Ähnlich dem Entwicklungsgang der Plastik scheint auch auf dem Gebiete der Glasmalerei anfangs nichts oder wenigstens nicht viel geleistet worden zu sein. Kein einziges Stück Glasgemälde aus der Zeit des romanischen Baues ist erhalten. Erst seit dem Anfang des 14. Jahrhunderts, als die gotischen Seitenschiffe gebaut und im romanischen Querhaus die schmalen Fenster in breitere Maßwerkfenster umgewandelt wurden, läßt sich eine Glasmalerschule in noch erhaltenen Denkmälern nachweisen. Diese breitete sich weiter aus, als mit dem Neubau des Ostchores (1361–1379) wiederum Gelegenheit zur Anbringung von Glasgemälden gegeben wurde. Eine Reihe von Patrizierfamilien hatte die Schmückung der einzelnen Wandabteilungen übernommen, besonders diejenigen Familien, die ihre Grabgrüfte am Chor, sei es innerhalb, sei es außerhalb desselben, hatten. Über die Hälfte der Ostchorfenster sind Erzeugnisse dieser um 1380 tätigen Schule.
Von 1380 an trat eine Pause von über 100 Jahren ein. Die späteren Glasgemälde sind vereinzelte Stiftungen und hängen nicht mit einer baulichen Veränderung zusammen. In die Erzeugnisse dieser neuen von 1490 bis 1520 währenden Blütezeit teilen sich jetzt mehrere Kirchen; insbesondere St. Lorenz mit seinem eben vollendeten Chor hat die Hauptleistungen der ersten Zeit an sich genommen. Das Bambergische und das Volckamersche Fenster (datiert 1488) in St. Sebald repräsentieren die erste noch den spätgotischen Stilcharakter tragende Epoche des Aufschwungs. Wolfgang Katzheimer ist der Meister. Eine weitere Entwicklungsphase in der Geschichte der Glasmalerei Nürnbergs bezeichnen die drei Fenster des berühmten Veit Hirschvogel: das Maximilians-, Markgrafen- und Pfinzingsche Fenster mit ihren prächtigen Gestalten der Frührenaissance und mit ihrer den Dürerschen und Kulmbachschen Werken nahe verwandten Formensprache. Sie zählen unstreitig zu den kostbarsten Kunstwerken, die die Kirche birgt.
Einen Beleg für die Existenz und künstlerische Bedeutung der Nürnberger Glasmalerschule noch zu Beginn des 17. Jahrhunderts bildet das in seiner Architekturzeichnung an die Spätrenaissanceformen des Pellerhauses erinnernde Imhoffsche Fenster.
Die übrigen Fenster der Kirche sind meist nur mit Wappenschilden von Geschlechtern zum Andenken an verstorbene Angehörige geschmückt. Der Zweck der Stiftung deckte sich ungefähr mit dem bei den Totentafeln von Holz.
Westchor. Im ersten Fenster links Christus am Kreuz mit Maria und Johannes. Darunter die Schrift: „Für uns Er trug vnser Krankheit vnd lude auf sich unsere schmertzen. Esaiae am LIII Cap.“ Ferner Rundscheibe mit dem Allianzwappen der Stockamer und Groland.
Im zweiten Fenster im Maßwerk Wappen der Ayrer, unten zwei Allianzwappen der Stockamer und Dietherr. — Die Glasgemälde mit den Heiligen Jakobus und Bartholomäus und die beiden Rundscheiben mit Evangelistensymbolen wurden 1903 nach Entwürfen von Friedrich Wanderer von Zettler in München ausgeführt.
Im dritten Fenster St. Lorenz und St. Sebald sowie drei Löffelholzische Wappen, alles von Wanderer-Zettler, 1903.
Im vierten Fenster Wappen der Unterholzer(?) sowie zwei Allianzwappen der Dietherr. Dazu St. Johannes Ev. und St. Egidius sowie die Rundscheiben mit Evangelistensymbolen von Wanderer-Zettler, 1903.
Die Heiligen in dem 2., 3. und 4. Fenster stellen die Patrone der Nürnberger Kirchen dar und wurden von den freiherrlichen Familien der Kreß und Tucher (2. Fenster), Löffelholz (3. Fenster), Haller und Scheurl (4. Fenster) gestiftet.
Im fünften Fenster Wappen der Löffelholz und zwei Gammersfeldersche Allianzwappen.