У мыса Доброй Надежды Кабралу пришлось выдержать еще одну сильную бурю. Только 31 июля 1501 г. флотилия, сократившаяся более чем наполовину, поднялась по Тежу в Лиссабон.
Принято считать, что ему был оказан прием в соответствии с достигнутыми успехами экспедиции. Современные историки молчат о подробностях жизни мореплавателя после возвращения из похода, однако недавние поиски позволили обнаружить его могилу в Сантарене, а удачные находки г-на Ф. Диниша показали, что он, как и Васко да Гама, в награду за свою славную службу королю получил почетную приставку к своей фамилии — «дон».
Незадолго до возвращения Кабрала в Лиссабон король Мануэл послал в Индию небольшую флотилию из четырех кораблей под командой Жуана да Новы. Эта экспедиция благополучно обогнула мыс Доброй Надежды и открыла между Мозамбиком и Килвой незнакомый остров, названный именем флотоводца (остров Жуан-да-Нова). Прибыв в Малинди, португальцы узнали о недавних событиях в Каликуте. Не желая ставить под угрозу репутацию португальского оружия, Жуан да Нова направился прямо к Кочину и затем к Каннануру, где нагрузил свои корабли перцем, имбирем, корицей и другими пряностями. Перед отплытием в Европу Жуан да Нова получил сведения, что со стороны Каликута приближается большой неприятельский флот. Несмотря на численное превосходство вражеских судов, Жуан да Нова решил принять бой с арабами и индийцами. Благодаря маневренным преимуществам португальских кораблей и наличию артиллерии Жуан да Нова одержал полную победу: несколько кораблей были потоплены, часть индийских судов была захвачена, а остальные обратились в бегство. Может быть, ему стоило воспользоваться паникой, охватившей все побережье, и временным истощением ресурсов мавров, для того чтобы нанести решающий удар, овладев Каликутом?
Мы слишком далеки от этих событий, мы знаем слишком мало подробностей и не можем беспристрастно оценить причины, побудившие да Нова немедленно вернуться в Европу.
На обратном пути в Португалию Жуан да Нова открыл в Атлантическом океане небольшой остров, названный им островом Святой Елены.
Согласно легенде, португальский матрос Фернан Лопиш, участник первой экспедиции Васко да Гамы, влюбился в Каликуте в индианку и решил жениться на ней. Для этого ему пришлось перейти в мусульманскую веру. Когда появился да Нова, то Лопиш, уставший то ли от женщин, то ли от магометанства, запросился на родину и вновь принял свою исконную религию. Чтобы искупить свои грехи, он захотел остаться в одиночестве на острове Святой Елены. Жуан да Нова снабдил отшельника припасами, дал ему некоторые орудия, семена овощей и хлебных злаков. Фернан Лопиш, оставленный на необитаемом острове, так усердно работал, что через четыре года в состоянии был снабжать пшеницей и овощами португальские корабли, пристававшие к острову Святой Елены во время длинного перехода из Европы до мыса Доброй Надежды.
Экспедиции Васко да Гамы, Педру Алвариша Кабрала и Жуана да Нова показали, что португальцам нельзя было рассчитывать на бесперебойную торговлю с народами Малабарского берега, пока индийские раджи оставались в своих странах полновластными государями. Необходимо было их подчинить португальской короне. Поэтому португальцы решили построить в разных частях Индии постоянные военные укрепления и опорные пункты, чтобы в конце концов покорить эту богатую страну и держать ее в страхе и повиновении.
Король Мануэл приказал послать в Индию новую экспедицию с большим отрядом хорошо вооруженных солдат. После некоторых колебаний командование четвертой индийской армадой король передал в сильные руки дона Васко да Гамы, адмирала индийских морей.
Экспедиция состояла на этот раз из двадцати судов. Флотилию решено было разделить на три части. Под непосредственное начальство самого Васко да Гамы было отдано десять судов. Висенти Судре, дядя адмирала, получил пять кораблей. Он должен был крейсировать в Индийском океане и всячески препятствовать арабской морской торговле. Третьей группой, тоже из пяти судов, командовал Иштеван да Гама, племянник адмирала. Эти корабли должны были остаться в индийских водах и охранять фактории.
Церемонии, предшествовавшие отплытию из Лиссабона, носили особенно торжественный и важный характер. Король Мануэл вместе со всем своим двором, сопровождаемый огромной толпой, отправился в кафедральный собор испрашивать благословения Неба на эту экспедицию, одновременно и военную и религиозную, и сам архиепископ благословил передаваемый Гаме штандарт. Первой заботой адмирала было оказаться в Софале и Мозамбике, двух городах, на которые он имел основания жаловаться во время своего первого путешествия. Желая основать порты, пригодные для отдыха и снабжения продовольствием, он расположил там фактории и заложил фундаменты крепостей. Он получил также от шейха Килоа значительную дань; после всего этого он вышел к берегам Индостана.