Въ Смутное время старецъ, конечно, не однажды проживалъ на своемъ подворьѣ и писалъ оттуда поучительныя грамоты въ свой монастырь.
Когда въ 1619 г. отецъ царя Михаила, митрополитъ Филаретъ Никитичъ, возвратился 14 іюня изъ Польскаго плѣна, то, прибывъ въ Москву, онъ остановился на Троицкомъ подворьѣ и жилъ тамъ до Посвященія его въ санъ патріарха 24 іюня того же года. Къ его пріѣзду были изготовлены каменныя кельи, къ шести дверямъ которыхъ для ихъ обивки было отпущено сукно…
Такъ какъ въ Кремлѣ церковь во имя Богоявленія на Троицкомъ подворьѣ была единственною, то царь Михаилъ Ѳедоровичъ въ день Богоявленія всегда слушалъ въ ней литургію, приходя туда послѣ Іорданскаго крестнаго хода. Въ этомъ году онъ выходилъ обыкновенно въ большомъ царскомъ нарядѣ, который, придя на Троицкое подворье, перемѣнялъ на болѣе легкій нарядъ и въ немъ и слушалъ церковную службу.
Въ дни памяти преподобнаго Сергія, 5 іюля и 23 сентября, государь праздновалъ также на подворьѣ, въ храмѣ св. Сергія, приходя наканунѣ къ вечерни и въ самый праздникъ къ литургіи. Для этой цѣли отъ Дворца на подворье были устроены особые внутренніе переходы.
Особое благоволеніе къ подворью оказывалъ царъ Алексѣй Михаиловичъ. На подворьѣ имъ была построена въ 1661 г. новая предѣльная церковь во имя Ѳеодора Стратилата, тезоименитаго царевичу Ѳедору Алексѣевичу. Строили каменныхъ дѣлъ подмастерье Иванъ Апсинъ и каменщики Емелька Семеновъ съ товарищи. Постройка этой церкви именно на Троицкомъ подворьѣ, а не въ другомъ мѣстѣ, несомнѣнно была вызвана тѣмъ обстоятельствомъ, что царевичъ родился (30 мая) дня за три до Троицына дня (2 іюня), а вмѣстѣ съ тѣмъ и особымъ почитаніемъ памяти преподобнаго Сергія, о которой благочестивѣйшій въ точномъ смыслѣ государь заботился съ большимъ усердіемъ. Вь егожизни много было поводовъ для усердной молитвы къ великому заступнику Московскихъ государей.
Царь по слѣдамъ отца приходилъ на подворье къ церковнымъ службамъ и въ день Богоявленія до 1653 г., когда сталъ выходить уже въ Успенскій соборъ, и въ дни памяти св. Сергія, а также 8 іюня на именины царевича Ѳедора Алексѣевича. Въ особенныхъ случаяхъ онъ самъ провожалъ туда св. иконы отъ крестныхъ ходовъ, выносимыя въ эти ходы и изъ церквей Троицкаго подворья.
Такіе случаи встрѣчались по поводу молебствій о побѣдахъ, «что милостію Божіею и помощью и заступленіемъ Пресв. Богородицы и молитвами Московскихъ чудотворцевъ и великаго въ чудотворцахъ препод. Сергія ратные Русскіе люди Крымскихъ татаръ или польскихъ и литовскихъ людей побили».
Случалось, хотя и очень рѣдко, что на Сергіеву память 25 сентября вмѣсто обычнаго похода къ Троицѣ въ монастырь государь совершалъ это празднованіе на Троицкомъ подворьѣ въ храмѣ преподобнаго Сергія.
Когда въ 1667 г. генваря 31 послѣ Никона былъ избранъ въ патріархи архимандритъ Троицкаго монастыря Іоасафъ, онъ пребывалъ въ то время на своемъ Троицкомъ подворьѣ, въ Богоявленскомъ монастырѣ, и послѣ избранія, которое происходило въ царскомъ дворцѣ, въ Верху, т.-е. въ Теремныхъ покояхъ, шествовалъ къ себѣ на подворье, шелъ въ святыя ворота, въ церковь Богоявленія, потомъ въ церковь Сергія чудотворца, гдѣ слушалъ обѣдню и затѣмъ удалился въ келью.
8 февраля было ему нареченіе у Вселенскихъ патріарховъ въ полатѣ (въ Чудовомъ монастырѣ), откуда новонареченный патріархъ снова шелъ на свое подворье торжественно, при чемъ у него у саней на запяткахъ ѣхали соборный протопопъ да дьяконъ.