Dem Kardinal Heinrich, Bischof von Albano, der 1180 von Innocenz III. (1198–1216) gegen die Albigenser in Südfrankreich geschickt wurde, gebührt der Ruhm, den ersten Kreuzzug von Christen gegen Christen gepredigt zu haben. Er hatte glänzenden Erfolg. Ein auf päpstlicher Seite stehender Augenzeuge schreibt, daß er „ein weit und breit verwüstetes Land, zerstörte Dörfer und Städte, ein Bild des Todes“ hinterließ.
Papst Innocenz III. forderte mit glühenden Worten zur Vertilgung der „Gottlosen“ auf. Unter Berufung auf des Apostels Paulus (!) Worte „Dieweil ich tückisch war, habe ich euch mit Hinterlist gefangen“, mahnt der Statthalter Christi in einem Schreiben an seine Legaten, den Grafen von Toulouse, die Hauptstütze der „Ketzer“, schlau zu täuschen, als ob man es nicht so sehr auf ihn abgesehen habe. Dadurch werde verhindert, daß der Graf sich mit den Streitkräften der übrigen Ketzer vereinige. Es sei dann leichter, ihn später, nach Niederwerfung der übrigen, allein zu besiegen.
Dieser Kreuzzug führte 1209 im Juli und August zur Eroberung von Beziers und Carcassonne. Da man nicht wußte, welche von den Bewohnern Beziers ketzerisch, welche rechtgläubig waren, ließ der päpstliche Legat mit den von echt christlicher Milde zeugenden Worten „Tötet sie alle, Gott wird die Seinen zu erkennen wissen“, alle hinschlachten. Es waren ihrer zwanzigtausend, Männer, Frauen und Kinder! In der einen Kirche Maria Magdalena mordete man 7000 Menschen, die sich dorthin geflüchtet hatten. In Carcassonne wurden zu gleicher Zeit 400 Ketzer verbrannt und 50 gehängt. Triumphierend berichtete der Legat dies dem Papst: die göttliche Rache habe die Ketzer wunderbar vernichtet.
Im weiteren Verlaufe dieses Kreuzzuges, der so glänzend die zivilisatorische Macht der Kirche dokumentiert, wurden 1211 in Lavour über 100 Ketzer mit Feuer und Schwert gemordet. Und zwar vollzogen die päpstlichen Scharen dieses Blutbad, laut Berichten „mit ungeheuerer Freude“. Am 20. Februar 1213 richteten zahlreiche zu Lavour versammelte Bischöfe an Innocenz folgendes Schreiben: „Wir bitten Euere Gütigkeit mit gebührender Ehrfurcht, kniend und unter Tränen (die bekanntlich im frühen Mittelalter nie fehlen durften), daß Ihr, gemäß dem Eifer des Phineas, den Ihr besitzt, diese schlechteste Stadt (Toulouse) mit all ihren Verbrechern, mit all ihrer Unreinheit und ihrem Schmutz, der sich angesammelt hat in dem aufgeschwollenen Leibe dieser giftigen Schlange, die in ihrer Bosheit nicht geringer ist als Sodoma und Gomorrha, von Grund aus der gebührenden Vernichtung anheimfallen zu lassen“. Papst Innocenz entsprach diesen frommen Bitten. Man unterzog sich dem Liebeswerk mit solchem Eifer, „daß nicht nur offenbare Ketzer, sondern wer immer verdächtig erschien, dem Scheiterhaufen überliefert wurde“.
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Als unter Papst Honorius III. die Stadt Marmande gestürmt wurde, fielen dem Rat der Bischöfe, alle Einwohner zu töten, 5000 Männer, Frauen und Kinder, zum Opfer. Der Kardinal Bertrand wiederholte in seinen Predigten beständig, daß „Tod und Schwert die ständigen Begleiter des Kreuzheeres sein müßten; alles Leben müßte vertilgt werden.“
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Der päpstliche Vernichtungskrieg gegen die Albigenser dauerte noch bis zum Ende des 13. Jahrhunderts mit glänzendem Erfolge: Südfrankreich, die Heimat der Troubadours und feinen ritterlichen Sitten, war zur Wüstenei geworden, der heimische Adel verdrängt, die geistige Führung endgültig an den Norden abgetreten. Es herrschte Ruhe, Grabesfrieden[75].
Den Waldensern ging es nicht viel besser. Innocenz IV. forderte durch eine Bulle vom Jahre 1248 in der Bourgogne auf. „Die Inquisitoren verfolgten die Waldenser und verbrannten, wen sie auffinden konnten.“