Entrando ya en la iglesia, se advierte a simple vista su carácter completamente románico. La planta, como la de Armentia, es de cruz latina, y también de una sola nave, aun cuando está cerrada por los tres ábsides ya descritos.
El desarrollo de su alzado hasta el arranque de los arcos, determinado por una cornisa muy saliente, ajústase a las prescripciones del estilo románico en su postrera época; embasamento, columnas, capiteles, muestran, por cierto, extremada variedad y pertenecen al gusto predominante en la parte románica de la basílica de Armentia; y los arcos torales, elevándose ligeramente sobre el medio punto, acentúan ya de un modo inequívoco el desenvolvimiento natural de la ojiva, que siguen de igual modo las bóvedas.
LA VIRGEN.
La Virgen de Estíbaliz se levanta sobre un altar lleno siempre de cirios y de flores, produciendo, por la desproporción y tosquedad de su tallado, cierta impresión de primitivismo.
Está sentada en un sillón, teniendo en su regazo al Niño Jesús y sosteniéndolo con su mano izquierda. Mide 1,18 metros de altura por 0,30 centímetros de ancho, y el pintado y la talla de sus ropas acusa una antigüedad que se remonta al siglo XII.
EL FRONTAL.
En el altar donde se alza la Virgen, situado a la derecha del presbiterio, y único de la iglesia, hay un frontal notabilísimo.
Consiste en una gran tabla de mármol, enriquecida de labores caladas, que descubren a simple vista ser derivaciones, no muy lejanas, del arte latino-bizantino, cuyo florecimiento, como se sabe, se realiza bajo la dominación visigoda, después de la conversión de Recaredo.