При царѣ Ѳедорѣ Ивановичѣ монастырю было отдано находившееся рядомъ подворье Новодѣвичьяго монастыря съ полатами. На этомъ мѣстѣ и въ его полатахъ монастырь устроилъ трапезу. Арсеній Елассонскій удостовѣряеть, что царь Ѳедоръ воздвигъ великій храмъ Вознесенія, при которомъ имѣется большой монастырь для многочисленныхъ дѣвственницъ-монахинь, но, вѣроятно, это свѣдѣніе относится къ устройству упомянутой трапезы (Дмитріевскій: Архіеп. Елассонскій Арсеній. Кіевъ, 1899 г. стр. 93). Взамѣнъ того Новодѣвичьему монастырю былъ отданъ дворъ Петра Головина съ полатами.
Въ 1626 г. пожаръ начался на Варварскомъ крестцѣ и въ рядахъ, откуда загорѣлся верхъ храма Василія Блаженнаго, а отъ него огонь распространился и на Кремль, гдѣ первая загорѣлась соборная церковь въ Вознесенскомъ монастырѣ, затѣмъ по сосѣдству въ Чудовѣ соборная церковь Михаилова Чуда и далѣе горѣло по всему Кремлю.
Въ началѣ XVII ст. въ монастырѣ существовали храмы: соборный Вознесенія и съ 1625 г. два предѣла — одинъ Аѳанасія и Кирилла, другой Михаила Малеина. Потомъ упоминается въ 1626 году предѣлъ у инокини Великой старицы Марѳы Ив., вмч. Екатерины, и въ томъ же году предѣлъ Ѳеодора, иже въ Пергіи, и затѣмъ Георгія съ предѣломъ Дмитрія Солунскаго (упом. съ 1625 г.). Тѣ же церкви существуютъ и въ 1792 г.
Когда и по какому поводу построена церковь вмч. Екатерины, точныхъ свѣдѣній не имѣемъ, но это воимя, Екатерининъ день, въ XVII ст. составлялъ второй большой монастырскій праздникъ послѣ Вознесенія. Церковь съ именемъ предѣла, что «у Великой старицы Марѳы Ив.», какъ видѣли, упоминается въ 1626 г. Повидимому, этотъ предѣлъ находился при соборномъ храмѣ монастыря, потому что въ день празднества со святынею приходилъ къ патріарху соборный протопопъ съ братіею, а упоминаніе, что предѣлъ находился у Великой старицы, можетъ указывать на нее, какъ на основательницу предѣла.
Въ 1686 г. церковь вмч. Екатерины вновь построена на воротахъ въ трапезѣ и освящена патріархомъ Іоакимомъ 24 ноября, въ присутствіи царя Ивана Алексѣевича и царевны Софіи Алексѣевны.
Въ 1694 г. окт. 15, вѣроятно по случаю обновленія, освященъ предѣлъ церкви Михаила Малеина, св. Ѳеодора, иже въ Пергіи.
Въ 1696 г. ноября 14 былъ освященъ возобновленный соборный храмъ Вознесенія, обновлены стѣны и пробиты окна. Изъ приказа Каменныхъ дѣлъ на это возобновленіе, на покупку каменныхъ, желѣзныхъ и всякихъ припасовъ и за дѣло, и оть письма святыхъ иконъ, было выдано 3.000 рублей (Записки Отд. Русской и Слав. Археологіи, томъ IV, стр. 351). Въ это время были возобновлены или построены вновь и разныя служебныя и жилыя зданія монастыря. Въ 1711 г. построена церковь Казанскія Богородицы по обѣту монахини княжны Іоанны Барятинской.
Въ 1722 г. эта церковь по какому-то случаю была разломана, но въ 1729 г. по челобитью княжны Синодомъ разрѣшено на томъ же мѣстѣ построить вновь церковь теплую, въ то же имя престолъ, которая и была сооружена въ 1730 г.
Въ 1731 г. съ сѣверной стороны соборнаго храма пристроенъ предѣлъ Успенія Богородицы надъ гробницею отца царицы Прасковьи Ѳедоровны, супруги царя Ивана Алексѣевича, боярина Ѳедора Петровича Салтыкова (1697 г.). Строителемъ былъ его сынъ, Василій Ѳед. Салтыковъ, Московскій генералъ-губернаторъ.
Другой предѣлъ пристроенъ съ южной стороны во имя Всѣхъ Скорбящихъ Радости въ 1732 г. надъ гробомъ царевны Прасковьи Ивановны, сестры императрицы Анны Ивановны, по усердію которой несомнѣнно и построенъ этотъ предѣлъ.