Ушаков вместо Мальты отправился к Корфу как для взятия находящегося там русского гарнизона и имущества, так и для исправления повреждений судов, полученных во время тяжкого бурного перехода. В Корфу адмирал пришел 7 января 1700 года и нашел здесь два батальона гренадер под начальством генерал-майора Бороздина, которые посылались Павлом для « составления гвардии при особе короля неаполитанского ». Это сделано было по просьбе короля и в знак особенного расположения к нему Павла I. На судах Пустошкина гренадеры перевезены были в Отранто, откуда сухим путем дошли до Неаполя. Эскадра Карцева весной 1800 года была отправлена для крейсерства между берегами Африки, Мальтой и Сицилией, а отряд вице-адмирала П. В. Пустошкина оставлен для крейсерства между Сицилией и берегом Италии. Это сделано было по просьбе англичан, опасавшихся, что французские войска, находящиеся в Египте в крайне стесненном положении, могут решиться возвратиться во Францию. Но когда французский главнокомандующий в Египте генерал Клебер одержал победу над отправленной против него турецкой армией и улучшившееся положение французов позволило им оставаться в Египте, то Ушаков возвратил крейсерские отряды в Корфу.
Исправив повреждения своих судов, Ушаков 6 июля вышел из Корфу и в сентябре месяце прибыл в Константинополь. Благодарный султан принял адмирала с прежней благосклонностью и пожаловал ему другое бриллиантовое перо и 6 медных пушек, полученных русской эскадрой в 1798 году на пути ее в Средиземное море.
26 октября главная часть эскадры Ушакова была уже в Севастополе. В Средиземном море остались отряды судов Сорокина и Войновича; первый был отдан в распоряжение неаполитанского правительства, а второй, задержанный разными обстоятельствами, возвратился к своим портам в 1802 году.
В эту кампанию русский флот исполнил возложенную на него миссию: Ионические острова, неаполитанские и римские владения были освобождены от французов.
При всех самых разнообразных обстоятельствах у наших моряков отчаянная храбрость шла рука об руку со строгой дисциплиной и кротким обращением. В военных действиях на берегу моряки в храбрости, распорядительности и знании дела не уступали своим сухопутным товарищам. Достойный начальник их адмирал Ушаков во всех своих военных, административных и дипломатических действиях выказал светлый ум, твердый характер и чувства русского человека.
Внутренние плавания с 1798 по 1800 год
Кроме участвовавших в Голландской экспедиции судов Балтийского флота в 1798 году находились в плавании, под начальством адмирала Круза, 16 кораблей, 4 фрегата, 3 катера и люгер. Разделенные на три отряда, они крейсеровали у Борнгольма, Ругена и Мена, наблюдая тщательно Зунд и оба Бельта, с той целью, чтобы, согласно трактатам о вооруженном нейтралитете, не допускать в Балтийское море иностранных военных судов. Кроме того, 3 гребных фрегата и 46 канонерских лодок, под начальством вице-адмирала маркиза де-Траверсе, охраняли входы в финские шхеры. В отдельном плавании находился фрегат Венус.
В 1799 году эскадра из 7 кораблей и 3 мелких судов, под начальством вице-адмирала Ханыкова, плавала у прусских берегов; а в 1800 году, по случаю начинающихся неприязненных отношений с Англией, флот готовился к военным действиям и усиленно укреплялись порты Ревельский и Кронштадтский.
В Черном море происходили служебные передвижения судов между портами и совершались обычные практические плавания. Из числа их выдающимися по своему несчастному окончанию были плавания фрегатов Царь Константин и Феодор Стратилат, принадлежавших к эскадре контр-адмирала Овцына, крейсерующей у крымского берега. Застигнутые жестоким штормом, суда эти, получив значительные повреждения, не могли держаться в море и, спустясь по ветру, разбились на мелях перед устьями Дуная. При крушении погиб начальник эскадры контр-адмирал Овцын, 30 офицеров и до 700 нижних чинов.
Суда Каспийской флотилии содержали постоянное крейсерство у берегов Персии для защиты интересов русской торговли и охранения коммерческих судов и, исполняя свое назначение, иногда должны были, прибегать к силе оружия. Например, в 1800 году, чтобы принудить бакинского хана удовлетворить обиженных им русских купцов, после безуспешных переговоров, фрегат и бомбардирский корабль бомбардировали город Баку и принудили хана дать требуемое удовлетворение.