Despues de conocidos los lechos que se han acabado de referir, lo restante de su vida, que á pesar de los largos y terribles sufrimientos, fue larguísima, no ofreció novedad, digna de mencionarse.
La reina de España, Doña Juana, alargó sus dias hasta los setenta y tres años, sin que su incurable mal hubiera podido hallar un correctivo, pero en los últimos meses se agravó estraordinariamente. Nunca tuvo dolencia de otro género, de manera que á haber vivido Felipe el Hermoso mucho tiempo, hubiera tenido que espiar su mal proceder para con esta reina, acreedora de mejores miramientos.
A principios del año 1555 empezó á enfermar de bastante consideracion; llegando hasta el punto de no querer tomar ninguna medicina. Cuando la obligaban arrojaba al suelo ó á la cara de quien se la hacia tomar. Tres meses pasó esta señora en la agonía, no habiendo ya, una persona que quisiera permanecer en su compañía. Todos estaban fatigados, aburridos, de sufrirla. Gritos desaforados y lastimeras voces eran los que se oian en palacio; y todo cuanto se hacia para tranquilizarla era nulo, en lugar de aliviarla, escitaban mas y mas su furor.
El marqués de Denia, que era uno de los que continuamente estaban á su lado le escribió al rey, su hijo, advirtiéndole de esto mismo, á lo que contestaba Cárlos V: «Sufrid con resignacion las impertinencias de mi pobre madre, que el Cielo os recompensará.» Lo mismo les contestaban las demas personas reales.
Dios quiso por fin recogerla bajo su amparo, pero se asegura muy de positivo que poco antes de morir recobró perfectamente su entendimiento; y cual el que despierta azorado por los mágicos efectos de una terrible pesadilla, y queda después inmóvil y sumergido en un grande abatimiento, asi quedó esta soberana... tranquila. Por lo que dedicó su pensamiento á orar fervorosamente, y á la disposicion de su alma, á lo cual le ayudó con su inimitable celo San Francisco de Borja, duque de Gandía, que dió la casualidad de hallarse presente á tan terrible acto. El dia 11 de abril de 1555 y en su misma noche, que era la del jueves Santo, finalizó su larga y penosa existencia, siendo sus últimas palabras: «Jesucristo, acogedme en vuestro seno.» Asi terminó esta soberana española, poseida de una pasión aunque lícita, exagerada. Se vuelve á repetir, que si el archiduque hubiera existido, habria espiado terriblemente su crímen solo con ver el incomparable daño que habia causado á una reina que no tuvo otro delito que adorarlo con ciega idolatría. ¡Ejemplo terrible, para despues de conocido procurar refrenar las exageradas pasiones, que no traen otro resultado que males sin cuento, como se podrá conocer por el retrato que se ha trazado de la reina de España, Doña Juana la Loca.