Исторія исчезновенія этого храма любопытна.
2 октября 1846 г. Государь Императоръ Николай Павловичъ при осмотрѣ Новаго дворца, даже и изъ Замоскворѣчья и съ Каменнаго моста, Высочайше повелѣть соизволилъ церковь св. Іуара (какъ въ это время прозывался древній храмъ по имени предѣла) перенести въ башню Боровицкихъ воротъ, нынѣ же существующее ея строеніе разобрать» (Судьба первой церкви на Москвѣ, А. И. Успенскаго. М., 1901, стр. 15).
Однако у начальетва Московской Дворцовой Конторы естественно возникло опасеніе, не произойдутъ ли по этому поводу разнаго рода волненія и толки въ народѣ. Такія опасенія возникали и прежде по такимъ же поводамъ, напр., при Императорѣ Александрѣ I по случаю предполагаемаго Валуевымъ уничтоженія нѣкоторыхъ старыхъ зданій Кремля.
Имѣя это въ виду, вице-президентъ Конторы, непосредственно завѣдывавшій всею постройкою Новаго дворца, гофмаршалъ баронъ Боде доносилъ Министру Двора 12 авг. 1847 г. слѣдующее: «Находящуюся въ Кремлѣ церковь во имя св. Іоанна Предтечи Высочайше повелѣно сломать и перевести въ Боровицкую башню. А какъ этотъ храмъ принадлежитъ къ первѣйшимъ Московскимъ древностямъ, то, дабы совершенно отстранить всѣ могущіе возникнуть по сему предмету въ народѣ разнаго рода толки, я полагалъ бы на стѣнѣ башни, обращенной ко Дворцу, сдѣлать на особо здѣланныхъ камняхъ надписи, объясняющія причину сего перенесенія».
Митрополитъ Филаретъ одобрилъ эту мысль и составилъ двѣ надписи, которыя по Высочайшему соизволенію и помѣщены на свои мѣста.
Сердечнымъ печальникомъ о разореніи храма явился извѣстный любитель святыни А. Н. Муравьевъ.
Онъ обращался съ ходатайствомъ о спасеніи древней церкви къ Владыкѣ митрополиту, но получилъ отъ него отвѣтъ въ слѣдующихъ выраженіяхъ: «Простите меня, что я поклоняюсь древнимъ иконамъ и прочей святынѣ, а не разсѣдшимся камнямъВасилія Темнаго». Владыка зналъ о построеніи церкви только одинъ 1461 годъ. Въ примѣчаніи къ этому отвѣту Владыки Муравьевъ, между прочимъ, пишетъ: «Ее (церковь) хотѣли сохранить ради древности при устройствѣ Новаго Кремлевскаго дворца и потомъ вдругъ ради ветхости разобрали, хотя она простояла бы еще многіе годы. Узнавъ объ этомъ намѣреніи, я всячески старался спасти древній храмъ, обращался о томъ и къ Владыкѣ и къ князю С. М. Голицыну, но не успѣлъ, потому что дворъ былъ за границею и слишкомъ скоро исполнилось данное повелѣніе».
Баронъ Боде въ особомъ докладѣ о ветхости храма доказывалъ, что «всякое малѣйшее движеніе (т. е., вѣроятно, ѣзда по площади возлѣ церкви) причиняло бы быстрое разрушеніе зданію церкви». Владыка съ своей стороны произнесъ при освященіи новаго помѣщенія храмовой Святыни на Боровицкой башнѣ утѣшительное и назидательное слово Москвичамъ, скорбѣвшимъ о разрушеніи церкви.
Когда церковь разобрали, то видъ на дворецъ изъ Замоскворѣчья сталъ еще непригляднѣе. Обнаружилась обширная и пустынная кривая площадь древнѣйшаго помѣщенія Москвы, среди зданій, расположенныхъ по кривымъ линіямъ, не имѣвшихъ правильнаго фасада или лица. Все это по необходимости заставило устроить здѣсь, въ качествѣ фасада, существующую теперь чугунную рѣшетку съ двумя воротами.
А туть близко, возлѣ сломанной церкви, находился и дворъ святителя Петра Чудотворца, основателя всего величія и могущества Москвы. Это было въ 20-хъ годахъ ХІV столѣтія. Но туть же близко еще раньше, въ 1147 г., несомнѣнно находился и тотъ дворъ вел. князя Юрія Владиміровича Долгорукаго, въ которомъ онъ устроивалъ сильный обѣдъ и пиръ своему несчастному другу Новгородъ-Сѣверскому князю Святославу Ольговичу. Можно съ достовѣрностію полагать, что княжій и впослѣдствіи митрополичій дворы съ ихъ хоромами стояли съ западной стороны храма, то-есть между храмомъ и Боровицкими воротами.