Al principio del segundo año de la guerra volvieron a entrar los enemigos en el Ática, y la peste se declaró en Atenas. Este azote, que tuvo su origen en la Etiopía, se había extendido por el Egipto, la Libia, una parte de la Persia, la isla de Lemnos y otros lugares. Un buque mercante la introdujo sin duda por el Pireo, donde se manifestó primeramente y de allí se difundió con furor por la ciudad, y particularmente se difundió en las moradas oscuras y malsanas, donde los habitantes del campo vivían apiñados.
La enfermedad parecía que despreciaba las reglas de la experiencia. Viendo el rey Artajerjes que ejercía sus estragos en muchas provincias de la Persia, resolvió llamar en su socorro al célebre Hipócrates, que se hallaba entonces en la isla de Cos. En vano le convidó con riquezas, haciendo brillar a sus ojos el oro y el fasto: este grande hombre respondió al poderosísimo monarca que no tenía necesidades ni deseos, y que se debía sacrificar por los griegos más bien que por sus enemigos. Fue en efecto a ofrecer sus servicios y conocimientos a los atenienses, que le recibieron con tanto reconocimiento cuanto era el apuro en que se hallaban, por haber perecido la mayor parte de sus médicos, víctimas de su celo. Agotó los recursos de su arte exponiendo muchas veces su vida, y si no logró todo el éxito que merecían tan preciosos sacrificios y tan grandes talentos, a lo menos prodigó consuelos y esperanzas.
Al cabo de dos años parecía que calmaba ya aquella peste, que había hecho los mayores estragos y mudado enteramente la faz de Atenas: pero esta lisonjera perspectiva no era más que un reposo de la enfermedad, pues se advirtió más de una vez que no estaba su germen destruido. Desenvolviose ocho meses después, y en el decurso de un año entero renovó las mismas escenas de luto y de horror que había anteriormente producido.
La pérdida más irreparable para Atenas fue la de Pericles, que murió de resultas de la enfermedad en el tercer año de la guerra. Algún tiempo antes los atenienses, incomodados por el exceso de sus males, le habían despojado de su autoridad y condenado a pagar una multa; acababan de reconocer su injusticia, y Pericles se la había perdonado. Al tiempo de morir dijo incorporándose en la cama, y dirigiéndose a sus amigos que le rodeaban refiriendo sus victorias: «El único elogio que merezco es el de no haber hecho poner luto a ningún ciudadano».
Fue reemplazado por Cleón, hombre de humilde nacimiento, sin talento verdadero, pero vano, audaz, arrebatado y por lo mismo del gusto de la muchedumbre. Los buenos y honrados ciudadanos le opusieron a Nicias, uno de los primeros y más ricos particulares de Atenas, que había mandado los ejércitos y logrado muchas ventajas, pero únicamente gozó consideración y nunca crédito mientras vivió Cleón, que tenía mucho más talento para excitar a la plebe y ganar su voluntad.
Después de la muerte de Cleón, que pereció en Tracia en un combate dado por él a Brásidas, el general más hábil de los lacedemonios, entabló Nicias negociaciones con Lacedemonia, a las cuales sucedió en breve una alianza ofensiva y defensiva, que debía durar cincuenta años; pero este tratado, que volvía las cosas a su primer estado, no subsistió sin embargo más de seis años y diez meses, y el rompimiento de que fue seguido lo causó la ambición de Alcibíades.
Un origen ilustre, riquezas considerables, la más hermosa fisonomía y presencia, las gracias más seductoras, un entendimiento vasto y penetrante, el honor en fin de ser hechura de Pericles fueron otras tantas ventajas que deslumbraron desde luego a los atenienses, y con que él mismo se deslumbró primero. En una edad en que el hombre necesita más que todo indulgencia y consejos, Alcibíades tuvo ya una corte y aduladores: admiró a sus maestros por su docilidad y a los atenienses por sus costumbres licenciosas. Sócrates mismo solicitó su amistad conociendo que este joven sería el más peligroso para Atenas, y habiéndola conseguido a fuerza de cuidados no la perdió jamás.
Cuando entró en la carrera de los honores, quiso deberlos con particularidad a los atractivos de su elocuencia. Dejose ver en la tribuna, y en breve fue tenido por uno de los más grandes oradores de Atenas, y acordándose todos de que había dado grandes pruebas de valor durante las primeras campañas, previeron que llegaría a ser un día el general más hábil de la Grecia.
Tenía un carácter tan flexible que la necesidad de dominar o el deseo de complacer le hacía acomodarse fácilmente a las circunstancias o coyunturas en que se hallaba. Todos los pueblos fijaron en él su atención, y se hizo dueño de la opinión pública. Los espartanos quedaron absortos de su frugalidad; los tracios de su intemperancia; los beocios de su afición a los ejercicios más violentos; los jonios de su gusto por la pereza y la voluptuosidad, y los sátrapas del Asia por un lujo que ellos no podían igualar. Pero los rasgos de ligereza, de insustancialidad y de imprudencia, propios de su juventud, desaparecían en las ocasiones que requerían reflexión y constancia. Entonces juntaba la prudencia a la actividad, y los placeres no le robaban ya ninguno de los instantes que debía a su gloria o a sus intereses.
Nacido en una república, debía elevarla haciéndola superior a sí misma antes de ponerla a sus pies. Este era sin duda el secreto de las brillantes empresas a que él arrastró a los atenienses. Con sus soldados hubiera sojuzgado pueblos, y sin advertirlo se hubieran visto esclavizados los mismos atenienses.