С самого начала XVIII столетия в Москве образовался кружок вольнодумцев, тронутых протестантским еретичеством. Они отвергали почитание святых и мощей, чудеса, пророчества, авторитет Церкви со всею ее иерархией, соборами, преданиями и учением святых отцов, не признавали таинств, поминовения усопших, почитания святых икон, монашества и всей обрядовой стороны религии. Во главе этого кружка стоял лекарь Дмитрий Тверитинов, учившийся в Немецкой слободе и заразившийся там протестантскими идеями. Эти идеи он усвоил, впрочем, не целиком, а вперемежку с своими собственными домыслами; он, например, не принял самого основного догмата протестантства об оправдании человека одной верой без дел закона, а доказывал напротив, что человек только и может спастись своими делами и заслугами, без которых его не могут спасти никакие посредники и ходатаи. Самым рьяным его последователем был его родственник, цирюльник Фома Иванов. Новая московская ересь до своего обнаружения свободно распространялась около 14 лет и успела найти себе многих последователей из разных классов общества, проникла даже в московскую академию. В 1713 г. первым попался в ней своему начальству один из учеников академии Максимов, а через него духовная власть добралась и до других еретиков. Митрополит Стефан немедленно пустил дело в розыск и повел его гласно, на всю Москву, привлекши к содействию себе Преображенский приказ. Петр был очень этим недоволен, потому что такое шумное дело могло подействовать неприятно на живших в России иностранцев, да на многих и русских деятелей реформы, тоже не совсем чуждых Тверитиновских замашек, могло, кроме того, усиливать и без того уже сильное недовольство немецкими новшествами в народе. Он распорядился поскорее взять это дело из рук Стефана, переведя его расследование из Москвы в Петербург. Здесь, по желанию царя, оно кончилось живо и легко для еретиков — удовольствовавшись одним только отречением их от своих мнений, петербургский суд препроводил их обратно в Москву с распоряжением от царя немедленно присоединить их к церкви и затем все дело потушить. Но Стефан этим не удовольствовался, а разослал присланных еретиков по монастырям и принялся собирать против них новые улики. На беду, самый фанатичный из них Фома Иванов, содержавшийся в Чудовом монастыре, дерзнул на возмутительную выходку, всего более им повредившую: придя однажды в церковь, он бросился с косарем на резной образ чудотворца Алексия и изрубил его. После этого московский собор 1714 г. предал всех еретиков проклятию. Они отданы были на церковное покаяние, а Фома сожжен на костре. Раздраженный всем этим делом, царь сделал Стефану тяжкий выговор через Сенат. По поводу ереси Стефан написал большое сочинение против протестантства — «Камень веры»; сочинение это не было пущено в печать.
Особенно дурно отозвались на положении Стефана, да и всей вообще иерархии два политических дела 1718 года — дело царевича Алексея и дело его матери, бывшей царицы Евдокии Лопухиной. В них замешано было несколько важных лиц из духовенства. Дознано было, что духовник царевича Яков Игнатьев был злейшим врагом Петра, внушал Алексею ненависть ко всем делам и к самому лицу его отца, однажды на исповеди, когда Алексей со страхом признался ему, что желает отцу своему смерти, успокоил его, говоря: «Мы и все желаем ему смерти»; что духовник царицы Евдокии Федор Пустынный, ростовский архиерей Досифей и юродивый Михаила Босой говорили ей о близкой смерти Петра и скором возвращении ее на царство, подкрепляя свои уверения разными пророчествами и видениями; что царевич, бежав за границу, писал оттуда письма Досифею, Крутицкому митрополиту Игнатию Смоле и Киевскому Иоасафу Краковскому; что он более всего надеялся на духовенство и говорил своим приближенным: «Когда будет время без батюшки, тогда я шепну архиереям, а архиереи приходским священникам, тогда меня и нехотя владетелем учинят». Был заподозрен в связи с царевичем и сам Стефан, которого партия царевича и сам он считали своим и на которого рассчитывали, что он снимет с царевича присужденное ему царем пострижение в монашество. По окончании розысков Яков Игнатьев, Федор Пустынный и Досифей были преданы смертной казни; Иоасаф Краковский умер скоропостижно еще раньше розыска на дороге из Киева в Петербург; Игнатий Смола по старости был уволен на покой (уже в 1721 г.) в Нилову пустынь. Во все время розысков царь находился в таком же страшном раздражении, как во время стрелецких казней, и высказывал крайне резкие отзывы о духовенстве. В 1718 году он решительно высказал мысль об отмене патриаршества и об устройстве для церковного управления духовной коллегии, наподобие учреждавшихся тогда же государственных коллегий. Яворский уцелел во время розысков — ему предназначалось даже место президента в новой духовной коллегии; но отношения к нему царя были окончательно испорчены — президентом он должен был сделаться только номинальным. Петр убедился, что не все и киевляне могли ему сочувствовать, и стал приближать к себе из них новых людей, более соответствовавших его видам.
Новые приближенные царя — Феодосий и Феофан.
В Новгородской епархии он заметил хутынского архимандрита Феодосия Яновского, родом из польской шляхты. Во время гонения на черкас он уехал из Москвы в Новгород к митрополиту Иову, который тогда собирал около себя ученых людей для просвещения своей епархии и принял пришельца очень милостиво, сделав его у себя одним из первенствующих архимандритов. Это был светский, развязный и весьма либеральный монах, он понравился царю с первой же встречи. В 1712 году Петр сделал его александро-невским архимандритом, правителем духовных дел в Петербургской области и доверенным своим человеком по духовной части. Царь не обращал внимания ни на шаткость религиозных убеждений своего любимца, ни на его светскую жизнь, которая производила соблазн в народе и духовенстве, видел в нем только умного человека, умевшего приспособиться к требованиям времени, борца против суеверий и раскола и удобного помощника в церковных реформах. В 1716 году митрополит Иов скончался, и на место его в 1721 году царь указал посвятить Феодосия.
В 1716 году был вызван в Петербург другой, еще более образованный монах из Киева, Феофан Прокопович. Еще в киевской академии он отличался необыкновенной даровитостью, любовью к наукам, многознанием и живостью характера. Из Киева он отправился учиться за границу, где, отрекшись конечно от православия, учился во Львове, Кракове и Риме. Иезуитское воспитание не только не увлекло его в сторону латинства, но возбудило в его душе полное отвращение и от схоластики, и от иезуитов, и от всей системы католичества. В 1704 г., воротясь в Киев и снова присоединившись к православию, он поступил на службу в академию и постепенно проходил в ней должности учителя, префекта и ректора. В 1706 году царь, при посещении Киева, в первый раз слышал его приветственное слово и заметил его. В 1709 году Прокопович опять приветствовал Петра с полтавской победой; в слове его были прославлены победы царя над шведами, не забыта была и простреленная в бою шляпа Петра, вставлено ловкое сравнение Полтавской битвы (в день преподобного Сампсона 27 июня) с победой Сампсона над львом (герб Швеции). Петр никогда еще не слыхивал такой живой и современной предики; карьера Феофана была после этого упрочена. Вызванный в 1716 г. в Петербург, он постоянно говорил здесь проповеди, в которых пояснял слушателям современные события и преобразовательные планы Петра, и вошел в еще большее доверие у царя, чем Феодосий. Понятно, что он сделался после этого первым кандидатом на архиерейство; но в то же время своими резкими обличениями суеверий и обрядовой религиозности народа он возбудил против себя среди духовенства серьезные подозрения в протестантстве, которые разделяли и некоторые киевские ученые, и сам местоблюститель. Двое из этих ученых, ректор московской академии Феофилакт Лопатинский (приехавший в Москву еще в 1704 году) и префект Гедеон Вишневский (вызванный в 1714 году), отыскали в его киевских лекциях протестантские идеи и подали на него Стефану донос, а Стефан доложил об этом доносе царю с присовокуплением собственного мнения, что Феофан не может быть епископом. Петр дозволил Прокоповичу самому оправдаться против обвинений, и Феофан так в этом успел, что Стефан должен был просить у него извинения. В 1718 году Феофан был поставлен епископом во Псков и сделался правой рукой Петра во всех церковных реформах. В то время как местоблюститель вместе с великорусскими иерархами сетовал об уничтожении патриаршества, Феофан, по поручению царя, писал регламент для духовной коллегии.
Составление Духовного регламента.
Было закончено было к 1720 году, после чего он целый год рассматривался Сенатом, архиереями, архимандритами и самим государем. Он заключал в себя изложение всех важнейших пунктов церковной реформы, разделяясь на три части: 1) описание и вины синодального управления, 2) дела, ему подлежащие и 3) самих управителей должность и сила. Характер его изложения весь проникнут духом современной борьбы реформы с противодействовавшими ей предубеждениями и явлениями, и потому отличается обличительным направлением, тенденциозностью, даже страстностью. О винах новой формы церковного управления в нем говорится, что коллегиальное управление, в сравнении с единоличным, может решать дела скорее и беспристрастнее, менее боится сильных персон и, как соборное, имеет больше авторитета, с другой стороны — менее опасно для государства, ибо простые люди, не зная различия между духовной и самодержавной властью и удивляемые славой и честью патриарха, считают его вторым государем, самодержцу равносильным или и больше его и, если случится между патриархом и царем разногласие, то скорее пристанут к первому, мечтая, что поборают по самом Боге — в доказательство представлены указания на византийскую историю, на историю папства и на подобные же «и у нас бывшие замахи»; президент же коллегии не имеет ни такой народ удивляющей славы, ни силы, имея голос равный с голосами других членов; и в случае суда над ним не нужно обращаться за этим судом на сторону, так как он подлежит суду самой коллегии. Восстает Регламент и против другой народ удивляющей славы, славы епископов, воспрещает водить их под руки, кланяться им в землю и воздавать «лишнюю и — почитай — царскую честь», отнимает у них право церковной анафемы и предоставляет это право одной духовной коллегии; делает колкую заметку и против архиерейских слуг, злоупотребляющих своей властью при владыке для лакомства и наживы. Особенно горячо говорится в Регламенте о расколах и суевериях, с которыми реформе приходилось считаться всего более. Синоду вменяется в обязанность подвергать строгому исследованию акафисты и службы святым, чудотворные иконы, мощи и другие святыни, «много бо о сем наплутано», всякие чудеса и пророчества, выводить почитание 12 пятниц, обычай «людем, далече отстоящим, молитвы чрез посланников их в шапку давать» и другие суеверные обычаи. Большие отделы посвящены распоряжениям об усилении в народе и духовенстве религиозного образования — об издании для народа катехизических книжек, о заведении при архиерейских домах духовных школ, об усилении церковной проповеди; сатира проникает и в эти положительные отделы Регламента — здесь, например, встречаем обличительные характеристики невежественного и упрямого великорусского начетчика и гордого киевского школяра, изучившего риторику и вообразившего, что уже все познал, и карикатурный портрет южно-русского ритора-проповедника, подражателя польских казнодеев. В 1722 году вышло в таком же роде Прибавление к Регламенту, содержавшее правила относительно белого духовенства и монашества.
Открытие Святейшего Синода и его состав.
14 февраля 1721 года последовало торжественное открытие духовной коллегии под именем Святейшего Правительствующего Синода, а в 1723 году Синод был утвержден всеми восточными патриархами, которые признали за ним все патриаршие права и именовали его в грамоте своим во Христе братом. Он был составлен из президента (Стефан Яворский), двоих вице-президентов (Феодосий и Феофан), четырех советников и четырех асессоров из представителей монашествующего и белого духовенства. В решении дел все они, не исключая и президента, голоса имели равные. Президент Стефан был, впрочем, совсем затерт в Синоде сильными вице-президентами и до конца жизни не мог примириться с новой формой церковного управления. После его смерти († 1722) Петр назначил нового президента, и должность эта упразднилась; вакансия Стефана в Синоде занята была новым советником, архимандритом Феофилактом Лопатинским, скоро (1723 г.) посвященным в епископа Тверского. Главным деятелем в Синоде был Феофан — правая рука и послушное перо царя. Феодосий, хотя и считался первым вице-президентом, стал терять расположение Петра по своему заносчивому и властолюбивому характеру; забывши, что всем был обязан царю, он стал очень резко поговаривать и против духовных штатов, и против унижения церкви светской властью. Преобладание в составе Синода членов из малороссов, и притом сравнительно молодых по службе, крайне не нравилось великорусским иерархам, которые все были тогда уже люди пожилые, заслуженные, и роняло в их глазах самый авторитет этого высшего духовного правительства. Они считали себя обиженными и, кроме того, постоянно подозревали Синод в партийном, малороссийском духе. Оттого ему на первых порах постоянно приходилось жаловаться на то, что они не воздают ему подобающей чести, и делать им за это выговоры и внушения.