Es ist merkwürdig, wie einstimmig seine großen Schüler ihn alle gelobt haben, von den verschiedensten Richtungen aus. Das gibt immer eine starke Wahrscheinlichkeit dafür, daß, streng genommen, keiner mit ihm intim geworden ist; dauernde Bewunderer finden nur Menschen, deren Größe etwas Einsames, einen Grund von Undurchdringlichem besessen hat, der der Auflösung, der Gewöhnung, dem Banalwerden trotzt. Inmitten der unbegrenzten Achtung wird von seinem dämonischen Blick erzählt, den niemand ertrug, vor dem die jungen Studenten sich fürchteten. Es war der Blick des Adepten, des Gezeichneten für die Einsamkeit.
Solche intensiven, vom Rätselhaften der Welt faszinierten Einsamkeitsdenker sind allemal Weltanschauungsfiguren ihres Jahrhunderts — viel mehr als Lehrer oder auch als Spezialforscher.
Das Wissen vom Leben war und ist eine Weltanschauungsfrage. Um die Mitte des neunzehnten Jahrhunderts war Johannes Müller der unbestritten gründlichste Denker über das Leben. Er war nicht ein Physiologe, sondern der Physiologe seiner Zeit. Ganz scharf kennzeichnet sich die Epoche, die sein Name beherrscht, in der Geschichte des menschlichen Denkens, scharf wie wenige.
Mit „Natur“ als Losungswort hatte das Jahrhundert schon eingesetzt. Aber es kam zuerst in der Zusammensetzung „Natur-Philosophie“. Das Abendrot der großen idealistischen, ästhetisierenden Denkperiode, die tief ins achtzehnte Jahrhundert zurückreicht, flammte darin um das neue Wort.
Dann wenden sich die Dinge. Es beginnt die umgekehrt scharf realistische Periode. Zunächst mit einem bleiernen, kreidigen Morgenvorschein. In ihm prägt sich das Wort um in „Natur-Wissenschaft“.
Auf der Wende dieser beiden Perioden aber steht vor dem Begriffe „Leben“ Johannes Müller.
Das Typische in ihm ist, daß er seiner Liebe nach noch ganz Naturphilosoph der Hegel-Schelling-Fichte-Schillerschen Epoche war. Er wollte dieser Naturphilosophie in der Physiologie bloß einen besseren, einen dauerhafteren Untergrund bauen. Als der Neubau aber dastand, war er für die ganze junge Generation, die sich plötzlich unter ihm sah, ganz etwas anderes als bloß ein neues Fundament.
Das ganze Abendrot schien hinter ihm untergegangen: gerade sein Schatten selbst aber erzeugte nach vorne in voller Kraft jenes neue kreidige, unbestimmte Dämmerlicht eines kühlen Frühmorgens.
Müller war seinem innerlichen Ausgangspunkte, seinem Temperamentspunkte nach noch eine durch und durch religiöse Natur.
Er glaubte an Zwecke, Ziele in der Welt, an einen Sinn der Welt. Die Teleologie steckte seinem Denken im Blut ohne Hehl.