Am 30. September 1758 starb Winckelmanns Patron, der Kardinal Archinto. Fast gleichzeitig mit dieser Nachricht erhielt Winckelmann den Antrag, als Bibliothekar in den Dienst des Kardinals Albani zu treten; eigentlich sollte er sie in Ordnung bringen, aber er hatte keinen Augenblick Zeit dazu. »Meine Beschäftigung mit der Bibliothek Clemens XI. besteht in deren Gebrauch.« Der Gehalt entsprach der Mühe, zehn Scudi monatlich und gelegentlich ein Geschenk, daneben aber hatte er freie Wohnung im Palazzo Albani alle quattro fontane. Er bewohnte vier kleine Zimmer, die er selbst möbliert hatte. »Der Palast, wo ich wohne, ist in dem schönsten Ort von Rom, und meine Zimmer haben die schönste Aussicht in Gärten, in alte Trümmer, über Rom hin bis auf die Landhäuser von Frascati und Castel Gandolfo.« Er hoffte auch, daß hier der beständige Sitz seiner Ruhe sein werde und daß er selbst nach dem Tode des Herrn bleiben könne. Es blieb der Sitz seiner Ruhe nicht bis zu des Herrn, aber bis zu seinem eigenen Tode.
Mit dem Eintritt in das Albanische Haus »beginnt für Winckelmann die schönste Zeit seines Lebens: eine Zeit der Entschädigung; Jahre, wo es dem Menschen selbst scheint, daß sie früheres Leiden aufwiegen, ja daß man dies billiger Weise als vorausbezahlten Preis für eine so herrliche, wenn auch kürzere Lebenshälfte übernehmen mußte. Denn im Glück wird das frühere Elend unverständlich, ein unwirklicher Schatten.«
Alessandro Albani war der weltlichen Laufbahn bestimmt und Oberst eines päpstlichen Dragonerregiments gewesen. Nach seines Vaters Tode folgte er dem Wunsche seines Oheims Clemens XI. und wurde Abate, später Nuntius in Wien und 1721 Kardinal. Allein inneren Beruf zum geistlichen Stande hatte er nicht und die Priesterweihe hatte er nie empfangen. Er war kein Gelehrter, aber ein Kenner und begeisterter Verehrer des Altertums und ein Sammler in großem Stil. Von Jugend an hat er gesammelt, schon 1728 verkaufte er in Geldbedrängnis zweiunddreißig gute Antiken an den Kurfürsten von Sachsen und bald darauf seine ganz bedeutende Sammlung an den Papst, sie bildete den Anfang des capitolinischen Museums. Aber schon nach wenigen Jahren begann er von neuem zu sammeln und bald war die zweite Sammlung größer als die erste. Nun faßte er den Gedanken, seinen Antiken einen Ort und eine Umgebung zu schaffen, die mit ihnen auf gleicher Höhe stünde, so entstand die Villa Albani vor Porta Salara (seit 1746) mit ihren herrlichen ausgedehnten Gartenanlagen, bis vor wenigen Jahren eine der schönsten unter den römischen Villen. Noch war sie unvollendet als Winckelmann in den Dienst des Kardinals trat, der Plan wurde stets erweitert, so entstand der größte Teil unter Winckelmanns Augen, ja mehr oder weniger unter seiner Mitwirkung. »Es sollte scheinen, er baue für mich, er kaufe Statuen für mich; denn es geschieht nichts, was ich nicht billige.« Was mochte er sich mehr wünschen. Und doch war ihm noch mehr beschieden, der Kardinal war ihm nicht nur ein Herr, sondern bald ein vertrauter Freund. »Wir sind«, schreibt er schon am 24. Juli 1759, »so vertraute Freunde zusammen, daß ich des Morgens auf seinem Bette sitze, um mit ihm zu plaudern.... Ihm offenbare ich die geheimsten Winkel meines Herzens, und genieße von seiner Seite eben diese Vertraulichkeit.« Die Zuneigung des Kardinals war zeitraubend, Winckelmann wurde mehr als früher in die römische Gesellschaft gezogen, wohl war der Kardinal nicht mehr jung und fast erblindet, aber auch jetzt noch pflegte er die Gesellschaft zu empfangen und zu besuchen, und der Aufenthalt in der Stadt wurde durch Villeggiaturen in den Albaner Bergen und am Seegestade unterbrochen.
In der regen Bauthätigkeit und im Eifer des Sammelns nahmen Winckelmanns Studien über die antike Kunst ihren Fortgang; 1761 erschienen in Dresden die Anmerkungen über die Baukunst der Alten. Zweierlei Bestandteile liegen in dieser Schrift beisammen: die auf Bibliotheken, Reisen, im Verkehr gesammelten »seltenen Anmerkungen« und dann die Aesthetik der Baukunst. Ersteres sind literarische Beiträge zur Geschichte der Baukunst. Weil er zu wenig von griechischer Architektur gesehen hatte sah er davon ab, sie in der Kunstgeschichte zu behandeln und gab hier Einzelnes ohne systematischen Zusammenhang. Die Aesthetik aber ist mehr ein gegen den Barock gerichtetes, aus seiner Auffassung der griechischen Architektur abgeleitetes künstlerisches Glaubensbekenntnis, als eine streng wissenschaftliche Untersuchung, wie ja das Spekulative niemals Winckelmanns Sache war. Aus der Stimmung der Zeit hervorgegangen hat sie auf diese zurückgewirkt, für uns hat sie nur noch historisches Interesse, denn unsere Auffassung vom Wesen der Baukunst ist eine ganz andere, viel weitere geworden.
Aber die reiche und anregende Thätigkeit in Rom brachte Winckelmanns Reiselust nicht zum Schweigen. Griechenland war das Ziel seiner Sehnsucht, mehrmals stand ihm die Möglichkeit einer griechischen Reise in Aussicht, aber sie ist niemals zu Stande gekommen, sowenig wie die nach Calabrien und Sizilien, doch Neapel hat er in den Jahren 1762 und 1764 wieder gesehen. 1762 war er mit dem Grafen Heinrich von Brühl da, der interessierte sich wenig für Altertümer und Winckelmann hatte viel freie Zeit. Seit seiner Abreise waren in Herculaneum treffliche Gemälde und plastische Werke gefunden worden und in Pompeji waren die Ausgrabungen in Gang gekommen.
Über das, was er auf der Reise mit dem Grafen Brühl gesehen, hat Winckelmann in dem »Sendschreiben« an diesen berichtet. Es ist in Castel Gandolfo niedergeschrieben, ohne gelehrte Hifsmittel, nach Aufzeichnungen aus dem Gedächtnis, und auf Grund einer vielfach beschränkten Anschauung, aber alles auf Grund eigener Anschauung. Die Lage der alten Orte, deren Verschüttung, die Entdeckung, die Bauten, die beweglichen Kunstwerke und Geräte und die Schriften werden besprochen, auch was dem Autor pikantes und lächerliches aufgestoßen war, wird mit Behagen erzählt. —
Die Nachricht von neuen bedeutenden Funden in Herculaneum und Pompeji führte Winckelmann 1764 wieder nach Neapel, damals konnte schon nichts mehr in Italien von Altertümern auftauchen, ohne daß er dabei sein wollte, um der Welt davon Nachricht zu geben; das geschah in den »Nachrichten von den neuesten herculanischen Entdeckungen an Heinrich Füßli in Zürich«. Noch hatte er alles ungehindert besichtigen können. Nun aber erschien 1764 eine französische Übersetzung des Sendschreibens, welche auch ihren Weg nach Neapel fand und einen gewaltigen Sturm erregte, nicht nur der Hof war gekränkt, auch seine persönlichen Freunde fielen ab wie reife Feigen bei der Tramontana. Vor der Hand war es mit Neapel vorbei.
Winckelmanns Ansprüche an äußere Behaglichkeit des Lebens waren bescheiden, gleichwohl war die Stellung beim Kardinal Albani so unzulänglich, daß er sie nicht als endgiltige Lebensstellung betrachten konnte. So sehr er sich in Rom eingelebt hatte, so trat er doch immer wieder in Verhandlungen mit deutschen Höfen. Oft waren sie dem Abschluß nahe, aber immer wurden sie wieder vereitelt. Und wenn diese deutschen Aussichten zerflossen, tauchte immer wieder der Gedanke des Eintritts in den Priesterstand auf. Da starb am 30. März 1763 der Abate Ridolfino Venuti, der Antiquar der apostolischen Kammer und Oberaufseher aller Altertümer in und um Rom. Man möchte in dieser Stelle wohl die ersten Anfänge staatlicher Denkmalspflege erkennen; allerdings in Beschränkung auf den Handel mit Antiquitäten und Kunstwerken. Die Stelle ist eine Gründung des 16. Jahrhunderts und war von Paul III. 1534 dem Latino Giovenale Manetti erteilt worden. Unter Clemens XI. erhielt sie erneute Bedeutung indem der Papst, alte Verordnungen erneuernd, ein Verbot der Ausfuhr von Kunstwerken erließ. Funde von Altertümern mußten dem Kommissar der Altertümer angezeigt und durften nur mit seiner Erlaubnis verkauft werden. Am 9. April wurde Winckelmann zu Venutis Nachfolger ernannt. Von nun an sah er die Möglichkeit seines Bleibens in Rom; mit dem fast eben so hohen Gehalt vom Kardinal hat er sein »notdürftig Brot« für die übrige Lebenszeit. Eine Beigabe, die ihm unerwünscht war, die sich aber nicht ganz abschütteln ließ, war die Verpflichtung, vornehme Fremde in Rom zu führen. Im übrigen begegnen uns unter den mannigfaltigen Thätigkeiten dieser Jahre nur selten Spuren, daß er die amtlichen Rechte und Pflichten seiner Stelle auszuüben Gelegenheit fand. Unter den Fremden, welche er führte, waren Leute aller Nationen, vorwiegend Engländer. Nähere Beziehungen ergaben sich indes nur zu einigen Schweizern und eine enthusiastische Freundschaft widmete er einem lievländischen Edelmann, Friedrich Reinhold von Berg. Als Denkmal seiner Freundschaft widmete ihm Winckelmann eine kleine Schrift, in der er den Hauptpunkt der Ästhetik des Jahrhunderts, den guten Geschmack oder die Fähigkeit der Empfindung behandelt. Es ist keine Auseinandersetzung mit den Theorien, sondern die Erfahrungen eines bloßen Beobachters. Diese Schrift ist 1763 geschrieben, sie ist der unmittelbare Vorläufer der Kunstgeschichte und ergänzt diese. Dort war System und Geschichte der schönen Form geschildert, hier wird die psychische Funktion, das Organ für ihre Auffassung behandelt.