Желание, возникшее еще на Суэцком канале, изучить после береговых линий Красного моря подобные же линии на севере Европы, чтобы решить вопрос о причинах колебаний морского уровня, Зюссу удалось осуществить только через шестнадцать лет. В 1885 году он поехал на север Норвегии, в Тромсё, где убедился, что более высокие террасы на склонах фиорда созданы не поднятием суши или понижением уровня моря, а представляют следы уровня пресных озер, подпруженных ледниками. Из Тромсё Зюсс отправился на водораздел Атлантического океана и Балтийского моря, по которому, в пустынной местности, пролегает граница между Норвегией и Швецией. Здесь под 68° и 69° северной широты можно было видеть своеобразные картины угрюмой природы северных гор. На водоразделе формы гор резкие и скалистые, тогда как ниже они мягкие, сглаженные деятельностью ледников. В долинах, близ водораздела, чередуются моховые болота, курчавые скалы, обработанные льдом, низкие гряды морен, пятна снега, озерки, рассеянные повсюду валуны, покрытые лишаями. Тишина редко нарушается писком леммингов и призывным свистом россомах. Даже бродячие лапландцы редко посещают эти угрюмые места.
Немного ниже, в каменные массы по склонам реки начинают врезываться ущелья, с обрывов низвергаются маленькие водопады, питаемые тающими полями снега. На дне долин появляются сначала травы, затем заросли полярной березки и ползучей ивы, еще ниже — рощи рябины, березы, хвойных деревьев, постепенно смыкающиеся в сплошной лес. Здесь уже встречаются отдельные домики норвежских пионеров, занимающихся охотой и рыболовством. В этих домиках путешественник находил себе приют и пищу. Еще ниже появляются фермы скотоводов, захватывавших горные луга и постепенно вытеснявших лапландцев дальше на север, на угрюмые высоты гор. О пребывании здесь лапландцев свидетельствовали увешанные ленточками священные березы и жертвенные ямы. Один из фермеров сопровождал Зюсса в поездке на большое озеро на водоразделе между Торнеа и Лулеа, обрамленное высокими горами, которые отражались в зеркале спокойных вод озера. В лесах, по дороге к нему, часто встречались следы медведей, на которых охотятся местные жители. Зюсс отмечает физическое развитие и ограниченный кругозор этих отшельников. Когда он рассказывал им о своем путешествии в Египет, о том, что там живут не христиане, они опрашивали, честный ли это народ. Они удивлялись, что у путешественников ничего не пропало там, кроме пары очков, которые потом были найдены и посланы вслед; они не хотели верить, что человек может быть честным, не будучи христианином.
Мы уже упоминали об изменении школьного закона 1869 года в сторону сокращения срока обязательного обучения и усиления влияния католического духовенства в деле народного образования. Новый законопроект, между прочим, разрешал сокращение количества уроков, регулировал поведение учителей вне школы, требовал от них, в случае надобности, преподавания религии, вследствие чего утверждение учителей зависело уже от епископа, и наконец устранял установленный законом 1869 года пятилетний срок для сдачи учителями государственного экзамена. Последнее открывало двери школ для «братьев» и «сестер», подготовленных в разных католических орденах.
Венский университет начал подвергаться нападкам как в парламенте, так и в Нижне-Австрийском ландтаге со стороны клерикалов и антисемитов, которые подчеркивали церковное происхождение университета. Зюсс приводит характерный пример нетерпимости. В день столетия со дня рождения Марианны Виллемер, послужившей прообразом для Сулейки в известном сочинении Гете, профессор Шмидт хотел произнести в театре города Линц (Виллемер родилась в этом городе) речь, посвященную ее памяти. Наместник разрешил произнести речь только при условии, что Гете не будет прославляться как философ.
Церковные круги не были удовлетворены изуродованием школьного закона 1869 года. Они хотели полной отмены этого закона, осужденного папой Пием IX. В начале 1888 года ряд клерикальных депутатов во главе с князем Лихтенштейном внесли другой законопроект относительно школ. И в этом законопроекте обязательный срок обучения понижался с восьми до шести лет. Церкви предоставлялся надзор не только за преподаванием религии, но и за всей деятельностью школ. Частные школы приравнивались к государственным. Руководство теми и другими, а также частными педагогическими институтами и составление положений о них предоставлялось законодательству отдельных провинций. Все это ясно показывало намерение вытеснить государственную власть из школы, чтобы заменить ее церковной и провинциальной, на которую клерикалы имели существенное влияние.
Эти предложения вызвали возмущение во всех передовых слоях населения, особенно в Вене, где произошло большое собрание граждан, на котором бурно критиковали законопроект и осудили его как тяжкое покушение на жизненные интересы населения.
В университете, согласно установившемуся обычаю, старейшие профессора факультетов поочередно в течение года исполняли обязанности ректора. На 1888/89 учебный год Зюсс, как старейший член естественно-исторического отдела философского факультета, был единогласно избран ректором. Даже профессора теологического факультета подали голоса за Зюсса, хотя он был лютеранин.
В феврале Зюссу пришлось выступить в защиту ботанического сада университета, так как министерство финансов намеревалось построить рядом с садом высокое здание для государственной типографии, которое затенило бы оранжереи и часть сада с экзотическими насаждениями. Зюссу удалось не только предотвратить гибель ботанического сада, но и отвоевать верхнюю часть его, которая до тех пор предоставлялась лишь в пользование сада, составляя собственность императора. Эта верхняя часть была ценным участком для застройки.
Зюсс собирался также восстановить пользование гимнастическим залом, который пустовал из-за споров между студенческими корпорациями.
Но в марте ректорство неожиданно прервалось по политическим причинам. После речи министра народного просвещения о школьном законе Зюсс, имея в виду необходимость своего выступления против притязаний церкви и возобновление в связи с этим нападок клерикальной партии на университет, почел за благо сложить с себя звание ректора. Министр принял его отставку.