Но Гнейзенау ошибся, полагая, что открывает Клаузевицу широкую арену действий. В этой полуакадемии Клаузевицу принадлежали лишь права администратора; учебная часть была совершенно независима от него. Ему приходилось руководить школой только в строевом и хозяйственном отношениях. Кроме того, на его обязанности лежало объявление выговоров провинившимся в чем-либо слушателям, что было для него крайне неприятно.
Клаузевиц пробыл в этой должности двенадцать лет. На первых порах он подал записку о преобразовании преподавания. По мнению Клаузевица, школа слишком напоминала военный университет. Каждый слушатель-офицер был предоставлен самому себе и мог заниматься по своему вкусу; между тем офицеры, являвшиеся слушателями, были менее подготовлены к самостоятельной работе, чем студенты университета. Поэтому Клаузевиц предлагал установить в этом прообразе военной академии учебный режим гимназии, организовать проверку тетрадей с записями лекций, выработать твердые программы и общий научный подход преподавания заменить профессиональным уклоном, с переносом центра тяжести на практические работы и выработку у слушателей практических навыков. Военное министерство оставило предложения Клаузевица без ответа, и он в дальнейшем руководил школой лишь чисто формально.
В армии у Клаузевица был только один друг, Гнейзенау, да и тот не у дел. Последний тщетно старался пристроить Клаузевица на пост прусского посла в Лондоне, взамен Вильгельма Гумбольдта. Клаузевиц имел также шансы получить этот пост. Для него, как и для конституционалиста Гумбольдта, это было бы почетной ссылкой. Однако, реакционеры единодушно запротестовали, узнав об инициативе Гнейзенау, которого всегда подозревали в тайных сношениях с Англией.
Клаузевиц все больше замыкался в своем одиночестве. С так называемым «обществом», представленным в Берлине преимущественно крупными чиновниками, Клаузевиц почти не поддерживал сношений: «я никогда не был врагом гражданских чиновников, но старея, я чувствую, что становлюсь им: у этих филистимлян столько тщеславия, спеси и мелочности, что есть от чего придти в отчаяние», — писал он Гнейзенау в 1824 году. Клаузевиц и Мария поддерживали тесное знакомство только с очень образованной и утонченной семьей Бернсторф.
Элиза Бернсторф так описывает Клаузевица в это время: «говорил ли он по незначительному или крупному вопросу, его слушали всегда охотно. Он умел своим острым рассудком все классифицировать и привести в порядок и ясность; все затронутые им темы получали яркое освещение. Если ему не мешало настроение и какие-либо соображения, его речь текла плавно, а язык его был благороден, чист и точен; голос был сильный и приятный. Посмертное издание его сочинений показывает, что он, конечно, мог говорить исчерпывающим образом о войне и военном искусстве. Он также был очень искушен в политических вопросах, но высказывался лишь сдержанно и осторожно. Еще более сдержан он был в вопросах о своем прошлом. Если бы препятствие заключалось здесь только в благородной скромности, то друзья сумели бы его преодолеть. Однако, всякое внимание к пережитым им бедствиям обидело бы его сверхнежные чувства. Его гордость не позволяла ему говорить о превратностях, с которыми он имел дело в молодости».
Особенно угнетал Клаузевица запрет молчания, установленный реакцией по отношению к главной фигуре освободительной войны — его учителю Шарнгорсту, умершему от раны в 1813 году. Все генералы, участвовавшие в победах над Францией, были награждены. Но о семье Шарнгорста прусский король забыл. Начиная с 1817 года Клаузевиц хлопотал, стараясь втянуть и Блюхера, о том, чтобы семье Шарнгорста было оказано хоть какое-нибудь внимание, чтобы Шарнгорсту был воздвигнут хоть какой-нибудь памятник, — но все тщетно. Реакция не хотела слышать ни слова об этом организаторе прусских побед, убиравшем с пути феодальные пережитки. Клаузевиц решился начать кампанию в пользу Шарнгорста в английской печати и подготовил уже соответственную статью, но Гнейзенау посоветовал отложить эту затею.
Через посредство проезжих Клаузевиц собирал справки о могильном холмике Шарнгорста на пражском кладбище, которому угрожало разрушение, поддерживал его и, наконец, сам организовал перенесение праха Шарнгорста на берлинское гарнизонное кладбище. На приглашения Клаузевица придти на похороны праха Шарнгорста откликнулся один Бойен, остальные извинились, не желая себя компрометировать. Кроме нескольких родственников и обслуживавших кладбище инвалидов, Клаузевицу удалось заманить отдать последнюю почесть творцу новой прусской армии только нескольких офицеров батальона, случайно производивших учение рядом с кладбищем. Мария возложила на гроб единственный венок из лавров… Официальное неуважение к Шарнгорсту произвело на Клаузевица такое впечатление, как будто Пруссия того времени оплевала его самого.
Если в России Клаузевиц чувствовал себя глухонемым физически, то в холодно-враждебной Пруссии Клаузевиц чувствовал себя глухонемым морально, вследствие полного отчуждения от своих соотечественников. Клаузевица окружали чужие, презираемые им люди; его не связывала с ними даже цель борьбы с общим врагом, которая связывала Клаузевица с русской армией в 1812 году, и Клаузевиц скрывался от жизни в свой кабинет и углублялся в созерцание наполеоновских войн. Мария сторожила его покой, помогала ему и стремилась найти утешение в теоретическом реванше над жизненными разочарованиями. Если реакционная Пруссия едва терпела Клаузевица, то и Клаузевиц мог выносить ее, лишь замкнувшись в своем кабинете.
Мария приложила все усилия к тому, чтобы он нашел утешение от своих неудач в научном труде, в тиши своего кабинета. Она явилась единственной свидетельницей составления его классического труда о войне. Английская ориентация и националистическая экзальтация отпали, и мощное мышление Клаузевица выступило во всей своей силе. Влияние Марии, с которой Клаузевиц обсуждал многие вопросы, оставило и здесь крупные следы. В капитальном труде Клаузевица мы встречаем гетевские стиль и понятия, например, «манера», для обозначения глубокоиндивидуального в отличие от общечеловеческого стиля, гетевские сравнения, гетевский реализм, гетевское понимание единства и опасливое отношение к абстрактной философии, к которой он все же чувствовал сильное влечение.
Гете повторял за греками, что людей сбивают с толка не события, а догма о событиях. «Трудно поверить, сколько мертвого и мертвящего в науках, пока серьезно и с увлечением не погрузишься в них». «Индукция полезна только тому, кто хочет заговорить другого. Согласишься с двумя-тремя положениями, с несколькими выводами, и вот уже погиб». «Не хорошо слишком долго задерживаться в области абстрактного». «Никогда не будет излишним воздержаться от чрезмерно поспешных выводов, сделанных из опыта». Эти мысли Гете являлись как бы руководящими для Клаузевица и повторяются им в различных оттенках.