Капитаны кораблей попытались было отговорить Албукерки нападать на этот укрепленный город и советовали ему не рисковать славой португальского оружия. Но Албукерки ответил, что действительно «дело очень серьезное, но отступать ему поздно и теперь ему нужна решительность, а не добрые советы».
Как только якорь коснулся дна, Албукерки послал ормузскому шаху ультиматум, требуя, чтобы город признал верховную власть португальского короля и подчинился его наместнику, если не желает подвергнуться участи Маската.
Шах Сейф-эд-Дин, царствовавший тогда в Ормузе, не достиг еще совершеннолетия, и от его имени правил первый министр Ходжа-Атар, искусный и хитрый дипломат.
Не отвергая окончательно требований Албукерки, Ходжа-Атар просил его подождать несколько дней, решив таким образом выиграть время и собраться с силами. Но Албукерки легко разгадал его замысел и по истечении трех дней внезапно напал со своими шестью судами на Ормузский флот. Бой продолжался несколько дней, и в конце концов перевес оказался на стороне португальцев. И на этот раз их выручило превосходство в артиллерии. Когда мавры увидели, что счастье им изменяет, они покинули свои корабли и бросились вплавь к берегу. Преследуя противника, португальцы проникли в город, подожгли его в нескольких местах и устроили жестокую резню.
Убедившись в невозможности дальнейшего сопротивления, Ходжа-Атар поспешил принять все условия Албукерки: ормузский шах признавал себя вассалом Португалии и обязывался выплачивать ежегодно победителям большую дань. Кроме того, португальцы получили право построить в Ормузе крепость и основать факторию.
К несчастью, вскоре дезертиры донесли Ходжа-Атару о разногласиях среди португальцев, и он воспользовался этим, чтобы под различными предлогами уклониться от выполнения статей нового договора. Через несколько дней Жуан да Нова и два других капитана, завидовавшие успеху Албукерки и позабывшие свою честь, дисциплину и патриотизм, покинули своего командира и направились в Индию: сам Албукерки перед лицом такого подлого поступка вынужден был отступить, так как у него не осталось сил даже защищать крепость, которую он собирался построить.
Тогда он вернулся на Сокотру, гарнизон которой нуждался в помощи, попытался было крейсировать перед Ормузом, но, все еще считая себя бессильным что-либо предпринять, удалился на время в Гоа, которого достиг в конце 1508 г.
Жуан да Нова и принявшие его сторону капитаны присоединились у Кочина к эскадре Алмейды. Чтобы оправдать свою измену, они обвинили Албукерки в серьезных злоупотреблениях. Желая устранить соперника, властолюбивый Алмейда поручил своим приближенным заняться сбором улик против командира эскадры. Но в это время из Лиссабона был получен приказ о назначении Албукерки вице-королем. Тем не менее Алмейда отказался передать ему власть и, как только вновь назначенный появился в Кочине, приказал заковать его в кандалы. Трудно сказать, чем бы кончилось это дело, если бы из Португалии не прибыл с чрезвычайными полномочиями маршал Фернан да Котинью, подтвердивший высокое назначение Албукерки и сообщивший, что привез поручение разрушить Каликут и окончательно обезвредить саморина. Поскольку каликутского властителя не было тогда в столице, маршал распорядился немедленно приступить к карательной операции.
Албукерки, зная, что португальцы сильны только на море, старался отговорить Котинью от безумного шага, но уговоры не подействовали, и он вынужден был скрепя сердце подчиниться королевскому приказу.
Португальцы ворвались в Каликут и проникли во дворец саморина. Пока они грабили дворец, радуясь своей легкой победе, их со всех сторон окружили арабы и индийцы, заставившие португальских солдат сражаться в узких проходах. Котинью, увлеченный своей горячностью и отвагой, был убит, и потребовались все умение, все хладнокровие вице-короля, чтобы португальцы смогли погрузиться под огнем неприятеля, что спасло от полного уничтожения войско, посланное Мануэлом.