El año siguiente volvió Varela al seno de su familia. Su viaje á Europa, habia completado su educacion, sazonado su juicio y abierto á su inteligencia un campo mas estenso. Al mismo tiempo su carácter moral se habia perfeccionado. Las costumbres inglesas, que habia podido apreciar en el seno de algunas familias que habia tratado con cierta intimidad, lo habian cautivado; desde entonces parecia que el tipo ingles era el modelo de su conducta personal. A su afabilidad congenial que nunca lo abandonaba, se agregó por imitacion cierta gravedad llena de nobleza, particularmente en su trato con estraños. El sentimiento religioso se hizo tambien mas visible en él desde que tuvo ocasion de observar la saludable influencia que el culto externo ejerce sobre las costumbres públicas y privadas en Inglaterra. Cuando volvió á Montevideo empezó á habituarse á la práctica de la santificacion del domingo, asistiendo al templo con su familia al servicio divino. Desde entonces, en fin, pudo presentarse en el trato social como un modelo del hombre culto y del cumplido caballero.
Continuó influyendo directamente en la política del Rio de la Plata, por la amistad que lo ligaba al Sr. Vasquez, el cual volvió como antes á valerse de su consejo y cooperacion en el ministerio de Relaciones Exteriores.
Es de esa época, y pertenece á su inspiracion y á su pluma, el memorandum pasado por el gobierno oriental á su representante en el Brasil el Sr. Magariños, para entablar negociaciones sobre la base de un arreglo definitivo de límites. Pero su obra mas importante fué el Comercio del Plata, diario fundado por él en 1845, con tres objetos: combatir la tirania de Rosas, apoyar la intervencion europea que venia á facilitar con su ausilio los medios de destruirla, y abrir para la prensa del Rio de la Plata una nueva era de cultura en las formas, de moderacion en el debate y de utilidad y enseñamiento fecundo para el pueblo.
Varela se propuso realizar una completa reforma en la prensa periódica; y si no lo consiguió del todo, dió por lo ménos en su diario el ejemplo mas acabado de la posibilidad de realizarla.
Él se propuso hacer desaparecer del diarismo la personalidad y el insulto que, á falta de razon ó de saber, servia á los escritores del dia de cómodo recurso para satisfacer una curiosidad pueril, y dar pávulo á las discordias interiores. Estableció la discusion sobre las bases del razonamiento y de la historia; juzgó los hechos con sano criterio; esplicó con claridad el pasado y formuló con acierto las aspiraciones del porvenir.
Dió siempre mayor importancia á las cosas que á los hombres; puso la sinceridad del hombre honrado al servicio de su causa, y no manchó jamas con la mentira las columnas de su diario consagrado al esclarecimiento y á la defensa de la verdad. Ilustró en él todas las cuestiones de actualidad, y particularmente las que versaban sobre política internacional, que tanto abundaron en aquella época en que un campesino de Buenos Aires, supo á fuerza de astucia y mala fé, poner á prueba la perspicacia de los gabinetes y la habilidad de muchos diplomáticos. Conservó siempre una digna reserva en los negocios privativos del pais en donde escribia; porque profesaba el principio, de que la voz del extranjero en las cuestiones internas de un pais conmovido por la discordia, solo puede tener autoridad cuando se alza desligada del alarido de las pasiones ajitadas; cuando pugna por aplacarlas y no por enardecerlas. Estimaba á tal punto el decoro de su diario y de los principios á que estaba consagrado, que cuando ocurria un hecho, por notable que fuera, capaz de empañarlo, le negaba totalmente el derecho de circulacion por su conducto, como sucedió en la revuelta de Abril de 1846, de la cual no se encuentra el menor rastro en las columnas del Comercio del Plata.
Las relevantes prendas del escritor, el atractivo de su estilo, la fuerza irresistible de su lógica, la amenidad del diario que procuraba ser perfecto en todas las materias que abrazaba, diéronle una importancia suprema en todo el Rio de la Plata, y una grande estimacion en el exterior. El Comercio del Plata se hizo una potencia en las cuestiones de la época; su opinion era siempre deseada, y su consejo seguido. Todos querian conservar su coleccion, y hubo quien ofreció una onza de oro por el primer número sin poder obtenerlo. Como era natural, el publicista que con tanto éxito sostenia la propaganda civilizadora, que llenaba su ministerio con tanta conciencia y dedicacion, debia ser, y era en efecto, objeto de la estimacion y el respeto general, y así Varela llegó á tener en aquella época una importancia personal tan grande, como la que gozaba el papel que dirijia.
El Dr. Varela aprovechó el ajente de publicidad de que disponia, para dar á conocer muchos escritos interesantes y documentos relativos á la historia del pais, entre los cuales citaremos la Coleccion de Constituciones de las repúblicas americanas, y de los Tratados de los Estados del Plata, y una série de papeles de sumo interés sobre las cuestiones de límites entre las posesiones Españolas y las Portuguesas en América, todos raros, y algunos inéditos.
En las columnas editoriales dilucidó algunas cuestiones históricas, y sostuvo la gran tesis de la libertad de los rios interiores, que la revolucion contra Rosas puso en práctica apénas obtuvo el triunfo.