При Самозванцѣ, въ 1605 г., Іовъ былъ насильственно сведенъ съ патріаршества и удаленъ въ Старицкій монастырь, гдѣ и скончался въ 1607 г. Въ Смутное время Патріаршій Домъ не одинъ разъ былъ свидѣтелемъ неистовыхъ нападеній со стороны преданнаго Полякамъ боярства, которое приходило къ патріарху Ермогену съ настойчивыми требованіями то подписать измѣнныя грамоты къ Польскому королю, то подписать грамоты къ кн. Пожарскому, чтобъ уходилъ отъ Москвы съ своимъ Ополченіемъ и не тѣснилъ бы Кремлевскихъ Поляковъ. Святитель одинъ оставался храбрымъ человѣкомъ и отвѣчалъ насильникамъ: «Если и всѣ вы согласились на неправедное дѣло, но я не соглашаюсь и не благословляю этого дѣла. А поступите противъ моего совѣта, да будетъ на васъ вѣчная клятва». Дѣло доходило даже до ножа, которымъ угрожалъ патріарху заводчикъ смуты Мих. Салтыковъ. Святитель противъ этого ножа явилъ крестъ Господень и проклялъ Салтыкова. По всему вѣроятію, все это происходило въ Крестовой полатѣ, куда обыкновенно собиралось боярство на совѣтъ съ патріархомъ. Послѣ всѣхъ споровъ непреклоннаго святителя, «безчестно связавши», отведи въ Чудовъ монастырь и тамъ въ темницѣ уморили его голодомъ. Онъ скончался 20 февраля 1611 года.
Послѣ Московской Розрухи отецъ Богомъ избраннаго царя Михаила, патріархъ Филаретъ Никитичъ, нашелъ патріаршій дворъ въ разоренномъ состояніи и по бѣдности царской казны и своей патріаршей не могъ употребить достаточныхъ средствъ на обновленіе запустѣвшаго двора, а къ тому великій Кремлевскій пожаръ 1626 г. опустошилъ и все то, что оставалось до того времени цѣлымъ.
Царь Михаилъ Ѳед. ходилъ въ то время и съ царицею на богомолье къ Троицѣ-Сергію. Патріархъ успѣлъ удалиться отъ пожарища въ Новинскій монастырь, гдѣ и оставался до возобновленія построекъ на своемъ патріаршемъ дворѣ, перейдя потомъ на Троицкое Кремлевское подворье. Государь съ царицею поселился въ селѣ Покровскомъ-Рубцовѣ.
Само собою разумѣется, что на патріарховѣ дворѣ, какъ и на царскомъ, все деревянное погорѣло, а также и въ каменныхъ зданіяхъ кровли и вся деревянная обдѣлка тоже все погорѣло.
Обновленіе всего двора и началось плотничными работами. Для жилища самого патріарха въ это время были срублены новыя кельи на остававшихся старыхъ каменныхъ подклѣтахъ. Отрывочныя свѣдѣнія объ этомъ находимъ въ современныхъ запискахъ патріаршихъ Приказовъ.
Выстроенныя вновь патріаршія кельи заключали въ себѣ обычныя отъ вѣковъ указанныя три клѣти въ одной связи, въ обычномъ размѣрѣ простой крестьянской избы, не болѣе, а иногда и болѣе трехъ саженъ въ квадратѣ.
По составу келій патріарха Филарета мы обозначили выше и древнѣйшій первоначальный составъ келейнаго жилища святителей, — такъ были просты и первобытны эти кельи.
Изъ нихъ первая отъ входа келья именовалась переднею, вторая въ собственномъ смыслѣ комнатою (родъ кабинета) и третья малою заднею келейкою (опочивальня). Передъ кельями были построены обычныя сѣни, большія передъ переднею и малыя передъ заднею. Сѣни большія простирались отъ комнаты и до малыхъ сѣней и были покрыты особою кровлею- полаткою.
Большія сѣни въ то время соотвѣтствовали нашимъ пріемнымъ заламъ, а потому въ нихъ у стѣнъ были устроены лавки съ кониками и рундуки, возвышенные помосты со ступенями передъ дверьми въ переднюю, или въ комнаты, такъ какъ уровень пола сѣней бывалъ нѣсколько ниже пола внутреннихъ комнатъ.
Въ трехъ кельяхъ было 16 оконъ со слюдяными окончинами и, кромѣ того, въ малой задней кельѣ патріархъ устроилъ себѣ вмѣсто слюдяной окончину стекольчатую съ желѣзными полуженными дверцами, что въ то время было новостью. В ъ обѣихъ сѣняхъ было также 16 оконъ со слюдяными же окончинами.