En cuatro de Enero del año siguiente al descubrimiento, esto es de 1493, diose Colon á la vela sin esperar á la Pinta que creía ya perdida; un fuerte viento le hizo derribar hácia el promontorio y ensenada que llamó de Monte-Cristi. A poco de hallarse en este refugio avistó á la Pinta que venía buscando el mismo puerto.
Pinzon defendió su rebeldia con pueriles excusas y aceptándolas Colon, tuvo la primera debilidad que había de serle tan funesta á él y á las colonias. Pensó que castigar al rebelde sería provocar á sus adictos y hacer tal vez imposible su regreso á España; mas de este modo quedó quebrada su autoridad y dispuestos al mal los elementos anárquicos con que contaba para sus futúras expediciones. Así pues, apesar de la llegada de la Pinta, persistió Colon en su designio de regresar á España.
El 9 de Enero se dieron los buques á la vela dejando su refugio y poniendo rumbo al Oriente. Este viaje de regreso fué tan borrascoso como bonancible había sido el de venida. Colon creia perecer y que las noticias de su descubrimiento perecerían con él; en prevision de tan triste suceso, escribió sucinta ralacion de su viaje y con las precauciones del caso, la colocó en un tonel que abandonó á las olas y otro ejemplar hizo colocar en el castillo de popa de su buque.
La Pinta se habia separado y otra vez se creyó perdida, no ya por la rebeldia de su comandante, sinó por el furor de la tempestad.
En fin el 15 de Febrero se avistó tierra. Era la Isla Santa María, la mas meridional de las Azores pero á causa del temporal, no pudo la Niña dar fondo hasta el 17.
Los Portugueses recibieron mal á Colon y á sus subalternos, al extremo de quererse apoderar del buque y aprisionar á estos. Esta hostilidad se atribuye por algunos á que el Rey de Portugal, en la creencia de que la expedicion de los Castellanos menoscababa sus descubrimientos, habia dado órdenes á los gobernadores de sus posesiones, que tratasen de apoderarse de los viajeros, pero la conducta que posteriormente observó el mismo Monarca, desmiente esta suposicion.
El 24 de Febrero prosiguió Colon su marcha y no sin nuevos temporales y peligros consiguió el 3 de Marzo dar fondo en Rastello, cerca de la desembocadura del Tajo. De este punto escribió á los Reyes de España anunciándoles su llegada y pidió permiso á el de Portugal para llegar á Lisboa, por no ser el punto en que se hallaba seguro fondeadero.
Hallábase á la sazon don Juan II con su Corte en Valparaiso á nueve leguas de Lisboa y aunque los descubrimientos de Colon le debieron causar sumo despecho por no haberlos él aprovechado, mostróse con altura y ordenó fuese aquel socorrido de todo cuanto necesitase. El cronista portugues Rui de Pina refiere que no faltaron consejeros que incitasen al Rey á ordenar la muerte de Colon para apoderarse de su secreto; no basta el testimonio del cronista para creerlo, pero fuese de esto lo que fuese, trató el Rey al Almirante con distinguida consideracion. Cabía en el ánimo del Monarca una sospecha y era si el descubrimiento afectaba sus posesiones Africanas, pero Colon explicó claramente que las tierras visitadas por él estaban fuera de todo lo conocido hasta la fecha y en rumbo distinto á el de los descubrimientos de los portugueses.
Despues de esto se partió el Almirante para España, llegando al puerto de Palos el 15 de Marzo á medio dia. No bien habia fondeado la Niña cuando apareció la Pinta que habia sido arrojada á la costa de Cantábria y desde allí habia Pinzon escrito á los Reyes que Colon habia naufragado y que á él se debia el descubrimiento. Habia pues cometido dos injustificables felonías; su rebelion en el archipiélago de las Antillas y su impostura al llegar á España, faltas que si no se disculpan se atenúan por haber auxiliado á Colon al principio de su empresa y porque su arrepentimiento fué tal, que murió de pesadumbre.
Encontrábanse los Reyes Católicos en Barcelona donde Don Fernando habia salvado de una tentativa de asesinato; acababa de firmarse el tratado de paz con la Francia en que esta cedia los condados de Rosellon y Cerdeña. Coincidia este triunfo diplomático con la conquista definitiva de las Canarias empezada por Betacourt y concluida ahora por Alfonso Fernandez de Lugo.