Perdióse toda la artillería, como también todo el tesoro. Ni un grano de pólvora quedó en condición de poder utilizarse, y sus armaduras quedaron tan abolladas y rotas, que no parecían las mismas. Si los indios les hubiesen perseguido entonces, los hombres, exhaustos, hubieran sido fáciles víctimas. Pero después de aquella terrible pelea, también descansaban los indígenas, lo cual permitió que pudiesen escapar los españoles. Dirigiéndose al pueblo amigo de Tlaxcala, dando un rodeo para escapar de sus enemigos; pero fueron atacados en todos los pueblos intermedios. La lucha más desesperada tuvo efecto en las llanuras de Otumba. Rodeados y acosados por los naturales, los españoles se consideraban ya perdidos. Afortunadamente Cortés reconoció a uno de los exorcistas por su rico ropaje, y en una última y desesperada carga, ayudado por Alvarado y otros pocos oficiales, derribó al sujeto de quien los supersticiosos indios hacen depender el éxito de la guerra. Muerto el mago, sus aterrorizados secuaces cejaron, y de nuevo los españoles se vieron libres de las garras de la muerte.
En el sitio de Méjico, que fué el más sangriento asedio que registra la historia de América, Alvarado fué quizá la figura más preeminente después de Cortés. Este gran general era el cerebro de aquella notable campaña, y un cerebro de gran valía. No hay nada en la historia que pueda compararse con su empresa de hacer construir trece bergantines en Tlaxcala y transportarlos a hombros de sus soldados a más de cincuenta millas tierra adentro y por encima de las montañas, para botarlos en el lago de Méjico a fin de que ayudasen a poner el sitio. Lo que más se le parece es el gran hecho de Balboa transportando dos bergantines a través del istmo. Las hazañas del gran cartaginés Aníbal en el sitio de Tarento, y las del «Gran Capitán» español, Gonzalo de Córdoba, en la misma plaza, no son comparables en modo alguno con aquéllas.
En los setenta y tres días que duró el sitio, era Cortés la cabeza y Alvarado su brazo derecho. El bizarro teniente mandaba la fuerza que atacó por el mismo viaducto por donde se retiraron en la Noche Triste. En una de las batallas le mataron a Cortés el caballo que montaba, y los indios se llevaban arrastrando al conquistador, cuando uno de sus pajes se abalanzó sobre ellos y le salvó la vida. En el asalto final y en la desesperada lucha dentro de la ciudad, Cortés iba al frente de una mitad de los soldados españoles, y Alvarado mandaba la otra mitad, y éste fué el que dirigió la toma por asalto del gran Teocali.
Después de la conquista de Méjico, en que ganó tantos laureles, Alvarado fué enviado por Cortés con una pequeña fuerza a conquistar Guatemala. Marchó allá por Oaxaca y Tehuantepec, encontrando la resistencia característica de los indios. Había en Guatemala tres tribus principales: los Quiché, los Zutuhil y los Caciquel. Los Quiché le hicieron frente en campo abierto, y los derrotó. Entonces se rindieron formalmente, hicieron la paz y le invitaron a visitarles como amigo en su pueblo de Utatlán. Cuando los españoles estaban seguros en la ciudad y rodeados por los indios, éstos pegaron fuego a las casas y atacaron ferozmente a sus medio asfixiados huéspedes. Después de un empeñado encuentro, Alvarado los derrotó y dió muerte a los cabecillas. Las otras dos tribus se sometieron, y en cosa de un año Alvarado y su pequeña fuerza habían llevado a cabo la conquista de Guatemala. Los servicios de aquél fueron recompensados con su nombramiento de gobernador y Adelantado de la provincia, y fundó la ciudad de Guatemala, que en su tiempo probablemente llegó a ser lo que Méjico era entonces: una ciudad de quince a veinte mil habitantes indios y mil españoles.
El gobernador Alvarado se ausentaba con frecuencia de la capital. Había que efectuar muchas expediciones por aquel desierto nuevo mundo. Su más importante jornada la realizó en 1534, cuando, construyendo sus buques como de costumbre, salió para el Ecuador y llevó a cabo una marcha dificultosa por el interior, hasta llegar a Quito, donde se encontró en territorio de Pizarro. Entonces regresó a Guatemala sin provecho alguno.
Durante una de sus ausencias prodújose el terrible terremoto que destruyó la ciudad de Guatemala y causó a Alvarado una irreparable pérdida, a la cual nunca se resignó. Más arriba de la ciudad se elevaban dos grandes volcanes: el Volcán de Agua y el Volcán de Fuego. El Volcán de Agua estaba extinto y su cráter inundado por un lago. El Volcán de Fuego estaba, y está todavía, en erupción. En aquel memorable temblor de tierra, el borde de lava del Volcán de Agua quedó hendido por la convulsión, y aquel volumen de agua se precipitó como un torrente sobre la malhadada ciudad. Millares de personas perecieron bajo las paredes que se derrumbaban y en la impetuosa corriente, y entre los que así se perdieron, hallábase la esposa de Alvarado, doña Beatriz de la Cueva. Su muerte causó al valiente soldado un gran desaliento, porque la amaba tiernamente.
En los tiempos borrascosos que atravesó Méjico, después que Cortés hubo terminado su conquista y empezó a malearse en la prosperidad y a ponerse en evidencia de un modo indigno, el apoyo de Alvarado fué solicitado y obtenido por el grande y buen virrey Antonio de Mendoza, uno de los hombres de gobierno más notables de todas las épocas. No fué eso una traición por parte de Alvarado hacia su antiguo jefe, pues Cortés había traicionado no solamente a la Corona, sino también a sus amigos. La causa de Mendoza era la causa del buen gobierno y de la lealtad.
Se había hecho necesario domeñar a los indios hostiles Nayares, quienes habían causado a los españoles muchos trastornos en la provincia de Jalisco, y en esa campaña Alvarado se unió a Mendoza. Los indios se retiraron a la cima del ingente y, al parecer, inexpugnable risco de Mixtón, y había que desalojarlos a toda costa. El asalto de aquella roca puede compararse con el de Acoma y es uno de los más desesperados y brillantes de que hay recuerdo. El virrey mandaba en persona; pero la verdadera proeza la realizaron Alvarado y un oficial compañero suyo. Al ir a escalar el risco, Alvarado fué herido en la cabeza por una roca que dejaron rodar los salvajes, y murió a consecuencia de la herida; pero no sin ver que sus compañeros alcanzaban una brillante victoria.
El oficial que, después de Alvarado, merece citarse como héroe del Mixtón, fué Cristóbal de Oñate, hombre distinguido por muchos conceptos. Era un oficial de valía, de espíritu activo y diligente, y uno de los primeros millonarios de Norteamérica, siendo, además, el padre del colonizador de Nuevo Méjico, Juan de Oñate. El 11 de junio de 1548, algunos años después de la batalla de Mixtón, descubrió Oñate las más ricas minas de plata del continente, las de Zacatecas, en la pelada y desolada meseta donde se halla ahora la ciudad mejicana de aquel nombre. Esas grandes venas de arseniato rubí y negro y de plata virgen, formaron los primeros millonarios de Norteamérica, así como la conquista del Perú, hizo los primeros del continente del sur. Las minas de Zacatecas no eran tan vastas como las que se explotaron en Potosí, de Bolivia, las cuales produjeron, de 1541 a 1664, la inconcebible suma de 641.250,000 pesos en plata; pero las minas de Zacatecas también fueron enormemente productivas. Su corriente de plata fué la primera realización de los ensueños de vasta riqueza en el continente del norte, y causó un prodigioso cambio comercial en esa parte del Nuevo Mundo. En la localidad, el descubrimiento redujo el precio de las subsistencias cerca de un noventa por ciento. Nunca fué Méjico un país de mucho oro; pero durante más de tres siglos ha sido uno de los principales productores de plata. Lo es aún hoy día, si bien su producción no es tan crecida como la de los Estados Unidos.
Cristóbal de Oñate fué, por lo tanto, un hombre muy importante en la obra del destino. Su «bonanza» hizo de Méjico un nuevo país comercialmente, y supo hacer de sus millones mejor uso que el que se hace en nuestros días, pues se les empleó en la construcción de dos de las primeras ciudades de los Estados Unidos.