Seit 1627 bis zur Unkenntlichkeit übermalt, wurden die Bilder bei der letzten Wiederherstellung der Kirche durch Konservator A. Mayer wieder instandgesetzt.
An der Wand hinter dem Petrusaltar aufgefunden gut erhaltene, künstlerisch wie kunsthistorisch gleich wertvolle Freskodarstellungen aus der Apostellegende (Abb. [106]), die dem Anfange des 15. Jahrhunderts angehören (siehe oben).
Das Gemälde wurde von der Wand abgezogen, auf eine Mörtelplatte übertragen und im Chorumgang an der Wand rechts vom Petrusaltar angebracht. Die Restaurierung des Bildes besorgte Kunstmaler Pfleiderer in München. Eine Photographie von dem Zustande vor der Restaurierung befindet sich in der Bausammlung.
Rechts von diesem Bilde die Reste eines Wandgemäldes mit der Kreuzschleppung. Links vom Eingang zur südlichen Sakristei und vermutlich mit Bezug auf die Volckamersche Matronenstatue zwei Stifterfiguren mit den Wappen der Behaim und Ortlieb auf gemustertem Hintergrunde, in Ölmalerei ausgeführt.
In der Kapelle neben dem Dreikönigsportal zeigt die Ostwand rechts einen Johannes Evangelista unter Architektur, links eine weibliche Heilige, von der jedoch nur noch der Oberkörper erhalten ist.
An der Hochwand über dem Trennungsbogen zum südlichen Seitenschiff zu beiden Seiten der Orgel reiches grünes Rankenornament, dazwischen musizierende Engel, aus der Zeit der Erbauung des alten Orgelgehäuses.
An verschiedenen Wänden und Pfeilern, zum Teil hinter Statuen, zum Teil hinter den Standorten ehemals vorhandener Statuen, gemalte Wandbehänge mit Granatapfel- und anderen Musterungen.
In der farbigen Behandlung der Wände und Gewölbe lassen sich drei verschiedene Arten feststellen. Eine noch romanische Polychromie zeigt der Löffelholzchor. Die Wände haben Steinton, die Gurten und Rippen sind in Quader geteilt, hauptsächlich in roter und grauer Farbe. Die Kappenflächen sind durch schwarze Linien so geteilt, daß ein Mauerwerk aus Steinen in Ziegelgröße vorgetäuscht wird. Die Schäfte der Zwergsäulchen sind schwarz getönt. Diese letztere Tönung ist auch im Mittelschiff noch sichtbar. Im übrigen haben aber hier und in dem Seitenschiffe wohl in der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts die Gurten und Rippen hauptsächlich in der Nähe der Schlußsteine farbige Linienornamente in abwechselnder Form und manchmal flammender Bewegung erhalten. Die Schlußsteine selbst sind polychrom und zum Teil vergoldet.
Diese Art der farbigen Behandlung scheint nach Fertigstellung des Ostchores auch für den letzteren vorbildlich gewesen zu sein. Schlußsteine und Rippen sind — es handelt sich hier um die dritte Art der Bemalung — ähnlich behandelt. Bei den Fenstern ist jedoch eine gemalte rote Steinumrahmung dazu getreten und auf den Kappen ist an den Rippen und Gurten eine schwarze Begleitlinie gezogen; auch die Kappenscheitel sind durch eine solche Linie betont.