Не исправляемая капитально Ревельская гавань разрушалась все более и более. Наконец, в 1802 году видимая опасность для судов, зимовавших в Ревеле, заставила строительную экспедицию приступить к исправлению старой военной гавани. Работы вяло тянулись несколько лет, покуда два следующие обстоятельства не возбудили внимание к этому делу: в сентябре 1806 года сильной бурей размыло западную стенку гавани, и в самой гавани было замечено быстро увеличивающееся обмеление. В следующем же году приступлено к постройке новой военной гавани, рассчитанной на помещение 27 кораблей. Работы производились по частям, и срубы пятой, последней части стенки опущены на дно зимой на 1820 год. Осенью строение было окончено и, по словам официального донесения, « гавань приведена в такое состояние, что (в ней) весь флот удобно поместится и спокойно стоять может ». Пространство, занимаемое гаванью, было более 25 тыс. квадратных сажен. При окончании постройки новой гавани стенку старой, разобрав верхнюю ее часть, обратили в пристань.
Свеаборг и Вильманстранд
По овладении крепостью Свеаборг, в 1808 году при ней учрежден был Свеаборгский порт, первым начальником которого назначен вице-адмирал Сарычев. В том же году другой бывший в Финляндии, на озере Саймо, Вильманстрандский порт упразднен, как потерявший всякое военное значение при перенесении границы нашей со Швецией к реке Торнео. Все находившееся в Вильманстрандском порту казенное имущество было сдано сухопутному начальству в Выборге, а суда переведены в Нейшлот и обращены в перевозные.
Архангельск
В Архангельском порту разрешено строить 11 флигелей для офицеров, 6 казарм для нижних чинов, сараи для разбивки на плазе корабельных членов, для обделки их и хранения, помещение для чертежной и магазин для экипажеских припасов На все это предполагалось употребить до 116 тысяч рублей; а в 1803 году повелено исчисленную « на окончательное устроение Архангельского адмиралтейства в прежнем обширном его виде » сумму 560 тысяч рублей отпустить из государственного казначейства в течение 6 лет.
Черноморские порты и упразднение Таганрогского
Возведение новых построек и улучшение существовавших в портах Черного моря, главным образом, произошло в управление Грейга; а в 1816 году в Азовском море упразднен Таганрогский порт, « как признанный более ненужным ». В нем оставлен только один адмиралтейский комиссионер для получения и отправления оттуда железа и якорей, доставляемых из Сибири для Черноморского флота.
Астрахань
По причине обмеления реки перед Астраханским адмиралтейством еще во второй половине XVIII века поднимался вопрос о перенесении судостроения в более удобное место на реку Цареву, один из притоков Волги, но составленный тогда проект не получил утверждения. В 1803 году совершенная ветхость портовых строений заставила возобновить вопрос о перенесении адмиралтейства на реку Цареву; выбор места, соображения и переписка тянулись до 1815 года, и когда на Цареве заложили элинг для починки судов, то ранее окончания его постройки убедились, что против элинга проток с каждым годом мелеет, и место проектированных доков заносится илом. Так дело тянулось до 1821 года, когда в управление Астраханским портом вступил энергичный и образованный генерал-майор Орловский. Он нашел, что при недостаточном числе судов Каспийской флотилии большинство астраханских портовых строений было в развалинах, запасов налицо никаких и мастеровых недостаточно. Донося о таком жалком положении порта. Орловский приводил убедительные доказательства о неудобствах строения судов для здешней флотилии в Казани и ходатайствовал о перенесении его в Астрахань и об устройстве здесь адмиралтейства на новом, удобном, избранном им месте, на волжской песчаной косе. Но несмотря на настоятельные представления Орловского и сочувствие к этому делу самого морского министра Моллера, переписка о перенесении судостроения в Астрахань продолжалась три года, и только в 1824 году отпущены были деньги на этот предмет, и явилась возможность приступить к работам.