В следующем 1789 году, кроме Дуная и Черного моря, по примеру прежней войны предполагалось действовать на Турцию и со стороны Архипелага. Для исполнения этого еще весной 1788 года послан был в Италию генерал-поручик Заборовский с некоторыми агентами для подготовления восстания христианского населения Турции, набора в русскую службу нескольких тысяч славян и греков и снаряжения отряда корсарских судов. Главнокомандующим морскими и сухопутными силами в Архипелаге назначен вице-адмирал Грейг, который с сильной, вооружающейся в Кронштадте, эскадрой должен был итти в Средиземное море. Но открывшаяся война со шведами помешала отправлению эскадры Грейга и остановила набор войск среди христианских народов, подвластных Турции. Таким образом, морская деятельность наша со стороны Архипелага ограничилась только снаряжением корсарских судов. Одни из них составляли собственность греческих и славянских моряков, другие вооружены были на счет русского правительства. Все суда имели русские флаги; экипажи их, состоявшие из местных жителей, носили русскую военную форму, а капитаны и офицеры получили русские чины. В полную добычу корсаров предоставлялись суда турецкие и шведские, и строго воспрещалось нападение на суда нейтральных наций, исключая случаев явного подозрения в провозе военной контрабанды. Две корсарские эскадры, снаряженные в Триесте и Сиракузах, в марте 1789 года явились у входа в Дарданеллы. Одной из них начальствовал грек Ламбро Качони, отличавшийся необыкновенной храбростью еще в прошлую войну и получивший за свои подвиги чин майора. Другой же эскадрой, состоящей из судов, вооруженных правительством, командовал старый мальтийский капитан Лоренцо Гильгельмо, бывший пират и жесточайший враг турок. В русскую службу он принят был с чином подполковника или капитана 2-го ранга. Экипажи судов состояли из опытных храбрых моряков, готовых из-за богатой добычи на самые рискованные предприятия. Корсарские суда, несмотря на свои малые размеры и слабую артиллерию, наносили значительный вред, неприятелю. Нападая на суда, идущие в Константинополь, корсары значительно затрудняли доставление в столицу съестных припасов и заставляли население чувствовать тяжесть войны. Они разоряли прибрежные селения, и один раз Ламбро Качони взял даже маленькую крепость Кастель-Россо. Захватывая и истребляя купеческие суда, корсары при удобном случае решались вступать в битву даже с военными турецкими судами, так например, эскадра Гильгельмо, состоявшая из 9 судов, между островами Зео и Сира вступила в сражение с неприятельским отрядом (из 3 кораблей, 2 полугалер и 5 кирлангчей) и принудила турок к отступлению. Вообще корсарские суда часто тревожили неприятеля, вредя торговому движению в Архипелаге. Разоряя прибрежные селения, они заставляли турецкое правительство для охраны своих берегов держать значительные отряды сухопутных войск и военных судов, чем отвлекали их от Дуная и Черного моря.
Новый турецкий султан Селим III, вступивший на престол по кончине султана Абдул-Гамида, недовольный действиями капитан-паши Эски-Гассана, назначил на его место любимца и совоспитанника своего, почти юношу, Гуссейна. Заботясь о скорейшем пополнении флота новыми судами, Гуссейн ранней весной отправил эскадры для охранения берегов к Синопу и Варне, но они не помешали нашим крейсерам истребить несколько турецких судов близ устьев Дуная и опустошить берег около Кюстенджи. Турецкий флот показывался у берегов Крыма и простоял некоторое время у Днепровского лимана, но, помня прежние неудачи, не решился сделать попытку к атаке нашего флота. В начале сентября появление Севастопольского флота заставило турок удалиться в море и дало возможность Войновичу перейти из лимана в Севастополь с эскадрой из четырех вновь построенных кораблей, 10 фрегатов (от 50 до 20 пушек), одного бомбардирского и нескольких мелких судов. Этою же осенью из Таганрога приведены в Севастополь два новые корабля, и Войнович доносил Потемкину: « Теперь турецкий флот, кажется, имеет с кем поговорить на Черном море ».
При некотором затишьи морских военных действий наши сухопутные армии, действующие в союзе с австрийцами, одержали блистательные победы. Суворов разбил турок при Фокшанах и Рымнике, князь Репнин, вступивший в командование армией вместо Румянцева, одержал победу при реке Сальче, и Потемкин занял Кишинев и Аккерман, отрезанный флотилией от помощи с моря. Военные действия этого года закончились взятием Бендер. В продолжение всей кампании для содействия сухопутным войскам на Дунае находился отряд Лиманской флотилии под начальством капитана Ахматова.
Взятие Гаджибея и основание Николаева
Важным в морском отношении успехом было взятие небольшой крепости Гаджибея, лежащей верстах в 60 к западу от Очакова при обширной бухте, из которой в то время турки вывозили большое количество хлеба и где впоследствии был построен город Одесса. В этом же 1789 году, при слиянии рек Буга и Ингула, на месте более удобном, чем в Херсоне, устроена новая корабельная верфь. Основанный при ней город назван Потемкиным «Николаевом». Первое судно, заложенное на Николаевской верфи, был 46-пушечный фрегат, названный также Николай.
Нерешительные и излишне осторожные действия графа Войновича заставили Потемкина назначить начальником Севастопольского флота и порта контр-адмирала Ф. Ф. Ушакова, славные подвиги которого не замедлили это оправдать.
Затруднительное политическое положение России
Затянувшаяся война с Турцией, несмотря на блистательные победы и занятие нескольких важных крепостей, не приводила к желаемому миру; а между тем политическая обстановка была очень напряженной. Шведская война продолжалась, и Пруссия возбудившая ее, старалась вооружить против нас и Польшу. Новая война, готовящаяся выразиться с наступлением весны 1790 года, не состоялась только по причине жадности Пруссии, требовавшей за помощь Польше городов Данцига и Торна. С кончиной императора Иосифа союз наш с Австрией ослабевал, и новый император Леопольд II, по соглашению с Пруссией в Рейхенбахе, склонялся к миру с Турцией. При таких обстоятельствах Порта, под влиянием Пруссии и Англии убежденная в крайнем ослаблении России, надеялась, продолжая войну, достигнуть почетного для себя мира.
Главнокомандующий турецкой армией на Дунае, великий визирь, ясно сознававший, что при наступательных действиях турки потерпят поражение, счел за лучшее, заняв сильным гарнизоном крепости по нижнему течению Дуная, и особенно Измаил, ограничиться оборонительным положением. Решительный же удар он предположил направить на южные пределы России, двинув от Анапы на Кубань 40-тысячный корпус и выслав многочисленный флот с сильным десантом для овладения Крымом и уничтожения Севастополя и флота. Счастливое начало военных действий обнадеживало турок в дальнейших успехах: австрийские войска, под начальством принца Кобургского, потерпели сильное поражение под Журжей, а наш генерал Бибиков, предпринявший зимний поход для взятия Анапы, был отбит и возвратился с большим уроном.