Die Stelle des Bibliothekars wurde nach Erlass dieses Gesetzes ihrem bisherigen Inhaber, dem Professor der lateinischen Sprache und Litteratur Franz Dorotheus Gerlach, der sie seit 1829 bekleidet hatte, aufs Neue übertragen. Die Bibliothek war im Hause zur Mücke am obern Schlüsselberg aufgestellt. Die Oeffnungszeit derselben war bei der ersten Ernennung Gerlachs von einem auf vier Tage ausgedehnt worden; späterhin, nach der Verlegung der Anstalt ins Museum und nachdem Gerlach bereits von sich aus die ihm durch das Bibliotheksreglement auferlegte Arbeitszeit verlängert hatte, wurde sie auf alle sechs Wochentage erstreckt. Amtswohnung des Bibliothekars war der kürzlich abgebrochene Schönauer Hof hinter dem Münster. Eine Ergänzung der Einnahmen, welche die Zinsen des 1664 gegründeten fiscus bibliothecæ nebst den ihm zugewiesenen Inscriptions- und Examengebühren boten, bildeten die seit 1697 alljährlich eingesammelten Neujahrsgeschenke (strenæ). Der ebenfalls in die Einnahme der Bibliothek fliessende Miethzins des neben der Mücke gelegenen Reinacher Hofes fiel weg, als dieser nach Vollendung des Museumsbaues an den Staat abgetreten wurde. Einen erheblichen Zuwachs der ordentlichen Einnahmen brachte das Universitätsgesetz von 1855, welches festsetzte, dass jährlich 5000 Fr. aus Staatsmitteln an die akademischen Sammlungen vertheilt werden sollten. Der Bibliothek wurden hievon regelmässig 2000 Franken zugewiesen. Zu den strenæ traten im Laufe der Zeit mehr und mehr weitere freiwillige Gaben, Geschenke bei bestimmten Anlässen, Legate, regelmässige und ausserordentliche Beiträge der Akademischen Gesellschaft, des Museumsvereins u.s.w. (neuerdings auch der Ertrag der in der Aula von Universitätslehrern gehaltenen Abendvorlesungen).
Im Jahr 1849 wurde die Bibliothek in das neuerbaute Museum übertragen. Bei dieser Gelegenheit wurde die im Jahr 1822 ausgesonderte Bibliothek des naturwissenschaftlichen Museums wieder mit ihr vereinigt, dagegen das Münz- und Antiquitätenkabinet abgetrennt und unter die Aufsicht einer besonderen Kommission gestellt. Die Amtswohnung des Bibliothekars wurde in den südlichen Flügel des Museums verlegt.
In dem Bibliotheksreglement von 1837 ist von Gehilfen und Custoden die Rede. Schon 1837 erscheint als Custos Cand. theol. Karl Buxtorf (1858 Dr.phil. h.c.); neben ihm finden wir nacheinander verschiedene Gehilfen, die nach Maassgabe der ihnen zugewiesenen Arbeiten honoriert werden. Zu Anfang des Jahres 1856 erfolgte auf Antrag der Bibliothekskommission und unter Genehmigung der Curatel eine neue Regelung des Verhältnisses dieser untern Angestellten durch die Regenz, indem den Herren Buxtorf als Unterbibliothekar und Dr. Ed. Wölfflin als Bibliothekssekretär fixe Gehalte mit der Verpflichtung zu einer bestimmten Arbeitszeit zuerkannt wurden. Diese Gehalte wurden aus den Einnahmen der Bibliothek und einem Beitrage des fiscus legatorum der Universität bestritten. Auf Wölfflin folgten nacheinander die DDr. Wilh. Vischer, Theoph. Burckhardt, Karl Meyer.
Eine völlige Umgestaltung der Bibliotheksverhältnisse brachte das Universitätsgesetz von 1866. Das Bibliothekariat, das bis dahin als Nebenbeschäftigung einem ordentlichen Professor zugetheilt gewesen war, wurde in ein eigenes Amt umgewandelt. Der Bibliothekar, der andre Geschäfte nur mit besondrer Bewilligung des Erziehungskollegiums übernehmen darf, erhält aus Staatsmitteln eine Besoldung von Fr. 3000 (die nach dem Lehrerbesoldungsgesetz von 1875 bis auf 4000 erhöht werden kann); die Amtswohnung fällt weg. Er wird vom Erziehungskollegium auf den Vorschlag der Curatel, welche zuvor das Gutachten der Bibliothekskommission einzuholen hat, auf eine Amtsdauer von sechs Jahren gewählt. Die Bibliothekskommission ist ihm übergeordnet; er wohnt ihren Sitzungen, sofern es sich nicht um seine persönlichen Angelegenheiten handelt, mit berathender Stimme bei. Die nöthigen Unterbibliothekare werden auf seinen Vorschlag von der Bibliothekskommission ernannt und können jeweilen wieder entlassen werden. Für ihre Ausgaben ist die Bibliothek zunächst auf ihren Fiscus angewiesen, ausserdem erhält sie einen regelmässigen Staatsbeitrag von 2500 Franken und kann noch einen weitern aus den 2500 Franken erhalten, die der Kleine Rath jährlich auf Antrag des Erziehungskollegiums an die akademischen Anstalten vertheilt.
In Folge der Umgestaltung der Bibliothekarsstelle trat Professor Gerlach mit Neujahr 1867 zurück, sein Nachfolger wurde Dr. Wilh. Vischer. Die Geschäfte der beiden bisherigen Unterbeamten wurden Einem Unterbibliothekar mit erhöhter Besoldung übertragen, und es wurde als solcher Dr. Karl Meyer ernannt. Dr. Buxtorf wurde nach Herstellung aus schwerer Krankheit bei den Vorarbeiten zur Anlage eines neuen Kataloges verwandt und entsprechend honoriert; zu diesen Arbeiten wurden auch eine Anzahl Studenten herangezogen, theils gegen Genuss von Stipendien, deren die Regenz zwei an solche Hilfsarbeiter vergab, theils gegen das Recht einer erweiterten Benutzung der Bibliothek.
Wie schon früher die naturforschende Gesellschaft ihre Bibliothek der Universitätsbibliothek unter gewissen Bedingungen einverleibt hatte, so geschah dasselbe 1868 auch von Seiten der historischen und der antiquarischen Gesellschaft. Im Jahr 1879 wurde unter Vorbehalt des Eigenthumsrechtes der naturforschenden Gesellschaft die derselben von Dr. Jac. Melch. Ziegler geschenkte Kartensammlung, zu deren Fortführung sich ein eigener Verein bildete, der Universitätsbibliothek übergeben.
Im Jahr 1871 trat Bibliothekar Vischer zurück, an seine Stelle wurde Dr. Ludwig Sieber gewählt. Im Jahr 1874 verstand sich die Regenz dazu, an Stelle der Stipendien, die sie bisher an Hilfsarbeiter aus der Studentenschaft vergeben hatte, aus dem fiscus legatorum einen jährlichen Beitrag zur Besoldung eines zweiten Unterbeamten zu gewähren. Es konnten in Folge davon als Bibliothekssekretäre nacheinander angestellt werden die Doctoren Jul. Cornu, Jac. Wackernagel, Alb. Burckhardt, Ad. Baumgartner. Im Jahr 1876 wurde durch den Grossen Rath die Stelle eines Bibliotheksdieners errichtet, nachdem die Geschäfte eines solchen bisher dem Universitätspedellen obgelegen hatten.
Trotz diesen Verstärkungen des Personals wurde es bei der stets zunehmenden Benutzung der Anstalt immer schwieriger, die laufenden Geschäfte zu bewältigen, während die Arbeiten für die dringend nothwendige Neukatalogisierung ganz zurücktreten mussten. Als nun zu Anfang des Jahres 1883 Herr Altrathsherr Peter Merian verstarb, der seit vielen Jahrzehnten die Katalogisierung der naturwissenschaftlichen Werke in freiwilliger Weise besorgt hatte, war der Augenblick gekommen, die untern Beamtungen der Bibliothek ebenso umzugestalten, wie es 1866 mit der obersten geschehen war, so dass auch sie nicht eine Nebenbeschäftigung, sondern die Hauptbeschäftigung der damit Betrauten ausmachen sollten. Im September 1883 beschloss der Grosse Rath, dass dem Oberbibliothekar, wie er nun genannt wurde, aus Staatsmitteln ein in Bezug auf Wahlart und Besoldungsansatz gleichgestellter zweiter Bibliothekar solle beigegeben werden. Die Bibliothekskommission ihrerseits übernahm es, aus den Mitteln der Bibliothek eine dritte entsprechende Stelle zu errichten, deren Inhaber in erster Linie an der Herstellung eines neuen Kataloges zu arbeiten hätte. Sie konnte dies um so eher thun, als einerseits die Regenz sich bereit fand, den Beitrag, den sie bis dahin aus dem fiscus legatorum für die Anstellung eines Bibliothekssekretärs gegeben hatte, auch künftig verabfolgen zu lassen, andrerseits die Mittel der Bibliothek selbst in letzter Zeit einen erheblichen Zuwachs erhalten hatten durch ein Legat von 40,000 Franken, mit welchem sie von dem 1880 verstorbenen Herrn Wilh. Burckhardt-Forcart bedacht worden. Als zweiter Bibliothekar wurde der bisherige Unterbibliothekar Prof. Karl Meyer gewählt, als dritter Dr. Friedr. Thomæ aus Frankfurt a.M., der indessen kürzlich einem Rufe an die Universitätsbibliothek in Tübingen gefolgt ist.
Im Jahr 1833, zur Zeit der Auseinandersetzung mit der Landschaft, wurde die Bändezahl der Bibliothek, abgesehen von den etwa 4000 in 1500 Bänden enthaltenen Manuscripten, auf 44,000 geschätzt, im Jahr 1849, nach der Uebersiedlung ins Museum und nachdem die in obiger Schätzung nicht inbegriffene Bibliothek des naturwissenschaftlichen Museums dazu gekommen, auf 70,000. Im Jahr 1870 wurden gegen 100,000 Bände gezählt; jetzt, 1885, mögen es deren gegen 140,000 sein. Der Zuwachs, namentlich der letzten Jahrzehnte, beruht zu grossem Theil auf einer Anzahl mehr oder weniger bedeutender Schenkungen, theils von den Erben verstorbener Professoren, theils von andern Freunden der Anstalt herrührend. Wir verweisen bezüglich derselben auf die Notizen, die sich in den Verwaltungsberichten der Regierung finden, für die letzte Zeit auch auf die gedruckten Jahresberichte der Bibliothek. Der Schenkung der Bibliothek Wilh. Wackernagels durch dessen Erben im Jahr 1870 folgte die Errichtung einer Wackernagelstiftung, aus welcher der Bibliothek bisher alljährlich Fr. 250 zur Vervollständigung der in jener enthaltenen Litteratur zuflossen. Der Ergänzung andrer Zweige der Litteratur dienen ähnliche, kleinere Stiftungen. Der Tod des Herrn Peter Merian, der jährlich aus eigenen Mitteln namhafte Summen auf die Ergänzung der naturwissenschaftlichen Abtheilung verwendet hatte, gab Anlass zu einer Peter Merian-Stiftung, durch welche der entstehende Ausfall gedeckt werden sollte. Den 56,000 Franken, welche zu diesem Zwecke im Jahr 1883 gesammelt wurden, fügte die Familie des Verstorbenen noch weitere 10,000 bei.
Die Jahreseinnahme der Bibliothek betrug in den ersten Jahren nach der Reorganisation der Universität 4-5000 Franken jetziger Währung, im Jahr 1884 belief sie sich auf Fr. 19,166, eine freilich im Verhältnisse zu den heutigen Bedürfnissen immer noch bescheidene Summe.