1555 stand das ganze Programm zum ersten Male auf 1555 der Tagesordnung des Reichstages, zugleich mit einer polnischen Nationalkirche. Dieser letzte Punkt, der auf nichts anderes abzielte als auf die Abschaffung des Zölibats, Reichung des Abendmahles in beiden Gestalten und Einführung der Volkssprache in die Liturgie, hätte eine Annäherung an die griechische Kirche bedeutet und sicherlich das Verhältnis der orthodoxen und der unierten Untertanen zu den Polen enger gestaltet. Das wäre im Interesse der Treuhaltung dieser Untertanen gegenüber den russischen Eroberungsgelüsten wünschenswert gewesen, aber der König kam zu keinem Entschluß. Er verschob die Frage von einem Reichstag zum anderen, bis der gelehrte Bischof von Ermland, Stanislaus Hosius, 1564 mit dem Apostolischen 1564 Nunzius Francesco Commendoni vom Tridentiner Konzil zurückkehrte. Aus des Nunzius Hand nahm der König feierlich die „Decreta Concilii Tridentini” entgegen und auf dem Reichstage von 1565 erklärt er gegenüber den nationalen 1565 Bestrebungen, daß er als Katholik leben und sterben wolle.
Im selben Jahre brachte Hosius die Jesuiten ins Land, zuerst nach seiner Residenz Braunsberg, die mit Eifer die Gegenreformation begannen. Die Protestanten vermochten infolge ihrer Zersplitterung — es waren 1548 1548 noch die böhmischen Brüder, aus Böhmen vertriebene, kirchlich wohlorganisierte Husiten, hinzugekommen, die große Verbreitung gewannen, ferner durch Francesco Stancar und durch Lelio Socino die Sekte der Antitrinitarier, auch Neuarianer oder Sozinianer genannt, die besonders in Klein-Rußland und Klein-Polen Anhang fanden — keinen eigentlichen Widerstand entgegenzusetzen. Erst 1570 kam 1570 es zwischen den Lutheranern, Calvinern und böhmischen Brüdern in Sandomir zu einer Einigung, als sogenanntes polnisches Bekenntnis.
Um zu den staatlichen Reformen zurückzukehren, so wurde am wirkungsvollsten noch die Güterexekution durchgeführt, durch den Exekutionsreichstag von 1562, obwohl an 1562 eine allgemeine Zurückgewinnung der zu Unrecht besessenen Güter nicht gedacht werden darf.
Mehrere Reichstage, zuletzt der von Petrikau 1567, beschäftigten sich mit der Exekution. Es wurde festgesetzt, daß drei Viertel der Einnahmen für die Hofhaltung und Verwaltung, ein Viertel für ein stehendes Heer, das sogenannte „Viertelsheer” (Kwarciane wojsko), verwendet werden sollten. Als man zu Ende war, hatte man zwar eine beträchtliche Anzahl von Magnatenbesitzungen verkleinert, also demokratisierend gewirkt, aber doch nicht so viel erreicht, daß ein nur irgend nennenswertes Heer unterhalten werden konnte. Das Viertel mußte daher späterhin verdoppelt werden. Von diesen Exekutionen her tritt auch das „Brot der verdienten Leute” (panis bene merentium) auf, Güter, die der König verdienten Männern gegen einen sehr niedrig bemessenen Zins zu lebenslänglicher Nutzung verlieh, wodurch der Wirtschaftsstand dieser Güter selbstverständlich nicht verbessert wurde.
1565 kam in Petrikau die kirchliche Gerichtsbarkeit an 1565 die Reihe. Man ließ sie zwar bestehen, entzog ihr aber die Unterstützung der weltlichen Gewalt, nachdem schon 1562 ein 1562 Toleranzedikt mit ähnlichen Bestimmungen ergangen war.
Die Reform des Heeres, der Verwaltung und Gerichtsbarkeit blieb unerledigt, da der Adel über das Fehlschlagen der kirchlichen Hoffnungen erbittert war. Dafür wurden aber, gleichfalls 1565, die wirtschaftlichen „Reformen” in Angriff genommen, indem nämlich die Städte zugunsten des Adels schwer geschädigt wurden. (Die Bauern waren zur Zufriedenheit der Szlachta bereits genügend „reformiert” worden!) Man gab nämlich die Ausfuhr von Rohstoffen und die Einfuhr von Fabrikaten frei, verbot aber die Ausfuhr der letzteren. Das war der letzte, vernichtende Schlag, der die Städte traf und der ihren Niedergang noch weiter beschleunigte. Denn man untergrub ihnen die Grundlage ihres Wohlstandes und ihrer Fähigkeit, all die Lasten zu tragen: Handel und Gewerbe. Ist es ein Zufall, daß gerade 1565 zu Neujahr der polnische Stadtschreiber von Kosten, das um 1400 noch völlig deutsch war, eintragen konnte: „Ad annum Dom. 1565 lingua Polonica feliciter incipit”? Der Weg vom Deutschen über das Lateinische zum Polnischen war in den Städten vollendet....
Der letzte Punkt des Reformprojektes, die engere Vereinigung der einzelnen Landesteile, fand seine Erledigung durch die berühmte „Union” von Lublin, 1569, die 1569 eigentlich gar keine Union mehr, sondern eine Einverleibung ist, und die auf Seiten der nichtpolnischen Kontrahenten gar nicht so freiwillig war, wie die Polen es darzustellen liebten.
Die Litauer waren zu dem Unionsreichstag — vier Reichstage hatten sich bereits vergeblich mit der Frage befaßt — in ablehnender Gesinnung gekommen. Der König, dem um des Kampfes gegen Moskau willen viel an der Einigung gelegen war, hatte bereits auf sein Erbrecht in Litauen verzichtet und den großfürstlichen Stuhl unter das Wahlrecht gestellt, um auch dieses formelle Hindernis aus dem Wege zu räumen. Aber die Litauer brachen die Verhandlungen ab und entfernten sich. Da beschloß man, die Union „in contumaciam” einzuführen, d. h. Litauen ungefragt einzuverleiben, nötigenfalls durch einen Krieg. Die Abgeordneten von Podlasie, Wolynien und Kijew hatten sich ohnehin mit den Nordlitauern nicht einverstanden erklärt und um Einverleibung in die Krone gebeten, die ihnen auch gewährt wurde. Sie behielten ihre Selbstverwaltung, das litauische Statut, Wahrung der ruthenischen Sprache und erhielten Gleichstellung des Adels, auch des orthodoxen, mit dem polnischen: „Die Freien mit den Freien, die Gleichen mit den Gleichen”, wie es hieß. Nun besannen sich auch die litauischen Magnaten, die ohnehin zu Hause den auf die demokratisch regierten Polen neidischen Kleinadel zu fürchten hatten. Am 1. Juli 1569 wurde die Union ausgerufen, unter Tränen der Abgeordneten, wie gemeldet wird. Auf polnischer Seite waren es Freudentränen, auf litauischer Tränen des Schmerzes und der Wut, denn der Vertrag bestimmte: 1. Polen und Litauen bilden einen, unteilbaren „Leichnam”, 2. sie haben einen gemeinsamen König, den sie auf einem gemeinsamen Wahlreichstage wählen und gemeinsam in Krakau krönen, 3. die Reichstage sind gemeinsam, 4. die Münze ist gemeinsam, 5. die Ansiedlung in allen Landesteilen steht frei, 6. Wolynien, Kijew und Podlasie gehören zu Polen. Der einzige Rest der alten Unabhängigkeit war, daß Litauen eigene Verwaltung, eigenes Finanzwesen und sein eigenes Heer behielt.
Schließlich wurde auch das widerstrebende Preußen unter ähnlichen Bedingungen in die Union aufgenommen. (Nur Danzig wußte sich 1570 eine eigene Konstitution zu erringen.) Livland sollte Polen und Litauen gemeinsam gehören. Als Ort der Reichstage wurde Warschau bestimmt, das infolgedessen auch Residenz des Königs wurde.
So war der Staat geeinigt. Die Schwäche, die man durch die Reformen beseitigen wollte, blieb allerdings bestehen, denn sie war nicht im Partikularismus der Länder, sondern in der Ohnmacht der Krone begründet. Diese zu heilen aber lag nicht in der Absicht der Szlachta.
Es konnte nicht ausbleiben, daß Polen auch in kultureller Beziehung im Zeitalter der Reformation und der staatlichen Reformversuche in eine lebhafte Bewegung geriet. Unter den beiden letzten Jagiellonen lebten die lateinischen Dichter Andreas Krzycki (Erzbischof von Gnesen aus dem deutschen Hause Kottwitz, † 1537), Clemens Janicki († 1543), Johannes Dantiscus († 1548), lebte der dem Protestantismus zugetane erste polnische Dichter Nikolaus Rej von Naglowic († 1569) und sein großer Nachfolger, der Posener Domherr Johann Kochanowski († 1584). Der Preuße Nikolaus Koppernigk, Domherr zu Frauenburg in Ermland († 1543), ließ sein unsterbliches Werk „De revolutionibus orbium terrestrium” erscheinen. (Als Pole wird er von polnischen Chauvinisten ganz mit Unrecht in Anspruch genommen.) Joseph Strauß († 1568), der Leibarzt Siegmund Augusts, leistete der Medizin durch seine Theorie über den Puls einen wichtigen Dienst. Matthias Miechowita († 1523), der objektiv berichtende Leibarzt Siegmunds, schrieb eine wichtige Chronik, die zensuriert und in entstellter Auflage nochmals herausgegeben wurde. Justus Ludovicus Decius († 1545), Bernhard Wapowski († 1535), Martin Bielski († 1575), der zuerst Geschichte polnisch schrieb, der Kanzler Martin Kromer († 1589) sind wichtige Quellen der Geschichtschreibung. Jakob Przyłuski († 1553) kommentierte das Recht und schrieb über die Reformpläne. Auch Simon Maricius Czystochlebski († nach 1569), Stanisław Orzechowski († 1566) und der schon erwähnte Friccius sind als sozialwissenschaftliche Schriftsteller zu nennen.