Через одиннадцать дней по своем назначении комиссия уже представила доклад о самом жизненном вопросе морского управления, а именно, о составе и взаимных отношениях Адмиралтейств-коллегий и подведомственных ей учреждений. Необыкновенная скорость этой важной работы, исполненной комиссией, объясняется тем, что большинство членов ее, видевших на деле выгоды порядка, введенного комиссией Остермана, приняли этот же порядок, сделав в нем только незначительные изменения. По вновь утвержденному положению, Адмиралтейств-коллегия, имевшая председателем генерал-адмирала, состояла из вице-президента и пяти членов, к которым в случае нужды, по усмотрению самой коллегии, могли присоединиться один или два флагмана. Все части морского управления ведались в пяти «экспедициях», подчиненных Адмиралтейств-коллегий и состоявших под начальством ее членов. Член, управлявший экспедицией «Комиссариатской», назывался генерал-кригс-комиссар, экспедициею «Интендантскою над верфями и строениями» – генерал-интендант, «Артиллерийскою» – генерал-цейхмейстер, «Казначейскою» – генерал-казначей и экспедицией «Счетною» – генерал-контролер.
Штат корабельного флота
За этим главным и существенно важным положением быстро следовал ряд других докладов. Так, 21 марта 1764 года состоялся доклад о численности военных судов Балтийского флота. По поводу его комиссия совместно с коллегией иностранных дел решила содержать флот не только равносильный каждому из соседних флотов, датскому и шведскому, но выразила желание, чтобы наш флот « в числе линейных кораблей оные (т. е. датский и шведский флоты) ещё и превосходить мог ». Для исполнения этого, принимая в расчет экономическую сторону, сочтено за лучшее иметь двойной комплект судов; один для мирного, а другой для военного времени. Для первого полагалось содержать 21 корабль (80-и 66-пушечные), 4 фрегата (32-пушечные), 1 бомбардирский корабль, 1 прам, пропорциональное число мелких судов и 50 галер. Для военного же времени полагалось 32 корабля, тех же рангов, 8 фрегатов, 4 бомбардирских корабля, 3 прама, мелкие суда и 150 галер. Сверх этого, в случае необходимости усиленного вооружения, положено довести численность флота до 40 кораблей, 8 фрегатов, 5 бомбардирских, 3 прамов, достаточного числа мелких судов и 150 галер.
Допуская предположение, что о предстоящей войне правительство всегда может иметь довольно определенные сведения не менее чем за год времени, коллегии поставлено в обязанность, во-первых, озаботиться приведением флота в состояние, требуемое мирным положением, и, во-вторых, принять все необходимые меры для того, чтобы в случае надобности в продолжение года увеличить число судов флота до комплекта, требуемого военным положением. Но так как подобное увеличение и в такой сравнительно короткий срок потребует огромных сумм, одновременная выдача которых будет отяготительна для государства, то, во избежание этого, предполагалось постепенное составление этой суммы из особых прибавочных денег, которые должны были ежегодно отпускаться в распоряжение Адмиралтейств-коллегий сверх суммы, назначенной на содержание флота. Понятно, что подобный проект мог осуществиться только при отличном финансовом состоянии государства, которого Россия того времени не имела, и потому, при наступлении войны, на все расходы по приготовлению флота требуемые суммы отпускались по мере надобности.
Штат галерного флота
В 1765 году утвержден штат галерного флота, по которому галерные офицеры, при прежних порядках иногда смешивавшиеся с корабельными, теперь получили определенное положение. Производить их в обер-офицерские чины положено отдельно от корабельных; а в штаб-офицерских и генеральских, для офицеров обоих флотов, производство сделано общее. Но чтобы галерные офицеры (которым предстояло при этом порядке быть и флагманами) могли заблаговременно ознакомиться с корабельной службой, то их приказано было, по очереди, назначать в практическое плавание на корабли.
Адмиралтейский регламент
Наконец, 1765 года августа 24 утвержден составленный комиссией «Регламент о управлении адмиралтейств и флотов», определяющий обязанности и права государственной Адмиралтейств-коллегий, подчиненных ей экспедиций и всех находящихся при адмиралтействе чинов.
Регламент этот, напечатанный в 1766 году, заменил петровский адмиралтейский регламент; но морской устав Петра и все существовавшие при нем законоположения, если только они не были изменены новыми узаконениями, остались в прежней силе.