Einmal machte sich sehr bald, speziell bei Anlass der Münsterrestauration im Anfange der fünfziger Jahre, das Bestreben geltend, neben der bisher vorwiegenden Berücksichtigung des römischen Alterthums auch mittelalterliche Kunstwerke in die Sammlung aufzunehmen. Die grosse Zahl und der Umfang der sich darbietenden Gegenstände machten es nöthig, einen besonderen Raum ausserhalb des Museums für sie zu schaffen. So entstand 1855-57 die mittelalterliche Sammlung im Conciliumssaal, die sich dann in kurzer Zeit aus einer Filiale der antiquarischen zu einer selbstständigen und ebenbürtigen Schwester derselben entwickelte. Die Erwerbungen der antiquarischen Sammlung dagegen blieben fortan der Hauptsache nach auf das vorchristliche Alterthum beschränkt.
Sodann wurde im weiteren Verlauf der fünfziger Jahre in der Kommission die Frage erörtert, ob es nicht am Platze sei, das Augenmerk auch auf die stets sich mehrenden Funde von Pfahlbauten zu richten, eine Frage, welche nach der Dietrich'schen Schenkung ähnlicher mexicanischer Alterthümer im Jahre 1857 kaum mehr anders als in bejahendem Sinne entschieden werden konnte. Während daher einerseits das Mittelalter und die Renaissance für die Zukunft ausgeschieden, bezw. einer besonderen Sammlung überlassen wurden, kam andrerseits zum griechisch-römischen Alterthum noch das prähistorische hinzu, und auch diesem hat der damalige Vorsteher eine geraume Zeit sein lebhaftes Interesse entgegengebracht. Erst nach seinem Tode ist zu Gunsten der anderen Abtheilungen, um die finanziellen Kräfte nicht gar zu sehr zu zersplittern, auf fernere Ankäufe solcher Gegenstände verzichtet worden.
Die Erwerbungen vertheilen sich daher auf mindestens fünf verschiedene Kategorien (griechisch-römische Alterthümer, Münzen, Gipsabgüsse, Pfahlbauten, Ethnographisches), und zwar in chronologischer Aufzählung wie folgt:
1851. Münzfund von Reichenstein (2599 römische Münzen von Gordian III. bis Carinus, darunter besonders viele des Probus).
1852. Ankauf der Horner-Müller'schen Vasen aus Unteritalien (44 Stück).
1855. Ankauf eines Theils der Fueter'schen Münzsammlung in Bern (257 Schweizermünzen).
1857. Schenkung des Herrn Dr. Dietrich von nordamerikanischen Steinalterthümern (ca. 1000 Stück Waffen und Werkzeuge verschiedener Art).
1858. Ankauf der Schmid'schen Sammlung von Augst (Münzen, Inschriften, architektonische Ueberreste, Bildwerke von Bronze, Stein und Terracotta, Waffen und Geräthe von Augusta Rauracorum, Gräberfunde von Kaiseraugst).
1859. Erste Ankäufe von Pfahlbautenalterthümern (aus Moosseedorf, Pfäffikon und Biel).
1862. Schenkung des Herrn Prof. Aeby von Steinwerkzeugen und Waffen aus Dänemark.