El templo consta de tres naves. En la de la Epístola están los altares del Nacimiento de San Bartolomé y de San José, de tallas muy poco notables e imágenes lamentablemente modernas. En la del Evangelio hay cinco capillas, que son: San Juan, Entierro, Óleos, Concepción y Victoria, esta última de la Casa de Verástegui.
En la nave del centro existe un altar frontero de Jesucristo, antes de la Esclavitud. En esta capilla está el sepulcro de su fundador, don Francisco de Galarreta, ministro de España en Flandes, el cual sepulcro tiene unos relieves italianos dignos de mención.
En la parte central del crucero se levanta la capilla mayor con un hermoso tabernáculo y un retablo altísimo, obra del Santero de Payueta, famoso escultor alavés.
Detrás del altar mayor están los sepulcros de Martín Salinas, tesorero de Isabel, la Católica, y de su hijo, del mismo nombre, embajador del Rey de Hungría.