In dieser Stimmung versprach sich Goethe viel von dem damals noch ungedruckten dritten Theil von Herders Ideen zu einer Geschichte der Philosophie der Menschheit. "Ich glaube selbst," schrieb Goethe, "daß die Humanität endlich siegen wird. Nur fürcht' ich, daß zu gleicher Zeit die Welt ein großes Hospital, und Einer des Andern humaner Krankenwärter seyn werde." Als ihn nun das sehnlich erwartete Buch begrüßte, schrieb er den 12. Oktober 1787 an Herder: "Den lebhaftesten Dank für die Ideen. Sie sind mir als das liebwertheste Evangelium gekommen. Die interessantesten Studien meines Lebens laufen da zusammen."
Lockerer ward nach Goethe's Rückkehr aus Italien das Band zwischen ihm und Herder. Was beide von einander trennte, war ihre verschiedenartige Stellung zu der Kantischen Philosophie, die damals ihren sich immer weiter ausbreitenden Einfluß geltend machte, und für die Wissenschaft, wie für Poesie und Kunst, ganz neue Principien aufstellte. Als Kant mit seiner "Kritik der reinen Vernunft" hervorgetreten war, erklärte sich Herder, obgleich er ein Schüler Kant's gewesen war, für einen seiner entschiedensten Gegner. Goethe aber, obgleich er für Philosophie im strengsten Sinne des Worts eigentlich kein Organ hatte, hielt sich doch zur Parthei derjenigen, die mit Kant behaupteten: wenn auch alle menschliche Erkenntniß mit der Erfahrung beginne, so entspränge sie darum doch nicht immer unbedingt aus der Erfahrung.
Während seines Aufenthalts in Rom hatte Goethe mit Moritz viel über Kunst und Kunsttheorie gesprochen. Immer hatte ihm eine feste Basis gefehlt. Diese glaubte er in einem spätern Werke Kant's, in der "Kritik der Urtheilskraft" zu finden. Daraus entsprang seine Vorliebe für dieß Buch und seine Abneigung gegen Herder, der es ihm zu verleiden suchte. Goethe glaubte diesen philosophischen Studien mannigfache Belehrung zu verdanken. Wenn er auch im Einzelnen nicht immer mit der Vorstellungsart und Ansichten Kant's übereinstimmen konnte, so schienen doch die Hauptideen in der "Kritik der Urtheilskraft" seiner Denk- und Empfindungsweise im Allgemeinen analog. Das innere Leben der Kunst, wie der Natur, ihr beiderseitiges Wirken von innen heraus schien ihm klar ausgesprochen in jenem Werke Kant's, das kurze Zeit jene andere Lectüre verdrängte. Seine innere Ueberzeugung mußte ihm jedoch bald sagen, daß er für abstracte Philosophie und ihre metaphysischen Träume nicht geschaffen sei.
Ein höheres Interesse gewann für Goethe, bald nach seiner Ankunft in Weimar, das frische Naturleben, besonders als seine Vorliebe für Botanik durch Batsch, Göttling u.a. ausgezeichnete Männer in der benachbarten Universitätsstadt Jena aufs Neue angeregt ward. Die Aufsicht über die dortigen wissenschaftlichen Anstalten, die Einrichtung und Anordnung der Museen, die Pflege des botanischen Gartens gaben ihm eine ebenso angenehme, als lehrreiche Beschäftigung. Die Betrachtung der Natur, verbunden mit dem Studium der Botanik, entschädigte ihn für den Mangel eines Kunstlebens, wie er es in Italien genossen hatte. Immer kehrte Goethe, auch wenn er sich eine Zeit lang daraus entfernte, wieder in dieß Gebiet zurück. Ihm blieb ein lebendiges Interesse, der Bildung und Umbildung organischer Naturen nachzuforschen. Die von ihm selbst in seiner "Metamorphose der Pflanzen" aufgestellte Theorie diente ihm dabei zum Wegweiser. Aber die Natur schien ihm zugleich synthetisch zu handeln, indem sie völlig fremdartig scheinende Verhältnisse einander näherte und sie zusammen in Eins verknüpfte.
Unter diesen Forschungen wandte sich Goethes Thätigkeit abwechselnd wieder zu anderweitigen Beschäftigungen. Sein poetisches Talent übte sich, nach der Vollendung der "Iphigenie" und des "Tasso" an dem Trauerspiel "Egmont." Merkwürdig war ihm der Umstand, daß nach den Zeitungen die von ihm geschilderten Scenen sich in Brüssel fast wörtlich erneuert hatten. Noch vor dem Ausbruch der französischen Revolution hatte die berüchtigte Halsbandgeschichte, während seines Aufenthalts in Italien einen tiefen Eindruck auf ihn gemacht. Er hatte die über jenen Vorfall erschienenen Proceßacten mit Aufmerksamkeit gelesen. Die in Sicilien von ihm gesammelten "Nachrichten über Cagliostro und seine Familie" benutzte Goethe zu seinem Lustspiel: "Der Großcophta." Nach einzelnen, von dem Capellmeister Reichardt componirten Liedern zu schließen, hätte sich jener Stoff vielleicht noch besser zu einer Oper geeignet. Goethe versuchte sich indeß auch in der eben genannten Gattung der Poesie. Unvollendet blieb jedoch sein Singspiel: "die ungleichen Hausgenossen." Nachklänge seines Aufenthalts in Italien waren die "römischen Elegien" und die "venetianischen Epigramme." Sie wurden jedoch erst gedichtet nach einem abermaligen längern Aufenthalt Goethe's in Rom und Venedig (1790) im Gefolge der Herzogin Amalie von Sachsen-Weimar.
Kaum wieder aus Italien zurückgekehrt, begleitete Goethe den Herzog von Weimar nach Schlesien, wo die preußischen und österreichischen Gesandten sich auf dem Congreß zu Reichenbach versammelten. In Breslau, mitten unter der allgemeinen Bewegung, welche die Truppenmärsche und Manöver der verschiedenen Regimenter veranlaßten, ward Goethe wieder von der alten Lieblingsidee ergriffen, sich völlig zu isoliren, und mit Naturstudien, besonders aber mit der vergleichenden Anatomie sich zu beschäftigen. Zur festen Ueberzeugung ward ihm die Idee, daß ein allgemeiner, durch Metamorphose erzeugter Typus durch die sämmtlichen organischen Geschöpfe hindurchgehe und in allen seinen Abstufungen sich beobachten lasse. In mehreren, zum Theil ungedruckt gebliebenen Abhandlungen zergliederte Goethe dieß Thema. Er fand jedoch bald, daß die Aufgabe zu groß war, um genügend gelöst zu werden. Auf andere wissenschaftliche Gegenstände lenkte sich daher, als er wieder nach Weimar zurückgekehrt war, Goethe's Thätigkeit. Eine geräumige dunkle Kammer in seinem freigelegnen Wohnhause mit dem daran stoßenden Garten begünstigte seine chromatischen Untersuchungen, die damals ein lebhaftes Interesse für ihn gewonnen hatten. Zu einem besondern Gegenstande seiner Aufmerksamkeit machte er die prismatischen Erscheinungen. Die Resultate seiner Forschungen veröffentlichte Goethe in seinen "optischen Beiträgen," von denen 1791 das erste Stück erschien.
Seinem Dichtergenius und der Liebe zur dramatischen Poesie ward er wieder zurückgegeben, als er um diese Zeit die Leitung des Weimarischen Hoftheaters übernahm. Diese Bühne hatte sich aus den in Weimar zurückgebliebenen Mitgliedern der Bellomo'schen Schauspielertruppe gebildet, welche seit 1784 nicht ohne Beifall in der genannten Residenz gespielt hatte. Die unermüdliche Thätigkeit des Concertmeisters Cranz verschaffte besonders den italienischen und französischen Opern, welche Vulpius für das Theater bearbeitete, dort längere Zeit Aufnahme und Beifall. Beschäftigung und Unterhaltung zugleich fand Goethe, der die Leitung des Ganzen übernommen hatte, in den mannigfachen Versuchen, das Talent der Schauspieler zu wecken, und ihrem Spiel, wie der technischen Einrichtung der Bühne, eine immer höhere Vollkommenheit zu geben. In diesen Bemühungen unterstützte ihn besonders Einsiedel, der, mit gleicher Vorliebe für die Oper, im Gefolge der Herzogin Amalie aus Italien nach Weimar zurückgekehrt war. In diesem heitern Lebenskreise erhielt Goethe's Geist eine ernstere Richtung durch den Blick auf die damaligen Zeitereignisse nach dem Ausbruch der französischen Revolution. In den "Unterhaltungen deutscher Ausgewanderten," in den Lustspielen "der Bürgergeneral" und "die Aufgeregten", von denen das zuletzt genannte Stück unvollendet blieb, beschäftigte sich Goethe's Phantasie, einzelne Scenen des damaligen Kriegstheaters darzustellen, das er bald aus eigner Anschauung kennen lernen sollte. Es war um diese Zeit, als er den Herzog von Weimar auf dem Feldzuge in die Champagne begleitete. Ueber Frankfurt, Mainz, Trier und Luxemburg begab sich Goethe 1792 nach Longwi, welches er den 26. August schon eingenommen fand, von da nach Valmy und von Trier die Mosel hinab nach Coblenz.
Auch in diesem vielfach bewegten und zerstreuten Leben verlor Goethe seine wissenschaftlichen Forschungen nicht völlig aus den Augen. Manche Naturbeobachtungen und die fortgesetzte Beschäftigung mit seinen chromatischen Arbeiten lenkten seinen Blick von den Kriegsereignissen hinweg. Der Entwurf zu einer allgemeinen "Farbenlehre" fiel in diese Zeit. Aber auch Goethe's Dichtertalent regte sich wieder auf mannigfache Weise, unter andern in einer freien Umarbeitung des altdeutschen Gedichts "Reinecke Fuchs," für welches er statt der Jamben Hexameter wählte, um sich in diesem, ihm noch wenig geläufigen Versmaß auch einmal zu versuchen.
In dem allgemeinen Kriegstumult, der ihn umgab, als er der Belagerung von Mainz beiwohnte, ward Goethe an die ruhigen bürgerlichen Verhältnisse seiner Vaterstadt Frankfurt erinnert durch einen Brief seiner Mutter, die ihm Aussichten eröffnete zu einer durch den Tod seines Oheims Textor erledigten Rathsherrnstelle. Viel Lockendes hatte die Aussicht für ihn, in seiner Vaterstadt rasch empor zu steigen von einer Ehrenstufe zur andern, und auf die reichsstädtische Verfassung Frankfurts einen bedeutenden Einfluß zu gewinnen. Aber das unumschränkte Vertrauen, das der Herzog von Weimar in ihn gesetzt, die mannigfachen Beweise der Huld seines Fürsten und ein nicht zu unterdrückendes Gefühl der Dankbarkeit waren für ihn mehr als hinreichend, jenen Antrag abzulehnen. Auch täuschte er sich wohl nicht, wenn er den neuen Wirkungskreis, in den er treten sollte, weder seinen Fähigkeiten, noch seinen Neigungen angemessen hielt.
Genußreiche Tage verlebte Goethe damals mit seinem Jugendfreunde Jacobi in Pempelfort, wo ihn eine geräumige und geschmackvoll decorirte Wohnung mit einem daran stoßenden Garten empfing. Der Tag ward meistens in der freien Natur zugebracht. Die Abende waren größtentheils der geselligen Unterhaltung über die neusten Erscheinungen im Gebiet der schönen Literatur gewidmet. Auch hier erlebte Goethe ein ähnliches Schicksal, wie bei der ersten Mittheilung des Manuscripts seiner "Iphigenie". Seine Freunde konnten sich nicht sogleich finden in den Ton und Charakter seiner neusten poetischen Producte, ungeachtet er in denselben doch mit seinem Lebensgange immer gleichen Schritt gehalten zu haben glaubte. Das Verhältniß zu seinen Freunden ward dadurch nicht gestört. Er schied von ihnen mit den wohlthuenden Eindrücken, welche die Betrachtung der Gemäldegallerie in dem benachbarten Düsseldorf auf ihn gemacht hatte.