Bis in den Anfang dieses Jahrhunderts hatte die Universität als Korporation eine unabhängige Stellung behauptet. Dies änderte sich, als durch das Gesetz vom 19. Mai 1813 die der Universität in den Jahren 1460, 1532 und 1539 ertheilte Verfassungsurkunde, Statuten und Privilegien zurückgenommen und aufgehoben wurden. Fortan sollte dieselbe allgemeine höhere Lehranstalt des Kantons sein und zu diesem Zwecke in einer den Zeiten angemessenen und gemeinnützigen Weise eingerichtet werden. Durch Gesetz vom 17. Juni 1818 über die Organisation der Universität wurde sie der Oberaufsicht und Leitung der Regierung unterstellt. Letztere übertrug diese Oberaufsicht und Leitung der zufolge Gesetzes vom gleichen Datum bestellten neuen Staatsbehörde, dem Erziehungsrath, dessen engerer Ausschuss (Curatel) die der Universität unmittelbar vorgesetzte Behörde wurde. Der Regenz der Universität — bestehend aus sämmtlichen ordentlichen Professoren — verblieb die Leitung der inneren Angelegenheiten, die Aufsicht über die akademischen Anstalten und Sammlungen und die Verwaltung des Universitätsvermögens. Die bisherige Universitätskommission erhielt, unter bester Verdankung ihrer Arbeiten, durch Rathsbeschluss vom 24. Juni 1818 ihre Entlassung. Die der Regenz noch gelassene Civilrechtspflege für die Angehörigen der Universität (sog. Universitätsbürger) entfiel 1821 bei der neuen Organisation des Gerichtswesens.

In den vier einander gleichgestellten Fakultäten sollten 18 Professoren mit einer Besoldung von je Fr. 1600 a.W. angestellt und diese Stellen nach öffentlicher Auskündung und eröffnetem Konkurse besetzt werden; in Fällen, wo es zum Vortheil der Anstalt gereiche, sollte der Kleine Rath, auf motivierten Vorschlag des Erziehungsrathes, durch unmittelbaren Ruf Professoren ernennen können. Hiemit war die früher übliche Verwendung des Looses, die öfters eine verhängnissvolle Rolle gespielt hatte, glücklich beseitigt.

Dieses Gesetz über die Organisation der Universität, auf das man im Jahre 1865 zurückgriff, berücksichtigte in angemessener Weise die einzelnen Unterrichtsfächer und fand bei einsichtsvollen Männern volle Billigung. So erklärte Troxler (Die Gesammthochschule der Schweiz und die Universität Basel, Trogen 1830, S. 58):

»Es ist seinem wesentlichen Inhalte nach eine zweckmässige und zeitgemässe Grundlage einer wohlberechneten und verheissungsvollen Herstellung und Erhebung der Hochschule, im Geiste der ersten Gründung gedacht, würdig der grossen Erinnerungen, durch Erfahrungen geläutert, die Ansprüche und Bedürfnisse einer neuen Zeitbildung berücksichtigend, sowie selbst die weitern Verhältnisse des Gesammtvaterlandes umfassend.«

Der schöne Beweis von Achtung für Wissenschaft, von Eifer für Bildung und von hochherziger Vaterlandsliebe, den der Grosse Rath an den Tag gelegt hatte, stellte eine gedeihliche Entwicklung in Aussicht. In der That finden sich unter dem Lehrpersonal der nächsten Jahre manche klangvolle, weitberühmte Namen von In- wie Ausländern. Aber man zögerte zu sehr mit Durchführung der Organisation im vollen Umfange, sodass schon 1823 der Rektor der Hochschule, Prof. de Wette, in seiner Rektoratsrede am 12. Mai mit Freimuth und Nachdruck äussern durfte: »Und jetzt an dieser Stelle, als zeitiger Rektor der Universität und Mitglied des Erziehungsrathes, im Namen der Anstalt, an deren Spitze ich zu stehen die Ehre habe, fordere ich Sie, weise Häupter und Räthe, feierlich auf, das Werk der Wiederherstellung der Universität fördersamst zu vollenden! Noch sind eine Lehrstelle der Rechte, zwei der Arzneikunde und die der Philosophie unbesetzt, und die der Geschichte ist von Neuem erledigt. Jedes Halbjahr, welches unter diesen Mängeln verstreicht, ist ein Verlust für die studierende Jugend, und der ganze Unterrichtsgang ist dadurch gelähmt. Je länger man aufschiebt, desto mehr ermattet der Eifer, desto mehr gewöhnt man sich an das Mangelhafte.«[1] Wieder vier Jahre darauf mahnte noch eindringlicher der damalige Rektor, Prof. Gerlach, an schleunige Vervollständigung[2] und schloss mit den verheissungsvollen Worten:

»Reichthum ist ein vergängliches Gut; — Ruhm, erworben im Felde der Staatskunst, ist trügerisch und oft von zweideutiger Art; — der aber lebt ewig im dankbaren Andenken der Nachwelt, dessen Name geknüpft ist an das Gedeihen einer Schule der Wissenschaft, die Jahrhunderte blühte, die in der Gegenwart sich auf's neue erhebt, die nicht untergehen wird im Strome kommender Zeiten.«

Die nächsten Jahre erfüllten die hochgespannten Hoffnungen noch nicht — es nahte die dem Basler Staatswesen verhängnissvolle, mit muthiger Entschlossenheit durchgekämpfte Zeit, auf welche — wie der trefflichste Darsteller der Ereignisse jener Periode sagte[3] — »Basel sonder Scham und sonder Reue zurückblicken konnte, weil es das Bewusstsein davon trug, dass es billigen Begehren willig entsprochen hatte, dass es der Drohung und Gewalt beharrliche Entschlossenheit entgegengesetzt hatte und dass seine Bürger das Gesetz, für das sie kämpften, auch durch Gehorsam zu ehren wussten.«

Vergeblich war man bemüht, von dem gut eingerichteten und weise geleiteten Staatswesen den schwersten Schlag abzuwenden. Es war umsonst! — Der am 17. August 1833 gefasste, am 26. August durch eingelangte Ratifikationen in Kraft erwachsene Beschluss der Eidgenössischen Tagsatzung erklärte den Kanton Basel in Bezug auf die Verwaltung in zwei besondere Gemeinwesen getheilt und verfügte, »es solle das gesammte Staatseigenthum des Kantons an Kapitalien, Gefällen, Gebäuden, Kriegsmaterial u.s.w. ohne irgend eine Ausnahme, und ausdrücklich mit Inbegriff der Kirchen-, Schul- und Armenfonds, auf billigem Fusse zwischen beiden Landestheilen ausgeschieden und getheilt werden.«

Diesem Beschlüsse zufolge wurden zu Schiedsrichtern erwählt:

1. Herr Alt-Bürgermeister Joh. Herzog, von Effingen, in Aarau für Basel-Stadttheil.
2. Herr Alt-Bundespräsident Joh. Friedrich Tscharner, von Chur
3. Herr Obergerichts-Präsident Joachim Leonz Eder, in Frauenfeld für Basel-Landschaft.
4. a) Herr Carl Schnell, J.U.D., Regierungsstatthalter zu Burgdorf (bis Ende 1833)
b) Herr Ludwig Schnyder, Appellationsrichter von Sursee, (von Anfang 1834 an)