Спустя пять лѣтъ въ 1613 г. въ монастырѣ поселилась Великая старица, мать Богомъ избраннаго царя Михаила Ѳедоровича, инокиня Марѳа Ивановна. Примѣчательно, что Великая старица и ея сынъ прибыли въ Москву также 2 мая, какъ и невѣста Самозванца, Марина.
Въ это время, отъ пребыванія Поляковъ, царскій дворецъ былъ разоренъ, полаты и хоромы стояли безъ кровель, внутри безъ половъ и дверей и безъ окончинъ, все это деревянное было употреблено Поляками на отопленіе. Молодому царю негдѣ было и поселиться. Не ожидая отъ него указа по этому поводу, боярская Дума изготовила нѣсколько помѣщеній и въ томъ числѣ для Великой старицы отдѣлала хоромы въ Вознесенскомъ монастырѣ, въ которыхъ жила царица Марѳа Нагихъ, «устроила великими покои попрежнему», то-есть какъ было при Маринѣ. Между тѣмъ царь Михаилъ назначалъ было для матери помѣщеніе во дворцѣ въ хоромахъ царицы Василія Ивановича Шуйскаго, но за недостаткомъ и лѣса, и плотниковъ отдѣлать ихъ къ прибытію царя уже не было возможности.
Такимъ образомъ Великая старица поселилась въ приготовленныхъ ей въ монастырѣ бывшихъ царицыныхъ хоромахъ, какъ онѣ въ то время обозначались.
Въ сентябрѣ эти хоромы были убраны суконнымъ нарядомъ, на который употреблено на двери и на окна половинка (25 арш.) сукна лятчины червчатой, еще половинка сукна Рословская, 10 арш. лятчины, 12 арш. атласу зеленаго, 2 арш. камки адамашки червчатой. Уборъ, повидимому, былъ цвѣтной, червчатый, зеленый, а потому едва ли удобный для Великой старицы инокини. Такъ и случилось. Старица не осталась жить въ этихъ хоромахъ.
Когда настала зима (1613 г.), то упомянутыя обширныя хоромы вѣроятно не представили теплаго удобства для жизни. Тогда Великая старица въ декабрѣ выстроила себѣ особую малую избушку. въ которой дверной приборъ былъ обитъ вишневымъ сукномъ. Къ генварю 1614 г. избушка была готова и 2-го числа государь послалъ матери на новоселье сорокъ соболей, по сибирской цѣнѣ въ 60 руб. Въ октябрѣ 1614 г. въ этой избушкѣ двери и окончины были обиты англинскимъ лазоревымъ сукномъ.
Въ іюнѣ 1616 г. Великая старица справляла опять новоселье, куда нареченная государева невѣста, несчастная Настасья Ивановна Хлопова, принесла, челомъ ударила, старицѣ два сорока соболей на 55 р.
Повидимому, первымъ дѣломъ старицы было устройство особаго предѣла въ Вознесенскомъ храмѣ во имя государева ангела Михаила Малеина, о которомъ упоминается уже въ 1617 г. Затѣмъ былъ устроенъ предѣлъ св. Ѳеодора, иже въ Пергіи, ангелъ ея мужа, Ѳедора Никитича Романова, теперь Филарета Никитича, съ 1619 г. патріарха Московскаго. Объ этомъ предѣлѣ упоминается въ 1626 г.
Въ 1624 г. старица выстроила себѣ новое особое помѣщеніе позади царицыныхъ хоромъ, названное также избушкою, вѣроятно въ ласкательномъ смыслѣ, потому что въ этой избушкѣ было устроено шесть слюдяныхъ оконъ и не малая изразчатая печь; дверной и оконный приборъ былъ желѣзный луженый. Передъ избушкой были также сѣни и на сторонѣ чуланъ и столчакъ. Для этой избушки былъ купленъ срубъ еловый на 23-хъ вѣнцахъ, трехъ саженъ, съ углы, заплаченъ 13 руб. Потомъ въ 1626 г. старица построила себѣ новую келью, въ которой на новоселье 1 октября отнесена къ ней оловянная солонка съ хлѣбомъ и съ солью патріархомъ Филаретомъ Никитичемъ.
Эта избушка и келья, должно быть, соединялись съ церковью св. Георгія, поступившею теперь въ число монастырскихъ храмовъ. Въ 1629 г. церковь Георгія обозначена, «что у великія государыни иноки Марѳы Ивановны на сѣняхь ».
Поселившись въ монастырѣ вдали отъ дворца, Великая старица все-таки по необходимости должна была принять на себя управленіе всѣмъ порядкомъ и обиходомъ царицына вѣдомства, такъ какъ царицы налицо не было, а новоизбранному государю, ея сыну, было всего 16 лѣтъ съ небольшимъ. Въ этомъ управленіи правою ея рукою была верхняя ея боярыня Марья Юрьевна Головина (1614) и казначея Марья, неизвѣстная по отчеству. Въ первые годы своего пребыванія въ монастырѣ Вел. старица жила на царскомъ положеніи, приказывая и повелѣвая своимъ словомъ, какъ сама царица въ уровень съ повелѣніями молодого, еще неопытнаго государя.