De nuevo se vieron sorprendidos los peruanos, esta vez por la muerte de Atahualpa. Sin la dirección de su jefe guerrero y perdida la esperanza de rescatarlo, vacilaron antes de atacar directamente a los españoles. Se mantuvieron a una distancia segura incendiando aldeas y escondiendo oro y otros artículos que pudieran ser útiles al enemigo; así que, después de todo, aun cuando se había conjurado el peligro inmediato con la ejecución del cacique, la situación presentaba todavía muy mal cariz. Pizarro, que no tenía de los títulos peruanos una idea más exacta que algunos de nuestros historiadores, con la esperanza de crear un ambiente de paz, nombró capitán de guerra a Toparca, otro de los hijos de Huayna Capac; pero este nombramiento no produjo el efecto que perseguía.
Decidióse entonces emprender larga y ardua expedición a Cuzco, residencia y principal ciudad de la tribu inca, de la cual habían oído referir áureos portentos. A principios de septiembre de 1533, Pizarro y su ejército, engrosado ya con el refuerzo de Almagro hasta unos cuatrocientos hombres, salieron de Cajamarca. Fué aquella una jornada preñada de dificultades y peligros. Los angostos y empinados senderos conducían por vertiginosos vericuetos y por puentes colgantes tan difíciles de atravesar como lo fuera una hamaca, y subían por elevadas peñas, donde sólo las ágiles llamas podían hallar huecos en que sentar las patas. En Jauja les hizo resistencia gran golpe de indios, atrincherados en la margen opuesta de un torrente recién henchido por las lluvias. Pero los españoles atravesaron la corriente y se lanzaron con tal furia sobre los naturales, que éstos no tardaron en ceder.
En aquel lindo valle tuvo Pizarro la idea de fundar una colonia: hizo allí una breve parada y envió a Soto con un destacamento de sesenta hombres a practicar un reconocimiento. En el acto empezó Soto a notar señales ominosas. Halló aldeas incendiadas y puentes destruídos, de modo que se hizo sumamente difícil cruzar aquellas terribles quebradas. Además, donde había sido posible, se amontonaron en el camino troncos de árboles y rocas, impidiendo de ese modo el paso de la caballería. Cerca de Bilcas tuvo una dura refriega con los indios, y aun cuando salieron victoriosos los españoles, perdieron varios hombres. Soto, sin embargo, siguió resueltamente adelante. Mientras la cansada tropa iba trabajosamente subiendo por el empinado y sinuoso desfiladero de Vilcaconga, oyóse el aullido de guerra de los indios, y una hueste de guerreros salió de los escondrijos por detrás de árboles y peñascos, y arremetió furiosamente contra los españoles. La senda era empinada y angosta; a duras penas los caballos podían tenerse en pie, y bajo el empuje de aquel alud de indios, jinetes y caballos fueron rodando cuesta abajo. Los aborígenes les rodearon como un enjambre de abejas, tratando de desarzonar a los soldados y hasta agarrándose desesperadamente a las patas de los caballos, y repartiendo fuertes porrazos con la mayor agilidad. Un poco más arriba de la escabrosa senda había una meseta, y Soto vió claramente que, a menos de ganar aquella posición, estaban perdidos. Con un esfuerzo supremo de músculos y de voluntad, logró reunir en aquella altura a su pequeño grupo que luchaba con tan tremenda desventaja, y después de un breve descanso dió una carga contra los indios; pero no pudo quebrantar aquella horrenda, obscura masa. Sobrevino la noche, y los españoles, exhaustos y cubiertos de sangre—pues pocos hombres y caballos habían salido sin heridas de aquel espantoso encuentro,—descansaron como pudieron, sin abandonar las armas. Los indios tenían la seguridad de acabar con ellos al día siguiente, y los mismos españoles abrigaban pocas esperanzas de salvarse. Pero ya muy avanzada la noche oyeron toques de cornetas españolas en el paso de abajo, y poco después abrazaban a sus inesperados compatriotas y daban gracias a Dios por haberles salvado. Y era que Pizarro, conocedor de los primeros peligros que encontraron en su jornada, había despachado apresuradamente a Almagro con un refuerzo considerable de caballería para auxiliar a Soto, refuerzo que, haciendo marchas forzadas, llegó muy oportunamente. Los peruanos, viendo a la mañana siguiente que el enemigo estaba reforzado, no renovaron el combate y se retiraron a las montañas. Los españoles se trasladaron a un sitio más seguro, y allí acamparon para aguardar a Pizarro.
Este no tardó en llegar, después de haber dejado en Jauja el tesoro, bajo la vigilancia de cuarenta hombres. Pero mucho le preocupó el aspecto de la situación. Aquellos organizados y audaces ataques del enemigo, y la súbita muerte de Toparca, de un modo sospechoso, le indujeron a creer que Chalicuchima, segundo capitán de guerra, les traicionaba; y probablemente esto era cierto. Cuando Pizarro se hubo reunido con Almagro, hizo procesar a Chalicuchima; y habiéndosele hallado convicto del delito de traición, fué ejecutado sin demora. No podemos menos de horrorizarnos ante el procedimiento empleado para su ejecución, que fué la hoguera; pero no debemos por eso precipitarnos en juzgar como cruel al individuo responsable de tal pena. Todos aquellos actos deben medirse por comparación y por el espíritu que reinaba en aquella época. Entonces no consideraba el mundo como una crueldad el suplicio de la hoguera, y más de un siglo después, cuando estaba la gente mucho más ilustrada, los cristianos de la Gran Bretaña, de Francia y de la Nueva Inglaterra no pusieron reparo en que se castigase algunos delitos con ese suplicio, y seguramente no diremos que nuestros puritanos antepasados fuesen hombres malvados o crueles. Ahorcaron brujas y azotaron herejes, no por crueldad, sino por la ciega superstición de su tiempo. Ahora nos parece una cosa horrenda; pero entonces no lo parecía, y no debemos esperar que Pizarro fuese mejor y más sabio que los hombres que tenían ventajas que él nunca había tenido. Yo ciertamente preferiría que no hubiese permitido que Chalicuchima pereciese en la hoguera; pero también quisiera que las repugnantes páginas de Salem y de la esclavitud pudiesen borrarse de nuestra historia. Ni en un caso ni en el otro, sin embargo, tildaría yo a Pizarro de monstruo, ni a los puritanos de hombres crueles.
Hallándose en semejante trance, presentóse a Pizarro el inca Manco, ricamente ataviado, y le propuso una alianza. Pretendía ser el legítimo jefe de guerra, y deseaba que los españoles como tal le reconociesen. Su proposición fué aceptada de buen grado.
Siguiendo adelante, los españoles cayeron en una emboscada en un desfiladero; pero rechazaron a sus agresores, y por fin entraron en Cuzco el 15 de noviembre de 1533. Como «ciudad» india era la mayor del nuevo hemisferio, aunque no mucho mayor que el «pueblo» en Méjico y sus soberbios edificios y ajuares llenaron de asombro a los españoles. Se encontró gran cantidad de oro en cuevas y otros escondrijos. En un sitio había varios grandes jarrones de oro, figuras de oro y plata que representaban llamas y personas, y ropajes recamados con abalorios de oro y plata. Entre otros tesoros, refiere Pedro Pizarro, testigo presencial y cronista de aquellos hechos, que se hallaron diez toscas «tablas» de plata de veinte pies de largo, un pie de ancho y dos pulgadas de grueso. La totalidad del botín recogido se valuó en 580,000 pesos de oro y 215,000 marcos de plata, o sea un equivalente de 7.600,000 pesos de nuestra moneda.
Pizarro entonces coronó a Manco como gobernador del Perú, y esto fué muy del agrado de los indígenas. El buen Padre Valverde fué nombrado obispo de Cuzco; se estableció una catedral, y los devotos misioneros españoles se dedicaron activamente a educar y convertir a los herejes, tarea que prosiguieron con su acostumbrada eficacia.
Quizquiz, uno de los capitanes de guerra subalterno de Atahualpa y caudillo de alguna valentía, se mantuvo en abierta rebelión. Almagro, con unos cuantos jinetes, y Manco con sus secuaces indígenas, salieron en su persecución y derrotaron a los rebeldes; pero Quizquiz no se rindió y fué muerto por su misma gente.
En marzo de 1534, Pedro de Alvarado, el valeroso teniente de Cortés, a quien se había recompensado por sus servicios en Méjico nombrándole gobernador de Guatemala, desembarcó y se dirigió a Quito, averiguando después que pertenecía al territorio de Pizarro. Hízose un convenio entre los dos: se le dió a Alvarado una compensación por su infructuosa jornada, y se volvió de nuevo a Guatemala.
Dedicóse con ahinco Pizarro al desenvolvimiento del país que había conquistado y a poner los cimientos de una nación. El día 6 de enero de 1535 fundó la Ciudad de los Reyes, en el hermoso valle de Rimac. Ese nombre se cambió poco después por el de Lima, y Lima, capital del Perú, ha seguido siendo desde entonces. El insigne conquistador empezaba a mostrar otra faceta de su carácter: su genio como organizador y administrador. Emprendió con mucha energía la tarea de urbanizar Lima, y en la dirección de todos los asuntos de su incipiente gobierno mostró tener mucha previsión y prudencia.