Unter Führung des Metropoliten Michael Rahoza von Kijew und des Fürsten Wassilij Ostrogski wurden 1595 1595 auf einer Synode zu Brześć Litewski die Unionsbedingungen vereinbart: Beibehaltung der Liturgie, des Ritus, der slawischen Kirchensprache, Einführung des gregorianischen Kalenders, Aufnahme der Bischöfe in den Senat. Die Bischöfe von Łuck und Wladimir wurden nach Rom geschickt, wo Klemens VIII. die Bedingungen annahm. Als aber eine neue Synode zu Brześć im nächsten Jahre den Anschluß vollziehen sollte, da hatte jesuitischer Eifer, der keine Sonderstellung wollte, und der Eigennutz und Hochmut der römischen Prälaten, die sich der Aufnahme der griechischen Bischöfe in den Senat widersetzten, alles verdorben. Es bildeten sich zwei Parteien, die sich gegenseitig bannten. Ein Teil nahm die Union an, der andere, mit Ostrogski und den Bischöfen von Lemberg und Przemyśl, verharrte im Schisma. Der Druck, ja die offene Feindseligkeit gegenüber den Schismatikern wurde so stark, daß die Kosaken, die schon zwischen 1592 und 1596 blutige, mühsam unterdrückte Aufstände verursacht hatten, sich wieder erhoben. Mit den in gleicher Weise, namentlich durch fanatisierte Schüler der Jesuitenkollegien verfolgten Dissidenten schlossen die Orthodoxen zum gemeinsamen Schutze ihrer Rechte und Freiheiten 1599 eine 1599 Konföderation zu Wilna. Zur übermäßigen Einschränkung der königlichen Gewalt, zur Knechtung der Bauern und Bedrückung der Städte trat hiermit der vierte Faktor, der Polens wirtschaftlichen und politischen Untergang beförderte.
Es konnte nicht ausbleiben, daß die Schweden einen ständig in der Ferne weilenden und dem Protestantismus abholden König nicht ertrugen. Unter seinem Onkel, dem Regenten Karl, Herzog von Sudermanland, wurde die königliche Partei zurückgedrängt. Die Polen weigerten sich, in diese Privatangelegenheiten des Königs einzugreifen. Erst als Siegmund einen schwedischen Einfall in Livland herbeizuführen wußte, entschlossen sie sich 1601 zum Kriege, der, nur durch Waffenstillstände unterbrochen, sechzig Jahre diese natürlichen Bundesgenossen in Anspruch nahm und Moskau Gelegenheit gab, von neuem zu erstarken. Der Herzog wurde 1604 als Karl IX. zum Könige gekrönt, und 1604 wenn ihn auch 1605 Chodkiewicz zu Kirchholm schlug und Livland wiedergewann, so hinderten innere Unruhen eine weitere Ausnutzung dieses Sieges.
Auch Aussichten, die sich in Rußland boten, wurden durch diese Unruhen in Frage gestellt.
In Rußland war nach des Zaren Feodor I. Tode 1598 1598 dessen Schwager, der Tatare Boris Godunow, auf den Thron gelangt, nachdem er schon vorher (1591) den rechtmäßigen Thronfolger, des Zaren Bruder Dmitrij Iwanowitsch, ermordet hatte. Seine starke Herrschaft verfeindete ihm die Bojaren, seine Begünstigung fremder Wissenschaften die Geistlichkeit, seine Beschränkung der Freizügigkeit die Bauern. Da tauchte 1603 am 1603 Hofe des Fürsten Adam Wiśniowiecki ein entlaufener Basilianermönch, Grischka Otrepjew, auf, der sich für den wunderbar geretteten Dmitrij Iwanowitsch ausgab. Dem König und den Jesuiten erschien er als geeignetes Werkzeug für russische Pläne. Sie heuchelten Glauben an seine Herkunft und gestatteten, daß er 1604 mit Unterstützung einiger Magnaten und der Kosaken 1604 in Rußland einbrach. Er siegte zunächst bei Nowgorod Sjewersk, wurde dann geschlagen, gelangte aber infolge des plötzlichen Todes Boris Godunows dennoch auf den Thron (1605). Der 1605 Betrüger mußte sich auf Polen stützen. Er heiratete Maryna Mniszech, die Tochter des Wojewoden von Sandomir, er konnte großen Nutzen bringen.
Da brach 1605 der Zebrzydowskische Aufstand aus, 1605 in dem sich die allgemeine Unzufriedenheit gegen Siegmund Luft machte. Bei Sandomir sammelten sich 100 000 Edelleute zu einer Konföderation. Sie wählten Janusz Radziwill zu ihrem Marschall, den Krakauer Kastellan Nikolaus Zebrzydowski zu ihrem Hetman, ganz wie bei einem Interregnum, und faßten ihre Beschwerden in 67 Artikel zusammen, die ebenso viele Anklagen auf Verletzung der bestehenden Verfassung waren. Der König sammelte seine Partei, namentlich viele Senatoren, in Wiślica und ließ 13 Gegenartikel aufsetzen, die den Konföderierten als Verhandlungsgrundlage vorgeschlagen wurden. Da man zu keinem Einvernehmen kam und die meisten Unzufriedenen sich verliefen, fiel der König mit 20 000 Mann über die zurückbleibenden 6000 her und besiegte sie mit leichter Mühe. Sie erklärten sich nun einverstanden, die Angelegenheit dem Reichstage von 1606 1606 vorzulegen. Als der Reichstag die Sandomirer Artikel verwarf, sammelten sich die Aufrührer von neuem, erlitten aber 1607 bei Radom eine entscheidende Niederlage, die 1607 den Aufstand beendigte und den König zum Herren der Situation machte.
Noch einmal bot sich die Gelegenheit, in Rußlands Geschicke einzugreifen, denn der falsche Dmitrij wurde schon 1606 getötet und der Fürst Wassilij Schujski wurde 1606 zum Zaren gewählt. Vor den falschen Prätendenten, die sich erhoben, vermochte Schujski sich nicht zu halten, zumal ein zweiter falscher Dmitrij wieder von den Polen unterstützt wurde. Schujski suchte Anschluß an Schweden, was Siegmund zum Anlaß nahm, selbst als Thronbewerber aufzutreten und Schujski den Krieg zu erklären. Wider den Rat des Hetmans Żółkiewski legte der König sich vor Smolensk fest, das von 1609–1611 seinen Angriffen widerstand, 1609 bis 1611 anstatt gleich das ganze Land in seine Gewalt zu bringen. Erst 1610, nach einem Siege über ein russisch-schwedisches Ersatzheer bei Kluschyn, gelangte Żółkiewski nach Moskau, wo die Bojaren sich zum Thronrat versammelt hatten und Schujski absetzten. Żółkiewski setzte die Wahl Władysławs, des Sohnes Siegmunds, durch. Władysław sollte sich verpflichten, die griechische Kirche und die Privilegien der Bojaren zu schützen, ihnen das Privileg „Neminem captivabimus” zu gewähren und mit Polen ein Bündnis zu schließen. Aber Siegmund, der den Jesuiten sicherer schien als sein Sohn, nahm die Krone für sich in Anspruch, gab der Bojarendeputation einen abschlägigen Bescheid, hielt die Belagerung von Smolensk aufrecht und berief Żółkiewski von Moskau ab.
Der Widerwille gegen Siegmunds Kandidatur und die Erbitterung über den Übermut der polnischen Besatzung in Moskau riefen jenen berühmten Aufstand hervor, der 1613 1613 Michael Feodorowitsch Romanow auf den Zarenthron brachte. Jetzt, wo es zu spät war, wurde Chodkiewicz, und obendrein mit zu geringer Truppenzahl gegen Moskau geschickt; er wurde geschlagen. Militärkonföderationen der auf ihren Sold wartenden Truppen legten die weitere Kriegsführung lahm. Erst 1617 wurde der Kampf wieder aufgenommen, 1617 diesmal für Władysław, der vorher auf Smolensk und eine Reihe russischer Gebiete zugunsten Polens hatte verzichten müssen. Die Kosaken unter Peter Konaszewicz stießen zu ihm. Aber nachdem ein Sturm auf Moskau gescheitert war, kam auf Wunsch des Königs und des Reichstages 1618 zu Deulino bei Moskau ein 16jähriger 1618 Waffenstillstand zustande, der Polen im Besitz von Smolensk, Nowgorod Sjewerskij, Dorogobush und Tschernigow beließ.
Beim nächsten Zusammenstoß war Rußland bereits wieder ein ebenbürtiger Gegner, das folgende Mal erwies es sich schon als überlegen und zwar endgültig. Was Stephan Báthory weitschauend angebahnt hatte, das war durch Siegmund kleinlich vertan.
Inzwischen war Karl IX. gestorben und sein großer Sohn Gustav Adolf hatte 1611 den Thron bestiegen. Er begann den Krieg gegen Polen von neuem (1617–1629), 1617 bis 1629 um Siegmund zur Thronentsagung in Schweden zu zwingen und seinen ewigen Umtrieben ein Ende zu machen. Er eroberte den größten Teil von Livland, dann Kurland und 1626 auch Polnisch-Preußen, bis auf Danzig und 1626 Thorn. Wieder weigerte sich der Reichstag, den königlichen Privatinteressen Opfer zu bringen, und erst als Wrangel die Polen bei Gorzno (in der Nähe von Strasburg) geschlagen hatte und Thorn bedrohte, bewilligte er Mittel. Nun wurden die gerade damals zur Entlassung gekommenen Wallensteinschen Söldner geworben, mit denen Stanisław Koniecpolski Gustav Adolf in der Nähe von Marienwerder schlug. Durch Vermittelung der Westmächte, die Gustav Adolf gegen den Kaiser verwenden wollten, kam ein sechsjähriger Waffenstillstand zu Altmark bei Stuhm zustande, kraft dessen der Schwede seine livländischen Eroberungen und die preußischen Seestädte behielt.