Pero su verdadera cátedra era la que ocupaba una vez por semana, los sábados, á la hora en que se suspendían los trabajos hasta el lunes siguiente, y desde ella improvisaba durante veinticinco ó treinta minutos un sermón laico, tomando por lo general como punto de partida algunos versículos de los Evangelios, con mayor frecuencia de las epístolas de San Pablo. Era siempre una sencilla y vigorosa lección de moral práctica al alcance de todos, pero á veces arrebatado por súbita inspiración se elevaba agrande altura, irguiéndose lleno de energía, agitando sus largos brazos con el libro abierto en una mano, alzando la voz que era de un timbre grave y varonil; y sacudiendo la atmósfera moral de aquel recinto, de tal manera que hombres y niños, pues muchos de los empleados se agolpaban á las puertas del salón, creían sentir pasar sobre sus cabezas algo sobrenatural, algo como una voz potente y vibrante de profeta anunciando, adivinando un misterioso porvenir.
Mientras vivió el fundador, continuó la casa, como he dicho, bajo su dirección inmediata: ésta duró unos catorce años, después continuó abierta cerca de ocho más con José María Zayas, su colaborador, al frente, hasta zozobrar por último en la tormenta política producida por la insurrección de 1868. Son las tres fechas capitales de su historia; la fundación en 1848, la muerte de Luz en 1862 y la supresión en 1869. Aparte de esto hubo otros graves momentos, otras crisis peligrosas que amenazaron su existencia.
En 1850 perdió Luz á Luisa, su única hija, de diez y seis años de edad, cuya inteligencia y cuyo corazón había él educado y cultivado con amoroso esmero, y cuya sonrisa embellecía su vida de abnegación, austeridad y sacrificios. Muchos temieron que fuese el golpe demasiado rudo para aquella organización depauperada por los padecimientos, y en los primeros días se le vió en efecto, sumido en invencible melancolía; pero de esta clase de dolores suele la voluntad, á costa de vigoroso esfuerzo, lograr señorío completo, cuando el paciente sabe imponerse algún gran deber, ó descubrir algún sendero oculto y escarpado que recorrer en bien de sus semejantes. Así fué, y pronto reanudó sus tareas del colegio, volviendo á hacer todo lo que antes hacía, con el mismo afectuoso interés, sin aludir en ningún caso á la hija perdida, sin pronunciar una palabra que pudiera autorizar á nadie para dirigirle frases vulgares de consuelo ó simpatía. Algunas veces el que lo mirase con atención, cuando escuchaba de pie en el umbral de un cuarto de clase la lección de un niño ó la explicación de un profesor, podía adivinar la presencia constante de la imagen adorada, porque algo de súbito empañaba sus ojos, como si una nube pasara oscureciendo el fulgor de sus pupilas; pero "el espartano", como él mismo se llamaba, el herido espartano continuaba siempre dueño de sí mismo, sin ceder á la debilidad de buscaren lamentos inútiles alivio á su dolor. Todos, como obedeciendo á una consigna, se abstenían con sumo cuidado de la más leve alusión al triste suceso. Por esa razón ocho años después, en el discurso con que terminaban siempre los exámenes de fin de año, y que esa vez compuso y leyó en su nombre Antonio Angulo, el discípulo querido, causó en todos la mayor sorpresa oirle decir que por su conexión con el colegio tenía la dicha de mantener vivos en su corazón los dulces y puros sentimientos de la paternidad, ventura de que parecía haberme privado para siempre un terrible é inescrutable decreto del Eterno. Fué tan profunda la emoción entre alumnos, profesores y amigos allí presentes, á causa del inquebrantable silencio guardado tanto tiempo, que pareció la alusión en el primer instante un rasgo de excesiva audacia del discípulo, y apenas osaban volver la vista hacia el maestro, por miedo de ver su rostro surcado de lágrimas imprudentemente arrancadas en presencia de tan numeroso público.
En 1852 sobrevino una nueva invasión del mismo morbo asiático, que arrebató dos años antes á la hija de Luz, penetrando esta vez en el colegio y llevándose en pocas horas uno de los pupilos. Fué preciso cerrar la casa temporalmente. Durante esta suspensión estableció José María Zayas en otro lugar de la ciudad y por su sola cuenta un nuevo colegio, que denominó Colegio Cubano y puso en duda peligrosa la reapertura del Salvador, porque la voz pública, sin razón especial, pues la epidemia había diezmado por igual toda la ciudad, tachaba de insalubre el barrio del Cerro, y porque gozaba Zayas del prestigio de haber sido principal colaborador de Luz. Recibió éste el golpe con su ecuanimidad genial, y sin formular, en voz alta por lo menos, queja alguna de tan inesperada competencia, abrió las puertas del colegio, una vez desaparecida la epidemia, y reanudó las tareas, aumentando la carga sobre sus hombros y encargándose por algún tiempo de nuevas clases, entre las que resultaban vacantes por la retirada de Zayas, sus dos distinguidos hermanos, Juan Bruno y Francisco, y algún otro profesor.
Aunque el nuevo colegio de Zayas no debía vivir mucho tiempo, era evidente que, dados los rumores persistentes sobre la insalubridad del barrio del Cerro, sería imprudente seguir con el Salvador donde estaba, luchando sin seguridad de triunfo contra arraigada preocupación. No quedó por último más recurso que trasladarlo al centro de la ciudad, y abandonó Luz, bien á su pesar, el viejo edificio, que aun irregular y agrandado á pedazos, compensaba muchos inconvenientes con sus arbolados y su frescura.
Los cinco años que permaneció el colegio en el interior de la capital, en una casa no pequeña pero encajada en un montón de otras y sin la abundancia de luz y aire á que se estaba acostumbrado, parecieron á todos largo y penoso cautiverio. En ese período perdió Luz su anciana madre, á cuyo lado había vuelto en busca de cariñoso abrigo, y determinó entonces no salir más del establecimiento ni de noche ni de día, resuelto á no contar con más familia en lo adelante que sus discípulos, sus hijos espirituales, para usar la frase con que á ellos se refiere en su testamento.
El cautiverio duró hasta mediar el año de 1859; disipadas las preocupaciones del público volvió el Salvador al mismo Cerro, aunque no á casa tan amplia ni á terreno tan vasto como antes. Pero la salud de Luz decaía visiblemente, el orden interior del establecimiento sufría por falta de una mano experta que llevase las riendas y evitase al director descender á multitud de pormenores. Temiendo, pues, que la acción recrudecida de sus antiguos padecimientos lo debilitase demasiado, aceptó de los compatriotas distinguidos que lo habían ayudado pecuniariamente en la traslación al Cerro la proposición de confiar nuevamente la vicedirección á J. M. Zayas, que con tan buen éxito la había desempeñado al principio y se manifestaba ahora pronto á continuarla. Asentir no le costó ningún esfuerzo, porque lo pasado apenas había dejado vestigios en su memoria, y siempre había apreciado en Zayas uno de los mejores discípulos del colegio primero que dirigió á su vuelta de Europa. Causóle en seguida verdadera satisfacción observar que, en cuanto á carácter, el que volvía á su lado era casi un José María Zayas distinto del de antes, como domado por la edad, suavizado por la influencia de la familia, la esposa y los hijos que ahora le acompañaban.
Desde esa fecha todo siguió su marcha sin otro grave tropiezo: la hábil organización bastó para resistir los efectos del inmenso vacío que dejó la desaparición del fundador en 1862, continuando el colegio abierto y con idéntico crédito hasta la orden gubernativa de la clausura en 1869.
No mucho pudo hacer Luz en él durante sus últimos tres años. Ya no desempeñaba ninguna clase, accesos frecuentes aumentaban su debilidad y acercaban el triste desenlace, pero con la fisonomía llena de expresión, la voz entera y los ojos brillantemente húmedos como siempre, la delgadez de los miembros y la inclinación de las espaldas revelaban solas su constante decaimiento. No podía ya escribir, á menudo ni siquiera leer, mas la curiosidad con que seguía los vaivenes de la política en el mundo no se extinguía, ni tampoco su interés por cuanto en ciencias ó en letras se publicaba de notable; varios de sus discípulos antiguos se encargaban de ir dándole cuenta de lo más importante, y era un encanto oirlo disertar elocuentemente sobre los más variados asuntos, juzgar seguramente, por los datos que se le suministraban, autores y libros, en el lenguaje familiar, expresivo, que le era habitual y producía tanta impresión.
Recibía siempre las grandes revistas inglesas, se hacía leer sobre todo la Westminster Review, muy atento al movimiento filosófico en la patria de Locke, siguiendo con intensa curiosidad el desarrollo y final engrandecimiento de la escuela que parte del ilustre autor del "Ensayo sobre el entendimiento humano", continúa con Hume, Bentham, Stuart Mill, y comenzaba en aquellos mismos momentos á descubrir los nuevos y dilatados horizontes en que debían brillar como astros rutilantes el libro de Darwin sobre el origen de las especies y la vasta generalización de Herbert Spencer. No es decir por de contado que adivinase Luz las grandes y fecundas consecuencias de lo que no hacía más que apuntarse; ni que las mágicas fórmulas: evolución, selección natural, supervivencia del mejor, penetrasen en sus oídos revelándole desde luego el secreto de todo lo que contenían. Era él y lo fué hasta el fin, sensualista convencido, "positivista" sólo en el sentido en que puede también decirse de John Locke, aunque la innata tendencia mística había ido pronunciándose más y más en su espíritu, por la influencia de las penas físicas, de los infortunios, de la fatiga del que ha luchado en terreno donde todo le ha sido hostil, hombres, cosas, elementos. Pero su alma de investigador sincero, de amante fiel y ardoroso de la verdad filosófica, alimentaba en su pecho eterna simpatía por cuantos buscaban, cualquiera que fuese el rumbo, la solución de los antiguos y espinosos problemas, que él también se había planteado y tratado de resolver con sus propios recursos.