, требующее от законов неистовым своим сынам наказания. Видим церковь, пастырскою кровию обогренную и отмщения вопиющую. Со ужасом смотря на сии наружные окрестности, не меньшее предлежит нам соболезнование, когда разбираемый прямой толикого зла источник не потому, чтоб оный рыгал всегда подобным ядом или чтоб таковых же бедствий паки ожидать надлежало, но единственно по размышлению, коль пагубны роду человеческому вообще слепота, суеверие и корыстолюбием частных и малых людей воспламененная ревность не к творцу и св. вере, но к обряду или месту, с явным почти истинной веры и богослужения забвением прилепленная, и коль насильственно, но неизбежно самому нежному и человеколюбивому сердцу употреблять строгость, когда под кроткою державою единая взаимная любовь друг ко другу видима быть имела б. Здесь видим солдата Бякова и фабричного Илью Афанасьева, каждого отвергнувшего свой крест, т.е. свое звание, предавшихся лицемерству и сребролюбию, сделавшихся собирателями стяжания божией матери, никогда благих наших не требующей, но только добрых наших ближнему делу взыскующей; видим сих самозванцев по мере приобретаемого стяжания обративших большее на себя внимание. Видим некоторых из духовенства, имени сего и своего, впрочем, весьма почитаемого сана недостойных, презирающих слепоту людскую с мерзкою пред всевидящим радостию, богослужение в торжище обративших и руки к приятию гнусной мзды простирающих. Видим, но с большим еще соболезнованием некоторых из начальников, кои, вместо того чтоб предписанный законами порядок тотчас восстановить, слабостью своею подтвердили сие неустройство и столько оному возраста допустили, что едва покойный преосвященный хотел токмо сие собранное мирское стяжание предохранить от неизбежного расхищения Бяковых и Афанасьевых, то собственное сих людей корыстолюбие обратило законный поступок в грабеж и святотатство и было единственным подвигом всех из того следовавших зол. Имея такое о судимом нами происшествии и его окрестностях понятие, заключение из того проистекает само собою, а именно надлежит сделать удовлетворение законам с твердостию и потом утешить и утешиться, и потому: 1) изобличенных и повинившихся в убийстве преосвященного Амвросия казнить смертию не токмо как убийц, но как злейших из всех мятежников; 2) все приличившиеся участниками того убийства, монастырского грабежа, осквернения священных мест, поругания св. икон, разбития карантинных домов и больниц как безумным паче стремлением в сие заведены, нежели в самом деле толь богомерзкое имели намерение, то наказать их на теле и сослать в каторжную работу; 3) солдата Бякова и фабричного Афанасьева как вредных обществу лицемеров, наказав на теле, послать в Соловецкий монастырь в заточение; 4) прочих пойманных, но в убийстве и грабеже не изобличенных, виновных в том, что к толпе злодеев приставали, наказав плетьми, определить в казенные работы; 5) остающихся освободить без наказания; хотя, несмотря на их непризнание и неимение в злодеянии доказательств, самое забрание их под стражу утверждает по крайней мере столько, что они подвели на себя подозрение, но для таковых и одно сидение под стражею довольным уже есть наказанием. Но напротиву того, удовлетворяя правосудию, надлежит удовлетворить и благодеянию законов. Г. генерал-поручик, сенатор и кавалер Петр Дмитр. Еропкин был един и первый, который верностию своею к ее и. в-ству, любовию к отечеству и мужеством, сана его достойным, унял сие стремительное буйство и восстановил первую тишину. Благородная его душа не требует за подвиг свой воздаяния, но наше признание тем не меньше ему принадлежит, так сделаем начало, чтоб признание добродетели было самым лучшим за добродетель воздаянием. Сим образом исполним мы наш долг, исполним ожидание отечества и света. Омоем кровии винных нанесенное на неповинный российский народ пятно! Но, зная чувствительное и человеколюбивое сердце ее и. в-ства и ведая, колико оно сострадательно несчастию самых горших преступников, срастворим кровь их нашими слезами и, отдав сей долг человечеству, утешимся наконец, что сие самое случившееся зло послужит к разгнанию слепоты, к расширению познания и просвещения и придаст новое всем и каждому поощрение с толикою ж ревностию трудиться о воспитании и благонравии, с каким твердым духом и премудрым предусмотрением августейшая наша монархиня неутомленные о том труды подъемлет».
Безусловно, с Волковым согласился сенатор Мельгунов, но Орлов предложил, не согласится ли собрание вместо смертной казни наказать на теле по указу 754 года, а двоих по жребию повесить. Собрание приняло это мнение относительно убийц архиепископа Амвросия, но постановило казнить смертию еще одного из мятежников и грабителей по жребию. Этим желали выставить всю важность преступления, совершенного бунтовщиками, независимо от убийства архиепископа.
Заботы о малолетних, оставшихся после умерших от чумы родителей, кончились тем, что Опекунский совет согласился принимать их в Воспитательный дом, вполне сохранившийся от заразы благодаря строгому оцеплению. Последнее предложение Орлова, сделанное им в Сенате 7 ноября, состояло в том, чтоб для доставления пропитания и жителям окрестных селений прокопать каналы из окружающих Москву болот и протоков в реку Неглинную для увеличения воды в этой реке; также исправлять Тульскую, Калужскую, Коломенскую и другие большие дороги. 17 ноября в Сенате уже слушался указ об отозвании гр. Орлова и назначении московским главнокомандующим возвратившегося из Варшавы князя Мих. Никол. Волконского. Тут же объявлено Еропкину, что ему пожалован Андреевский орден и 20000 рублей денег. Он вышел в отставку.
В Москве считали до 12538 домов; из них в 6000 домах были больные чумою, а в 3000 все жители перемерли. С апреля 1771 до конца февраля 1772 в больницах и карантинах на казенный счет содержалось 12565 человек. До нас дошло донесение Орлова о Москве во время чумы; в нем, между прочим, говорится: «Весьма б полезно было, если б большие фабриканты добровольно согласились перенести фабрики в уездные города, ибо Москва отнюдь не способна для фабрик. Попов надобно стараться завести в Москве получше, а чтоб иметь их лучше, то надобно им содержание дать побольше, а чтоб дать содержание побольше, то приходы сделать побольше; а ныне много их умерло; и для того. переговоря с архиереями, чтоб малые приходы сообщить с другими и покуда церкви еще не опустели, то б служить в церквах, ежели они в дальнем расстоянии, священникам по очереди. Этот род людей много зла в Москве причиняет. Также московские военные гвардейские команды, отставные гарнизонные; они до того развратны, что способу поправить их не будет, разве перевесть их совсем, ибо их повиновение и дисциплина слово в слово, как чума. Я видел пример, где постояли на карауле великолуцкие солдаты с ними вместе, то и их узнать было неможно; они все почти имеют свои дворы, все торгуют, никто за ними не смотрит, перероднились с фабричными и с прочими жителями Москвы. Какой это народ обитателей здешних! Как посмотришь во внутренность их жизни, образ мыслей, так волосы дыбом становятся, и удивительно, что еще более чего в Москве и сквернее не делается».
Мысль о выводе больших фабрик из Москвы встречается здесь не в первый раз. Еще 31 августа генерал-прокурор предлагал Сенату в Петербурге, что так как умножение фабрик в Москве с давнего времени признано вредным и уже думали было о выводе их в другие города, то теперь по причине оказавшейся в Москве прилипчивой болезни этого требует самая необходимость и безопасность как города, так и всего государства, тем более что зараза и начало свое получила на фабриках. Приказали: послать указ в Мануфактур-коллегию, что Сенат находит нужным вывести некоторые фабрики из Москвы в другие города, а именно: все суконные, полотняные, сургучные, ценинные, булавочные, пуговочные, проволочные и латунную, инструментальные, красильные, каразейные, купоросные, замшевые, сафьянные и все кожевенные, красочные, а назначить им место в других городах, где кто пожелает; хотя же и оставляются шелковые, картные, мишурные, плащенного и волоченного золота и серебра, сусального листового золота и серебра, инструментальные (?), галунная, столярная, веерная, зеркальная, ситцевая и полуситцевая, труб заливных, беленья воску, латунные (?), но с тем, что привилегии их, которыми они уволены от постою, будут уничтожены. Но Сенат, видимо, поспешил этим делом, не обдумав препятствий к его исполнению и употребив, к несчастию, довольно употребительный детский способ: от известного учреждения при известных условиях произошла невыгода — долой это учреждение! Прежде всего в Москве существовали казенные фабрики, необходимые для армии и флота; и так уже нанесен был большой ущерб казне остановкою их во время чумы, теперь нужно было спешить приведением их в действие, но для этого не было людей, а Адмиралтейство предложило, нельзя ли взять людей с других фабрик и восполнить таким образом число недостающих рабочих на его парусной фабрике. Сенатор Волков подал мнение, что требование Адмиралтейства противно закону и правосудию; пусть Адмиралтейская коллегия даст парусные образцы, по которым без большой передачи потребное число полотен сделано будет на частных фабриках. Сенат сначала согласился, но потом генерал-прокурор представил, что дело слишком важно для казенного интереса и потому нельзя ли наперед потребовать известия, сколько именно людей и какого мастерства Адмиралтейству нужно для пополнения его московской фабрики, дабы, смотря по этому, хотя некоторым числом рабочих по необходимости можно было снабдить фабрику; и Сенат принял предложение генерал-прокурора.
Только в июле 1773 года Мануфактур-коллегия отвечала Сенату, что к выводу фабрик из Москвы приступить нельзя. Сенат должен был признать представление Мануфактур-коллегии основательным, но все же хотел настоять на прежнем своем мнении о необходимости вывесть из Москвы некоторые фабрики, о которых, впрочем, в прежнем мнении не было ни слова. Приказали: так как между фабриками есть такие, которые наносят городу вред дурным запахом, как-то: сальные, мыльные и т.п., которые непременно должно из города вывести, только об них здесь по заочности точного определения сделать нельзя, и для того коллежское представление отослать к главнокомандующему кн. Волконскому на общее его с президентом Мануфактур-коллегии рассмотрение, чтоб они вывели те фабрики, которые жителям города вред наносят, причем Мануфактур-коллегии предписать, чтоб она впредь без представления в Сенат не давала позволения на устройство фабрик.
Дело о переводе фабрик замолкло; но вследствие чумы приведена была в исполнение повсеместно очень важная мера: запрещено хоронить внутри городов при церквах и отведены за городом места для кладбищ. В конце 1771 года Синод разослал об этом повсюду указы.