Thomas Hunt Morgan, född 25 september 1866 i Lexington, Kentucky, död 5 december 1945 i Pasadena, Kalifornien, var en amerikansk zoolog och genetiker. Han fick Nobelpriset i fysiologi eller medicin 1933 för sin upptäckt av gener och deras placering på kromosomer. Även några av Thomas H. Morgans studenter belönades med Nobelpriset, nämligen George Wells Beadle (1958), Edward B. Lewis (1995) och Hermann Joseph Muller (1946).