По случаю морового повѣтрія царица съ семействомъ пребывала въ это время въ Вязьмѣ, куда потомъ пришелъ и государь и возвратился въ Москву уже 14 генваря 1657 г.
Послѣ военныхъ трудовъ Семену Лукьяновичу въ томъ же 1657 году было поручено управленіе гражданскими дѣлами. Для завѣдыванія завоеванными Литовскими и Бѣлорусскими городами былъ учрежденъ Приказъ Великаго Княжества Литовскаго, въ который начальникомъ съ помощью дьяка и былъ посаженъ Семенъ Лукьяновичъ.
Вмѣстѣ съ тѣмъ ему же былъ отданъ въ управленіе и другой весьма значительвый Приказъ- Устюжская Четверть, гдѣ въ 1663 г. онъ, по повелѣнію государя, исполнилъ важнѣйшее по тому времени дѣло, — это уничтоженіе съ 15 іюня чекана мѣдныхъ денегъ и заведеніе вновь чеканки серебряныхъ денегь.
Обоими Приказами онъ управлялъ до самой своей кончины, съ 1657 по 1666 годъ.
Въ эти самые годы произошла извѣстная и для того времени весьма печальная распря или смута между царемъ и патріархомъ Никономъ, къ которой оказался прикосновеннымъ между другими и Семенъ Лукьяновпчъ.
Никонъ, собинный другъ царя, пользовавшійся его сердечною привязанностью и безграничнымъ вниманіемъ, такъ возмечталъ о высотѣ своего сана, что въ концѣ-концовъ ставилъ даже вопросъ, кто выше-государь самодержецъ или онъ, патріархъ самодержецъ? На этомъ корнѣ возродилась и разросталась упомянутая распря. Само собою разумѣется, что царская Полата, царскій синклитъ, то-есть все боярство было на сторонѣ государя, тѣмъ болѣе, что Никонъ въ сношеніяхъ съ царскою Полатою давалъ ей сильно чувствовать свое высокоуміе и высокомѣріе.
Его невыносимое поведеніе сдѣлалось, наконецъ, предметомъ общаго разсужденія и осужденія. Но боярство не имѣло законнаго да и нравственнаго права судить и осуждать патріарха, какъ церковнаго владыку, котораго могли судить только высшія же церковныя власти. Въ самый разгаръ смуты и пререканій (въ 1662 г.) въ Москву прибылъ Газскій митрополитъ, родомъ Грекъ, Паисій Лигаридъ, человѣкъ въ высокой степени образованный и умный. И для Никона, и для синклита онъ являлся тою нейтральною, третьею стороною, которая могла разсудить дѣло по справедливости; для синклита же онъ являлся полнымъ авторитетомъ, какъ высокая церковная и притомъ ученѣйшая власть, которая могла по праву опредѣлить, справедливы ли и вѣрны ли обвиненія и обличенія дѣлъ Никона.
Съ этою цѣлью, какъ представитель царской Полаты и несомнѣнно по волѣ самого государя, Семенъ Лукьян. Стрѣшневъ подалъ Паисію длинный списокъ вопросовъ, числомъ 30, о различныхъ дѣяніяхъ Никона, а отчасти и о правахъ царя, прося рѣшительныхъ отвѣтовъ на эти вопросы, для представленія самому государю. Почему именно Семенъ Лукьян. явился ходатаемъ въ этомъ случаѣ, это можно объяснить особою близостью его къ государю, а также и тѣмъ обстоятельствомъ, что онъ самъ испытывалъ въ это время суровую тяжесть Никоновскаго самоволія и самоуправства. Никонъ наложилъ на него церковное проклятіе за то, что будто Семенъ Лукьян. у себя въ дому, назвався самъ патріархомъ, творилъ благословеніе попатріарши и сверхъ того еще научилъ свою собаку сидѣть и передними лапами благословлять какъ патріархъ, въ поруганіе благословенію Божію, и называлъ собаку Никономъ патріархомъ. Никонъ узналъ объ этомъ, какъ самъ же свидѣтельствовалъ, только по слуху. На соборѣ, который въ лицѣ Вселенскихъ патріарховъ судилъ Никона, царь Алексѣй Мих. утвердилъ, что Стрѣшневъ передъ нимъ, государемъ, сказалъ съ клятвою, что ничего такого не бывало.
Въ числѣ упомянутыхъ вопросовъ Семенъ Лукьян. вставилъ и такой послѣдній, тридцатый вопросъ: достойно ли проклинать человѣка за это?
Паисій, конечно, принялъ сторону царя и синклита и на всѣ вопросы далъ отвѣты въ осужденіе поведенія Никона. По поводу проклятія онъ объяснилъ, что, «Если бы мышь взяла освященный хлѣбъ, нельзя сказать, что она причастилась; такъ и благословеніе собаки не есть благословеніе». Шутить святыми дѣлами не подобаетъ; но въ малыхъ дѣлахъ недостойно употреблять проклятіе, потому что тогда считаютъ его за ничто. Къ тому же не должно проклинать безъ суда, а судитъ ли Никонъ въ этомъ случаѣ?