Митрополит Макарий не дожил до учреждения опричины († 1563). Преемником его в 1564 г. избран был духовник царя Афанасий (на соборе 1564 г., при избрании Афанасия московским митрополитам в первый раз дано было право носить белый клобук; до этого времени такой клобук носил только митрополит Макарий, избранный на митрополию из новгородских владык); добрый старец не выдержал ужасов времени и через год оставил кафедру по болезни. При выборе нового святителя внимание царя остановилось на Германе Казанском, но после того, как святой Герман решительно потребовал уничтожения опричины, царь выгнал нареченного первосвятителя из митрополичьего дома и вызвал в митрополиты соловецкого игумена святого Филиппа (1566 г.). Святой Филипп происходил из рода бояр Колычевых и в молодости служил при дворе великого князя Василия и Елены. Строгого подвижника едва уговорили принять предложенный сан и дать обещание не выступать против опричины (никоим образом не вмешиваться в дела опричины — прим. ред.). Но прошло несколько месяцев, и при виде жестокостей и беспутства опричников он не захотел молчать. Обличения митрополита царю сначала были тайные, но в 1568 году, видя их безуспешность, он решился приступить к обличениям всенародным. В неделю крестопоклонную царь пришел к обедне в Успенский собор вместе с опричниками в их странных нарядах и подошел к митрополиту принять благословение. Филипп не благословил его. «Не узнаю царя, — говорил он, — в такой одежде, не узнаю и в делах царства. Убойся суда Божия; мы здесь приносим Богу бескровную жертву, а за алтарем льется кровь неповинная». На угрозы царя он отвечал: «Я пришлец на земле и готов пострадать за истину — где же вера моя, если умолкну?» В конце июля произошло новое столкновение святителя с царем во время крестного хода в Новодевичьем монастыре из-за того, что святой Филипп во время чтения Евангелия увидал одного опричника с тафьей на голове и обратился к царю с укором и жалобой. Царь решился наконец свергнуть митрополита с кафедры. Нашлись клеветники с тяжкими обвинениями на святого. Собор подобострастных епископов осудил его на лишение сана. 8 ноября 1568 года опричники буйной толпой ворвались в храм, где Филипп служил свою последнюю литургию, сорвали с него святительские одежды, одели в лохмотья и с позором выгнали из церкви. После непродолжительного, но тяжкого тюремного заключения он был заточен в тверской Отрочь монастырь. Через год, проезжая мимо Твери, Иоанн заслал в Отрочь монастырь Малюту Скуратова взять благословение у Филиппа. Святитель не дал благословения, и опричник задушил его. Последующие митрополиты, Кирилл и Антоний, были уже только безмолвными свидетелями дел Грозного. Князь Курбский называет всех русских святителей страшного времени «потаковниками» и восклицает: «Где Илия, возревновавый о Навуфеевой крови? Где Елисей, посрамивший царя израилева? Где лики пророков, обличавших неправды царей? Где Амвросий, смиривший Феодосия? Где златословесный Иоанн, обличавший царицу златолюбивую? Кто отстоит обидимую братию? Воистину никто; если кто и явится ревнующий по Боге правдою слова, осудится, как злодей, и после различных мук предастся горькой смерти». Четвертый брак царя с разрешения церковных властей, с наложением только не тяжкой эпитемии, которую притом же царь не исполнял, служит достаточным свидетельством упадка духовной силы иерархов, о котором говорил Курбский. После этого брака царь еще женился три раза, уже не спрашивая разрешения церковной власти.

Митрополиты при царе Феодоре.

После страшного Иоанна стал царем благочестивый и слабый сын его Феодор. Но и в его царствование видим свержение митрополита Дионисия, который вместе с Шуйскими осмелился действовать против могущественного Годунова, говорить о неправдах временщика и хлопотать о разводе царя с неплодной Ириной — сестрой Годунова. На место его возведен (1587 г.) ростовский архиепископ Иов. Это был последний митрополит и первый патриарх в нашей истории.

Епархии московской митрополии.

В истории епархиального управления важным событием было падение вольных городов и прекращение их стремления к церковной самостоятельности. В последнее время, не находя в России сильных удельных князей, на которых можно было бы опереться против московской централизации, новгородцы обратились к покровительству Литвы. После смерти владыки святого Ионы (1470) литовская партия требовала, чтобы вновь избранный владыка Феофил ехал ставиться не в Москву, а в Киев, а когда он не согласился на это, выставила от себя другого кандидата на кафедру, ключника Ионы Пимена, который готов был ехать на поставление, куда угодно. В 1471 году Иоанн III предпринял против новгородцев большой поход, на который и он и москвичи смотрели, как на поход религиозный, против отступников от православия, и который сравнивали даже с походом Донского на Мамая. Стесненный Новгород чрез посредство Феофила вымолил себе прощение великого князя, обязавшись не отступать к Литве и посвящать своих владык при гробе святителя Петра. После этого Феофил ездил в Москву и был поставлен на архиепископию. Верный старинному обычаю печалования, он был постоянным ходатаем за своих духовных чад перед Иоанном до самого конца новгородской вольности. В 1478 году великий князь предпринял новый поход против Новгорода и на этот раз ходатайство владыки о сохранении старинных прав вечевого города было уже безуспешно.

Вечевой колокол отвезли в Москву и повесили, как выражается летопись, «на колокольнице с прочими колоколы звонити». Владыка и погиб за свой город; после бунта против московской власти, который не замедлил последовать со стороны новгородцев, он опять было печаловался о них, но великий князь вместе с виновными схватил и его самого и в 1480 году заточил в Чудов монастырь, где он и скончался в 1482 году. На место его поставлен был владыкою уже не новгородец, избранный на вече, а москвич Сергий, присланный великим князем и митрополитом. Падение Новгорода обставлено в летописях религиозными преданиями. Оно задолго предваряется печальными предзнаменованиями: сами собой звонили колокола, буря сломила крест на святой Софии, плакали иконы по церквам, на гробах усопших владык видели кровь. Преподобный Зосима Соловецкий на пиру у Марфы Посадницы с ужасом видел некоторых гостей сидящими без голов и предсказал им казнь от великого князя. Донеслось до нас предание и о первом владыке-москвиче. Усопшие владыки будто бы являлись ему во сне и наяву и с гневом укоряли его, зачем он воссел на их кафедре. Менее чем через год он сошел с ума. Преемником его с 1484 года был тоже москвич, чудовский архимандрит Геннадий. В Москве долго не могли забыть новгородской вольности и подозрительно присматривались к старому вечевому углу. В церковной сфере эта подозрительность выразилась разными притеснениями владыкам, отобранием у них имений, отпиской их монастырей к Москве, лишением их кафедры. Лишен кафедры святой Геннадий, обвиненный в мздоимстве. Святой Серапион выразил негодование на отписку в 1507 году от его епархии к Московской богатого Волоколамского монастыря и был заточен в Троицкий монастырь. В 1570 году Грозный предпринял свой кровавый поход на Новгород, чтобы вывести в нем измену, о которой ему доносили клеветники. Произошел страшный погром всего города и его окрестностей, причем не было пощады ни духовенству, ни церквам, ни монастырям. Владыка Пимен, некогда судивший на соборе святого Филиппа, подвергся крайнему поруганию от опричников — провезен по всему городу в одежде шута, с бубном и волынкой, на белой кобыле, потом лишен сана и заключен в Веневе. Преемника его Леонида Грозный (1576 г.) велел зашить в медвежью шкуру и затравить собаками, а по другим известиям — удавить.

Другой вечевой город, Псков, по-прежнему все хлопотал об освобождении своем от власти новгородских владык. Получая постоянно отказы, псковичи дошли наконец до того, что в 1468 году порешили управляться в церковных делах сами собой без владыки, чрез двоих выборных священников. Владыке, который, встревоженный этой новостью, приехал в Псков, сказали, что учрежденное ими церковное самоуправление необходимо, потому что в это последнее время смущение явилось великое — владыке всего и рассказать нельзя. Они принуждены были отступиться от своего решения уже в 1470 году, по требованию самого великого князя и митрополита Филиппа. Вече не раз делало распоряжения, которые мог делать один владыка, например, в 1468 году отлучило от службы вдовых попов и дьяконов. Даже после падения Новгорода, когда владыки новгородские сделались органами сильной московской власти, псковичи постоянно раздражали их своим непокорством. Первого епископа (Мисаила) Псков получил уже при учреждении патриаршества.

Число всех епархий в Московской митрополии после отделения от нее Киевской простиралось до 10, но в епархиальном делении происходили по временам разные перемены, из которых замечательны: учреждение в 1555 г. новой Казанской епархии, переведение Пермской епархии в Вологду (в начале XVI века), присоединение к Московской митрополии Смоленска (при Василии Иоанновиче) и Полоцка (при Грозном) с их епархиями; при Грозном у немцев взят старинный русский город Юрьев и устроена новая Юрьевская епархия. Польский король Стефан Баторий опять отнял у России и Юрьев и Полоцк; Полоцкая епархия снова отошла к Киеву, а Юрьевская была закрыта. Епархия митрополита через отделение от нее киевской половины значительно уменьшилась, но все еще была слишком обширна и после этого; она обнимала собою нынешние епархии: Московскую, Костромскую, Нижегородскую, Вятскую, Курскую, Орловскую и значительные части Владимирской, Архангельской, Новгородской и Тамбовской. После падения Орды сарайский епископ (с 1454 года) стал жить в Москве на Крутицах и сделался как бы викарием митрополита.

Органы епархиального управления.

С XVI века встречаем целый ряд новых и очень важных постановлений относительно органов епархиального управления. Духовенство давно уже тяготилось тем, что епархиальные дела производились большей частью светскими чиновниками архиерейских домов, которые смотрели на свои должности, как на кормление, и притесняли духовный чин. Во время московского собора 1503 года ростовский священник Георгий Скрипица писал: «Господа священноначальницы! Неблагословно надсматриваете над верными людьми… Назираете церковь по царскому чину земного царя — боярами, дворецкими, недельщиками, доводчиками, для своих прибытков, а не по достоинству святительскому. Вам достоит пасти церковь священниками благоразумными, а не мирским воинством». Наконец Стоглавый собор определил: суд по всем духовным делам производить самим святителям, или кому они укажут из духовных, а не из мирских лиц, за владычними же боярами оставить суд только по гражданским делам, подведомым суду Церкви, и то лишь над мирянами церковного ведомства и белым духовенством. Вследствие этого постановления увеличено число духовных органов архиерейской власти, каковыми были органы приказные — архимандриты, игумены и протопопы, и выборные — поповские старосты. Поповские старосты, которых в первый раз мы видели во Пскове, в XV веке появились и в некоторых других местах, но с исключительно финансовым значением, как органы архиерея, к которым, по выражению грамот, тянули (платили подати — прим. ред.) всякими сборами тяглые попы. Стоглав сделал учреждение поповских старост и их помощников, десятских священников, повсеместным, и облек их, кроме обязанности собирать владычные сборы, еще обязанностью надзирать за церковным благочинием и в качестве депутатов сидеть в суде над духовенством у владычных мирских судей. Право церковного суда по-прежнему оставлено за одними приказными органами архиерейской власти, как духовными, так и светскими, которым духовная власть доверяла больше, чем выборным старостам. Сами поповские старосты подчинены надзору архимандритов, игуменов и протопопов.