1608–1762: Cartas y expedientes del presidente y oidores de aquella audiencia. 68–4–12 to 35. 24 legajos.
1622–1825: Reales cédulas, nombramientos y informes acerca del presidente, oidores y subalternos de la audiencia. 106–2–15.
1651–1850: Duplicados de gobernadores de Filipinas. 105–4–7 to 24; 105–5–1 to 24; 105–6–1 to 24; 105–7–1 to 24; 106–1–1 to 27; 106–2–1 to 14. 111 legajos.
1670–1831: Inventario de cédulas y consultas. 105–2–5.
1671–1756: Indices de la correspondencia del gobor., auda., oficiales reales y sugetos particulares del distrito de aquella real audiencia. 68–2–30.
1675–1765: Cartas y expedientes del gobernador de Filipinas. 68–3–4 to 33 and 68–4–1 to 11. 40 legajos.
1684–1744: Expediente sobre la expulsión de los Sangleyes. 68–5–16.
1685–1688: Testimonios de autos obrados en Acapulco, Méjico y Filipinas, en razón de descubrir los bienes del gobernador de Manila, Don Juan de Vargas Hurtado y su cuñado Don Francisco Guerrero Ardila. 68–1–24.
1687–1690: Testimonios de autos sobre la rebelión, conversión y expulsión de los Sangleyes de China. 68–1–25.
1699–1760: Cartas y expedientes del Virrey de Nueva España que tratan de asuntos de Filipinas. 68–3–1 to 3. 3 legajos.