No obstante, los españoles desembarazaron el camino bajo un terrible fuego y dieron una valiente carga, que fué rechazada con igual valentía.
Eran expertos los indios no tan sólo en el manejo del arco, sino también de la reata; así es que con el lazo lograron cazar a muchos españoles, a quienes dieron muerte. La carga hizo retroceder un trecho a los indígenas, pero costándoles esto muy caro a los españoles, quienes tuvieron que internarse de nuevo en la ciudad. Mas no se les dió punto de reposo; los indios les acosaron con repetidos ataques, y la situación tomó muy mal cariz. Francisco Pizarro estaba sitiado en Lima; Jauja también se hallaba bloqueada, y los españoles, en las pequeñas colonias, habían sido sometidos y asesinados. Sus ensangrentadas cabezas fueron arrojadas al interior de Cuzco y rodaron a los pies de sus horrorizados compatriotas. Tan desesperado les parecía el trance en que se hallaban, que muchos proponían que saliesen todos en masa para abrirse paso a través de los indios y ganar la costa; pero Hernando y Juan no quisieron escucharles.
Sobre el cerro que domina la ciudad de Cuzco estaba la notable fortaleza inca de Sacsahuaman, que todavía existe. Es una obra ciclópea. Por el lado que mira a la ciudad el casi inexpugnable cerro se hizo inexpugnable del todo construyendo en él una inmensa muralla de mil doscientos pies de largo y de mucho espesor. Al otro lado del cerro el suave declive estaba protegido por dos murallas, levantadas una más arriba que la otra, de mil doscientos pies de largo cada una. Las piedras de esas murallas estaban trabadas con notable pericia y algunas de ellas medían treinta y ocho pies de largo, diez y ocho de ancho y seis de grueso. Y lo más sorprendente era que se habían sacado de una cantera que se hallaba a doce millas de distancia, y las habían transportado los indios al sitio en que estaban colocadas. Finalmente, la cima del cerro estaba defendida por dos grandes torres de piedra.
Esta imponente fortaleza de los aborígenes se hallaba en poder de los indios y les permitía hostigar a los españoles sitiados de un modo más eficaz. Era necesario desalojarlos de aquella posición. Como medida preliminar para ver realizada esa última esperanza, salieron tres destacamentos al mando de Gonzalo Pizarro, Gabriel de Rojas y Hernando Ponce de León, para echar de allí a los indios. La lucha fué desesperada. Los indios trataron de aplastar a sus enemigos con la furiosa acometida de su mayor número, pero al fin los españoles obligaron a la tenaz hueste a ceder el terreno, y se retiraron a la ciudad.
Para el asalto de la fortaleza de Sacsahuaman se eligió a Juan Pizarro, y no podía confiarse tan aventurada empresa a más valiente caballero. Saliendo de Cuzco a la puesta del sol con su pequeña fuerza, Juan dió un rodeo como si fuese a forrajear; pero en cuanto obscureció, dió la vuelta y se dirigió apresuradamente a Sacsahuaman. La gran fortaleza estaba sumida en la obscuridad y en el silencio. Se había cerrado su poterna con grandes piedras, trabadas como las macizas murallas, y el separarlas sin hacer ruido fué tarea muy difícil para los españoles. Cuando al fin pudieron pasar y se hallaron entre las dos gigantescas murallas, cayó sobre ellos una horda de indios. Juan dejó la mitad de su fuerza peleando con ellos y con la otra mitad abrió la poterna de la segunda muralla que había sido cerrada de igual manera. Cuando los españoles lograron apoderarse de la segunda muralla, los indios se refugiaron en las torres, y se hizo necesario asaltar estas últimas y peligrosísimas defensas. Los españoles acometieron con aquel característico valor que no se rendía ante ningún obstáculo de la naturaleza o de los hombres; pero en la primera arremetida sufrieron una pérdida irreparable. El denodado Juan Pizarro había sido herido en la quijada, y su yelmo le molestaba tanto la herida, que se lo quitó y dirigió el asalto con la cabeza descubierta; en la lluvia de proyectiles que arrojaban los indios, una roca le dió con fuerza en la cabeza y lo derribó al suelo. Pero aun tendido agonizante en un charco de sangre, daba aliento a sus hombres y les acuciaba a seguir adelante, mostrando hasta el fin su intrepidez española. Fué cuidadosamente conducido a Cuzco, donde se le prodigó toda clase de cuidados; pero la fractura de su cráneo no tenía remedio, y después de unos pocos días de agonía se apagó para siempre aquella fluctuante vida.
Los indios continuaron dueños de su fortaleza; y, dejando a su hermano Gonzalo encargado de la defensa de la sitiada Cuzco, Hernando Pizarro salió con una nueva fuerza a dar un nuevo ataque a las torres de Sacsahuaman. Fué aquél un asalto furibundo; pero al fin afortunado. Pronto se apoderaron de una torre; pero en la otra, que era la más fuerte, el resultado fué por algún tiempo dudoso. Entre sus defensores llamaba la atención un corpulento e impertérrito indio, que arrojaba a los españoles por encima de las escalas a medida que trepaban por ellas para tomar la torre. Su valor llenó de admiración a los soldados. Siendo ellos mismos unos héroes, sabían ver y respetar el heroísmo hasta en sus enemigos. Hernando dió órdenes estrictas de que no se lastimase a aquel indio; había que sujetarlo, pero no herirle. Colocáronse varias escalas en diferentes lados de la torre, y los españoles acometieron simultáneamente, mientras Hernando a voces intimaba al indio a que se rindiese, prometiéndole que no se le haría daño. Pero aquel Hércules de color bazo, viéndolo todo perdido, se cubrió la cara y la cabeza con el manto, y se arrojó desde lo alto de la torre, quedando muerto en el acto.
Sacsahuaman cayó en poder de los españoles, aunque con grandes pérdidas, y con ello disminuyó materialmente el poder ofensivo de los indígenas. Hernando dejó en la fortaleza una pequeña guarnición y regresó a la ciudad asediada, para sufrir allí con sus compañeros las duras peripecias del sitio. Este duró cinco meses, que fueron cinco meses de terribles sufrimientos y peligros. Manco y su hueste rodeaban la ciudad, cuyos habitantes perecían de hambre; caían con mortal furia sobre los grupos que, impulsados por el hambre, salían en busca de alimento, y hostilizaban sin cesar a los supervivientes. Todos los colonos españoles que vivían fuera de la ciudad fueron asesinados y la situación iba de mal en peor.
Francisco Pizarro, sitiado en Lima, había rechazado a los indios gracias a las favorables condiciones del país; pero los naturales andaban constantemente por los alrededores. Causábanle mucha ansiedad sus compatriotas de Cuzco, y envió cuatro expediciones sucesivas, que en junto sumaban cuatrocientos hombres, para prestarles auxilio. Pero éstos fueron sucesivamente sorprendidos en emboscadas en los pasos de las montañas, y casi todos perecieron. Dícese que en aquella guerra desigual murieron setecientos españoles. Algunos de los sitiados pedían que se les permitiese ir hasta la costa, embarcarse y huir de aquella mortífera tierra; pero Pizarro no consentía que se le hablase de abandonar a sus valientes compatriotas de Cuzco, y decidió apoyarlos y salvarlos, o sufrir la misma suerte. Para quitar a los egoístas toda tentación de fugarse, despachó todos los buques con cartas a los gobernadores de Panamá, Guatemala, Méjico y Nicaragua, explicando la desesperada situación en que se hallaban y pidiendo auxilio.
Por fin, en agosto, Manco levantó el sitio de Cuzco. Su numerosa hueste consumía los recursos del país, y a menos que los habitantes volviesen a sus plantaciones no tardaría en dejarse sentir el hambre. En consecuencia, envió muchos de los indios a trabajar en sus campos; dejó una considerable fuerza para vigilar y hostilizar a los españoles y se retiró a uno de sus fuertes con una buena guarnición. Entonces tuvieron los españoles mejor fortuna en sus salidas para forrajear, y pudieron librarse del hambre; pero los indios que estaban en acecho los atacaban constantemente, copando hombres y pequeños grupos sin darles respiro. La hostilidad era tan continua y desastrosa que, para ponerle coto, concibió Hernando el atrevido plan de apoderarse de Manco, en su propia fortaleza. Saliendo con ochenta de sus mejores jinetes y alguna infantería, realizó una marcha larga y tortuosa con la mayor cautela y sin dar la alarma. Atacando la fortaleza al romper el día, pensó tomarla por sorpresa; pero detrás de aquellas tremendas murallas los indios lo estaban acechando, y levantándose súbitamente lanzaron sobre los españoles una espesa lluvia de proyectiles. Con el valor de la desesperación aquel puñado de soldados se lanzó por tres veces al asalto; pero tres veces también el excesivo número de salvajes les obligó a retroceder. Entonces los indios abrieron las compuertas de las presas más altas e inundaron el campo; y los españoles, diezmados y ensangrentados se batieron en retirada, perseguidos de cerca por los regocijados enemigos. En aquella hora terrible, Pizarro fué traicionado por el hombre que, más que ningún otro, debió serle leal: por el vulgar traidor Almagro.