Durch ihre zootomischen Leistungen zeichnen sich abgesehen von den obengenannten Mechanisten aus die Bartholine, die die Anatomie auf allen Gebieten gleichmäßig bereicherten: N. Steno durch anatomische Untersuchungen über die Fische, N. Grew durch die vergleichende Anatomie der Verdauungsorgane. Caldesis Anatomie der Schildkröte (1687) so gut wie Redis Untersuchungen über die Viper (1664) und Lorenzinis (1678) über den Zitterrochen verraten einen mächtigen Fortschritt der Zootomie. Zu den bedeutendsten Leistungen auf diesem Gebiet gehören auch die Arbeiten von Thomas Willis (1622-1675). In seinen Hauptschriften (Cerebri anatome 1666 und De anima brutorum 1674) hat er nicht nur zuerst in ausgiebigerem Maße die vergleichende Anatomie des Nervensystems gepflegt. (Den Namen Anatomia comparata hat er in Abänderung des von Baco ihm ursprünglich beigelegten Sinnes für die Morphologie eingeführt.) Er will mit dieser Methode nicht nur die Funktionen ergründen, sondern auch die tierische Psychologie pflegen. Dabei entging ihm die Verschiedenheit der psychischen Begabung der Tiere nicht; aber im Zeichen Harveys stehend, teilt er nach den Respirationsorganen ein: Insekten, Fische, Vögel, Vierfüßer, Mensch. Seine Beschreibungen (Regenwurm, Krebs, Auster) und Vergleichungen gehören zu den methodisch bestdurchgeführten, ganz abgesehen davon, daß er den ersten großen Schritt in der Neurologie über Galen hinaus getan hat. In diese Phalanx nordischer Anatomen reiht sich auch Olaf Rudbeck ein, der an der Seite der Bartholine den neuen Anschauungen über die Zirkulation Geltung erkämpfte. Auch seien die zootomischen Studien an der neugegründeten Akademie in Paris namentlich von J. G. Duverney (Abhandlungen 1676 und 1732 erschienen) nicht vergessen, ebenso die Anatomien von E. Tyson (Beuteltier, Delphin, Schimpanse), deren letztere 1699 kulturhistorische Bedeutung erlangte. So ist denn dieser Zeitraum geradezu eine Blütezeit der Zootomie zu nennen, und demgemäß fehlte es in ihm auch nicht an zusammenfassenden Darstellungen. Eine solche, die wesentlich in einer Kompilation der voraufgehenden Zootomen bestand, gab G. Blasius (Anatome animalium, Amsterdam 1681). Umfangreicher und in eingehendstem Zusammenhange mit der menschlichen behandelte S. Collins (1685) die tierische Anatomie. Als drittes Sammelwerk ist endlich das viel jüngere Amphitheatrum zootomicum von B. Valentini (1720) schon an dieser Stelle aufzuführen.
Als ein Resultat gesteigerter Kritik infolge der Zootomie darf wohl auch betrachtet werden, daß man begann, Fossilien mit lebenden Organismen zu vergleichen. Der obengenannte Steno erklärte die Glossopetren (1669) für versteinerte Zähne von Haifischen und sah auch in den fossilen Resten von Muscheln und Schnecken Überbleibsel einstiger Faunen, aber nicht mehr „Naturspiele“ oder Niederschläge des gesteinbildenden Saftes der Erde. Lebhafte Unterstützung fand er darin von A. Scilla 1670. Namentlich waren es Engländer, worunter besonders J. Woodward, die um die Wende des Jahrhunderts für eine vernünftige Auffassung der Fossilien eintraten.
Wie oben erwähnt, verfolgen die Mikroskopiker von allen Zootomen den selbständigsten und eigenartigsten Weg. Auch ihre Leistungen fallen der Hauptsache nach ins letzte Drittel des 17. Jahrhunderts. Allen voran leuchtet das Dreigestirn M. Malpighi (1628-1694, Bologna), J. Swammerdam (1637-1680, Leiden) und A. van Leeuwenhoeck (1632-1723, Delft). Malpighi (Opera omnia 1687) war einer der ersten, die es verstanden, zootomische Studien zu einer selbständigen, nicht von der medizinischen Praxis abhängigen Beschäftigung zu erheben. Insbesondere wandte er sich dem Studium menschlicher und tierischer Gewebe zu. Die Entdeckung des Baues vieler Drüsen führte ihn dazu, die Allgemeinheit drüsiger Struktur zu überschätzen, z. B. auch dem Gehirn drüsigen Bau zuzuschreiben. Von großer Bedeutung wurde für die Zoologie seine Monographie des Seidenwurms, da sie die erste anatomische und embryologische eines Insektes war. Die eingehende Schilderung der Tracheen der Insekten ist sein Verdienst. Dann aber wandte er auch zuerst das Mikroskop auf die Entwicklungsgeschichte, speziell des Hühnchens an. Obschon Malpighi vielfach auch die Injektionstechnik zu Hilfe nahm, so wurde er in der Ausführung derselben von Ruysch (1638-1731, Haag) übertroffen, der durch den Verkauf geschickt injizierter und sorgfältig präparierter Sammlungen viel zur Verbreitung feinerer anatomischer Technik beitrug. Ihm auch gelang es zuerst, die Klappen in den Lymphgefäßen nachzuweisen (1665). Eine höchst sonderbare Persönlichkeit, das Vorbild aller derer, die in der Hingabe an die Welt des Mikroskopischen zu allen Zeiten Glück und Erlösung von irdischen Mühsalen suchten, ist J. Swammerdam. Seine Biographie, die Boerhave dem erst nach Swammerdams Tode erschienenen Hauptwerke (Bybel der Nature, Leiden 1737) voraussetzte, verrät ein Leben voll Schwärmerei, Polemik und Enttäuschungen. Er arbeitete mit dem subtilsten Rüstzeug an selbstverfertigten Instrumenten und stellte das Gesehene in wunderbar künstlerischer, auch heute noch mustergültiger Weise dar. Die Zergliederungen von Mollusken (Sepia und Helix) blieben bis auf Cuvier unübertroffen. Mit besonderer Liebe und Andacht sind die Insekten nach Bau und Entwicklung dargestellt, deren Unterscheidung nach dem Grade der Vollkommenheit ihrer Entwicklung von ihm herrührt. Erfahrung durch Beobachtung und Experiment sind auch ihm die Grundlage seiner unvergänglichen Arbeit, doch durchzieht sie ein mystischer Faden, der, an die obengeschilderte biblische Zoologie anknüpfend, ihn sein letztes Genügen in der Bewunderung von Gottes Güte und in der Versenkung in sie suchen läßt. Die Zeugungs- und Entwicklungsgeschichte hat Swammerdam namentlich durch seine Studien über das Urogenitalsystem der Frösche und seine Befruchtungsexperimente an Amphibien gefördert.
Eine Parallele zu ihm bildet A. v. Leeuwenhoeck, der, zum Kaufmann bestimmt, sich der Liebhaberei, starkvergrößernde Linsen herzustellen, hingab und nun, ohne besonderen Plan, als Dilettant mikroskopische Studien betrieb. Trotz seiner mangelhaften Vorbildung ist die Zahl seiner Entdeckungen nicht unbedeutend; so sah er die Blutkörperchen, den Kapillarkreislauf des Froschlarvenschwanzes, die Querstreifung des Muskels u. a. m. Unter seiner Leitung arbeitete der Student Ludwig von Ham, der 1677 die Samentierchen (Spermatozoen) entdeckte, in denen nun Leeuwenhoeck den wesentlichen Bestandteil bei der Befruchtung zu erkennen glaubte, womit er zum Haupt der sog. Schule der Animalkulisten wurde. Von größter Wichtigkeit für die Zoologie wurde die Entdeckung der Protozoen durch ihn, die von nun an ein Lieblingsobjekt der mikroskopierenden Dilettanten waren.
Durch all diese Untersuchungen und Entdeckungen war eine Basis gegeben, auf der für die alten Probleme von der Zeugung und Vererbung neue und, wie man glaubte, abschließende Tatsachen gediehen. G. Needham schrieb 1667 seine berühmte Schrift über die Entstehung des Fötus, worin er besondere Sorgfalt den Eihäuten zuwandte. Redi erbrachte 1668 den Beweis auf experimentellem Wege dafür, daß die Tiere nicht aus den Stoffen, worin sie leben, entstünden, sondern, wie Harvey behauptet hatte, nur aus Eiern. Daraus erwuchsen wiederum die größten Schwierigkeiten, die Übereinstimmung mit der unantastbaren biblischen Tradition herzustellen. Was Wunder, wenn Malebranche (1688) auf den Gedanken der Präformation, der Vorbildung des fertigen Wesens im Keime, verfiel, der nun für die Folgezeit zur Herrschaft gelangte?
Mit alledem hatte die Zootomie ihre Grenzen ausgedehnt, Wirbellose und die Entwicklung aufs neue in den Kreis ihrer durch zweckmäßige Instrumente unterstützten Tätigkeit gezogen und war zu ungeahnter Breite ausgewachsen. Nebenher ging die Erweiterung des Tierbestandes im Sinne der Beschreiber des 16. Jahrhunderts durch Reisende oder Forscher, die sich die Fauna ihrer Heimat zum Vorwurf nahmen.
B. Periode der Systematik.
1. Praktische und theoretische Organisation der Zoologie.
Mit der Würdigung der Objekte, über die man schrieb und lehrte, stellte sich früh schon das Bedürfnis ein, Sammlungen anzulegen. Hierin gingen den Zoologen die Botaniker voran, da sie es mit leichter zu konservierenden Objekten zu tun hatten. Clusius von Arras und Aldrovandi werden als erste zoologische Sammler aufgeführt; jedenfalls nahm im 17. Jahrhundert die Lust zum Sammeln zu und in allen Kuriositätenkabinetten fanden sich neben allen anderen Gegenständen auch zoologische ein. Befördert wurde das Sammeln durch den Zusammenschluß der Gelehrten zu Gesellschaften und Akademien, die der Pflege der Sammlungen besonders oblagen. Vielfach wurden von diesen Sammlungen ausführliche und illustrierte Kataloge publiziert, so von der des Collegium Romanum 1678 und der Royal Society von London 1681; doch lag die Konservierungskunst noch zu sehr im argen, als daß der Wissenschaft bleibender Gewinn aus diesen Versuchen erwachsen wäre.
Gelehrte Gesellschaften entstanden zuerst in Italien, aber auch in Deutschland, wo einige Ärzte 1651 sich zuerst zu der später (1677) privilegierten Academia Naturae Curiosorum zusammentaten, um sich mit Naturgeschichte zu beschäftigen, und in England, wo seit 1645 die Anfänge der Royal Society existierten. In dieselbe Zeit fällt die Gründung der Académie des Sciences in Paris, die die hervorragendste Zentrale gerade für zootomische Publikationen wurde. Diesem Vorbilde der großen Kulturzentren folgten alle bedeutenderen Städte, in denen Wissenschaft gepflegt wurde. Sie hatten den Vorzug, daß sie den Gelehrten teure Materialien zugänglich machten, wozu auch die Gründung von Menagerien, besonders des Jardin du roy unter Ludwig XIII., beitrugen.