После разговора с Клешниным Годунов является в начале пятого акта, сперва в сцене с Василием Шуйским, потом в сцене с Ириной. Первая сцена не важна в отношении характеристики Годунова; цель её только подготовить отправку Василия Шуйского на углицкое следствие; но вторая имеет особенную важность. Она, по положению своему в экономии драмы, принадлежит к разряду замедляющих; ибо драматическое движение быстро спешит к концу, а ему бросают навстречу препятствие, чтобы, опрокинув его, оно тем неудержимее ринулось в катастрофу. По содержанию своему эта сцена синтетическая, ибо она в своём фокусе собирает весь характер Годунова, определяет значение Фёдора и заставляет зрителя оглянуться на пройденную им дорогу. Сверх того, в ней полнее определяется характер Ирины. По форме эта сцена лирическая и в этом качестве должна быть играна с некоторым пафосом. Ирина просит Годунова пощадить Шуйского; он ей отказывает — вот и всё внешнее содержание. Но в нём, с обеих сторон, много психических движений, а непреклонность Годунова является теперь в строгой форме государственной необходимости. Как ни жестоки его меры, зритель должен видеть, что они внушены ему не одним честолюбием, но и более благородною целью, благом всей земли, и если не простить ему приговора Димитрия, то понять, что Димитрий есть действительно препятствие к достижению этой цели. Свой монолог:
…Высокая гора
Был царь Иван… —
Годунов произносит внятно, не спеша, как бы погружённый в самого себя. Когда он доходит до места:
Семь лет с тех пор, кладя за камнем камень… —
голос его одушевляется, и в нём слышатся гнев и скорбь, а последние слова:
Им места нет, быть места не должно!..
он выговаривает с решительностью, не допускающей возражения. Но Ирина не считает себя побеждённой. Она истощает все доводы в пользу Шуйского. Годунов их все опровергает и, переходя из оборонительного положения в наступательное, требует от Ирины, чтобы она сама помогла ему погубить Шуйских. Ирина отвергает это требование, и брат и сестра расходятся как достойные противники, знающие друг друга и не теряющие лишних слов, а зритель остаётся в недоумении, кому из двух будет принадлежать победа.
Эта сцена должна усилить ожидание развязки, и на неё нельзя не обратить главного внимания.
В конце пятого акта Годунов, в числе прочих бояр, выходит с Фёдором из собора.